More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0006 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0006  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 
413 aa  828    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.274156  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0845  tyrosyl-tRNA synthetase  53.46 
 
 
426 aa  434  1e-120  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0944  tyrosyl-tRNA synthetase  50.45 
 
 
447 aa  410  1e-113  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.567756  normal  0.25045 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05700  Tyrosyl-tRNA synthetase  49.39 
 
 
407 aa  397  1e-109  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0476  tyrosyl-tRNA synthetase  50.74 
 
 
413 aa  392  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.209364  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0611  tyrosyl-tRNA synthetase  50.23 
 
 
416 aa  392  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.706339  normal  0.345444 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0496  tyrosyl-tRNA synthetase  49.63 
 
 
392 aa  389  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.182891  normal  0.219144 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3769  tyrosyl-tRNA synthetase  50.71 
 
 
413 aa  390  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1585  tyrosyl-tRNA synthetase  50.99 
 
 
410 aa  390  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0249853  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1240  tyrosyl-tRNA synthetase  50.36 
 
 
413 aa  389  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0307967  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0417  tyrosyl-tRNA synthetase  50.37 
 
 
413 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117344 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0200  tyrosyl-tRNA synthetase  50.12 
 
 
413 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0743273  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3350  tyrosyl-tRNA synthetase  50.12 
 
 
416 aa  390  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0699695  hitchhiker  0.0000481251 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1034  tyrosyl-tRNA synthetase  50.25 
 
 
413 aa  389  1e-107  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0683  tyrosyl-tRNA synthetase  50.12 
 
 
413 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483128  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2560  tyrosyl-tRNA synthetase  50.6 
 
 
432 aa  388  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3371  tyrosyl-tRNA synthetase  50.12 
 
 
413 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0306351  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2348  tyrosyl-tRNA synthetase  49.88 
 
 
413 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0372  tyrosyl-tRNA synthetase  49.39 
 
 
421 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1123  tyrosyl-tRNA synthetase  49.88 
 
 
413 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0603  tyrosyl-tRNA synthetase  50.12 
 
 
413 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780429  normal  0.696088 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2700  tyrosyl-tRNA synthetase  50 
 
 
454 aa  386  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.62079 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0261  tyrosyl-tRNA synthetase  49.88 
 
 
413 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0577  tyrosyl-tRNA synthetase  49.88 
 
 
413 aa  386  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133514  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1881  tyrosyl-tRNA synthetase  50.62 
 
 
410 aa  386  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141012  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2527  tyrosyl-tRNA synthetase  49.88 
 
 
413 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0387  tyrosyl-tRNA synthetase  48.81 
 
 
421 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523433  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0650  tyrosyl-tRNA synthetase  50.49 
 
 
413 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0691605  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3406  tyrosyl-tRNA synthetase  49.64 
 
 
413 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3412  tyrosyl-tRNA synthetase  49.4 
 
 
435 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.899029  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4672  tyrosyl-tRNA synthetase  49.02 
 
 
410 aa  382  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1368  tyrosyl-tRNA synthetase  50.24 
 
 
432 aa  385  1e-105  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0107166  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1709  tyrosyl-tRNA synthetase  50.12 
 
 
413 aa  381  1e-104  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000941896  normal  0.172619 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3502  tyrosyl-tRNA synthetase  49.39 
 
 
401 aa  380  1e-104  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00208085  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0697  tyrosyl-tRNA synthetase  49.88 
 
 
400 aa  380  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000250226  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3310  tyrosyl-tRNA synthetase  49.39 
 
 
404 aa  378  1e-104  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0899529  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3150  tyrosyl-tRNA synthetase  50.24 
 
 
424 aa  375  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0347035  hitchhiker  0.00193972 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3445  tyrosyl-tRNA synthetase  50.36 
 
 
413 aa  375  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0109315 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0442  tyrosyl-tRNA synthetase  47.77 
 
 
401 aa  375  1e-103  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000185644  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2388  tyrosyl-tRNA synthetase  47.84 
 
 
406 aa  378  1e-103  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262104  normal  0.700315 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0457  tyrosyl-tRNA synthetase  47.28 
 
 
401 aa  372  1e-102  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000997958  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1647  tyrosyl-tRNA synthetase  47.83 
 
 
407 aa  372  1e-102  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00531566  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0228  tyrosyl-tRNA synthetase  49.39 
 
 
395 aa  373  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1695  tyrosyl-tRNA synthetase  50 
 
 
405 aa  370  1e-101  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00574764  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0177  tyrosyl-tRNA synthetase  47.39 
 
 
398 aa  368  1e-101  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000934164  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0506  tyrosyl-tRNA synthetase  48.54 
 
 
410 aa  370  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0632  tyrosyl-tRNA synthetase  47.16 
 
 
410 aa  367  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0611  tyrosyl-tRNA synthetase  47.16 
 
 
410 aa  365  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.166109  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4106  tyrosyl-tRNA synthetase  48.57 
 
 
414 aa  367  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.11265  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3050  tyrosyl-tRNA synthetase  48.4 
 
 
398 aa  365  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000057737  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5905  tyrosyl-tRNA synthetase  47.56 
 
 
410 aa  367  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1311  tyrosyl-tRNA synthetase  48.62 
 
 
388 aa  366  1e-100  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000763452  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2033  tyrosyl-tRNA synthetase  48.9 
 
