298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0048 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 92 bp  99.6  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0134  tRNA-Ser  93.51 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.756856  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0002  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.320544  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  86.75 
 
 		 92 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2234  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2323  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0004  tRNA-Ser  85.9 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198819  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0008  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.1071  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0048  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00171886  normal  0.292826 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00032  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000331013  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0043  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0020807  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0041  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5040  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2165  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00542927  normal  0.154256 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2218  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00379666  normal  0.543792 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2065  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000178