 
398 aa  365  1e-99  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0657081  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0064  tyrosyl-tRNA synthetase  49.01 
 
 
399 aa  365  1e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000240526  normal  0.291627 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0809  tyrosyl-tRNA synthetase  49.01 
 
 
399 aa  365  1e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.00020616  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0637  tyrosyl-tRNA synthetase  46.12 
 
 
392 aa  364  1e-99  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08560  tyrosyl-tRNA synthetase  49.26 
 
 
399 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0100825  decreased coverage  0.000000000888942 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4045  tyrosyl-tRNA synthetase  48.78 
 
 
410 aa  363  3e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.411426 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2348  tyrosyl-tRNA synthetase  47.93 
 
 
408 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2645  tyrosyl-tRNA synthetase  49.02 
 
 
410 aa  362  5.0000000000000005e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0210517  normal  0.766307 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5098  tyrosyl-tRNA synthetase  48.06 
 
 
399 aa  362  6e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000121242  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1182  tyrosyl-tRNA synthetase  49.64 
 
 
403 aa  362  9e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000828541  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0436  tyrosyl-tRNA synthetase  48.65 
 
 
399 aa  361  1e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00177319  normal  0.0465602 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0761  tyrosyl-tRNA synthetase  46.84 
 
 
402 aa  361  1e-98  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000977983  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2880  tyrosyl-tRNA synthetase  47.78 
 
 
408 aa  361  1e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000396777  hitchhiker  0.000268729 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1139  tyrosyl-tRNA synthetase  48.43 
 
 
403 aa  360  2e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.147435  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3291  tyrosyl-tRNA synthetase  48.42 
 
 
403 aa  360  2e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2962  tyrosyl-tRNA synthetase  47.78 
 
 
398 aa  360  2e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00936111  normal  0.0105542 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3058  tyrosyl-tRNA synthetase  47.78 
 
 
398 aa  360  2e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00597341  normal  0.0659405 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0469  tyrosyl-tRNA synthetase  48.65 
 
 
399 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.000000000169724  decreased coverage  0.000126716 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0970  tyrosyl-tRNA synthetase  48.42 
 
 
403 aa  360  3e-98  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000274252  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08370  tyrosyl-tRNA synthetase  48.41 
 
 
405 aa  359  4e-98  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.464474 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1102  tyrosyl-tRNA synthetase  46.86 
 
 
403 aa  359  4e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0362281  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3927  tyrosyl-tRNA synthetase  48.4 
 
 
399 aa  359  4e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000017019  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0352  tyrosyl-tRNA synthetase  47.67 
 
 
398 aa  359  5e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1214  tyrosyl-tRNA synthetase  47.41 
 
 
397 aa  359  5e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0935576  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0609  tyrosyl-tRNA synthetase  47.91 
 
 
403 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024569  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4565  tyrosyl-tRNA synthetase  47.56 
 
 
403 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000112799  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1128  tyrosyl-tRNA synthetase  47.16 
 
 
397 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0526409  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1356  tyrosyl-tRNA synthetase  49.27 
 
 
399 aa  357  1.9999999999999998e-97  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0466  tyrosyl-tRNA synthetase  48.4 
 
 
399 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000141551  normal  0.218715 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2810  tyrosyl-tRNA synthetase  47.3 
 
 
398 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0678103  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3143  tyrosyl-tRNA synthetase  47.41 
 
 
397 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0863543  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1170  tyrosyl-tRNA synthetase  47.41 
 
 
397 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0435877  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0438  tyrosyl-tRNA synthetase  47.91 
 
 
399 aa  356  3.9999999999999996e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000725763  normal  0.0537593 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3373  tyrosyl-tRNA synthetase  46.45 
 
 
398 aa  356  5e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0706  tyrosyl-tRNA synthetase  46.23 
 
 
406 aa  355  5.999999999999999e-97  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4767  tyrosyl-tRNA synthetase  47.91 
 
 
399 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000195797  normal  0.701844 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0861  tyrosyl-tRNA synthetase  47.78 
 
 
405 aa  355  1e-96  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1247  tyrosyl-tRNA synthetase  47.41 
 
 
397 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0337224  normal  0.116936 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0886  tyrosyl-tRNA synthetase  44.88 
 
 
396 aa  353  2.9999999999999997e-96  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000451813  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2405  tyrosyl-tRNA synthetase  49.75 
 
 
400 aa  353  4e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000233958  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002596  tyrosyl-tRNA synthetase  46.8 
 
 
395 aa  353  4e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000034927  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2221  tyrosyl-tRNA synthetase  44.99 
 
 
414 aa  352  5.9999999999999994e-96  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1315  tyrosyl-tRNA synthetase  47.54 
 
 
398 aa  352  7e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1307  tyrosyl-tRNA synthetase  46.06 
 
 
395 aa  352  7e-96  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00344765  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1094  tyrosyl-tRNA synthetase  47.65 
 
 
416 aa  352  8.999999999999999e-96  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.63976  normal  0.992757 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1949  tyrosyl-tRNA synthetase  45.7 
 
 
398 aa  352  1e-95  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101397  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1212  tyrosyl-tRNA synthetase  46.55 
 
 
398 aa  351  1e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.513557  normal  0.0233716 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2333  tyrosyl-tRNA synthetase  48.4 
 
 
404 aa  351  1e-95  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>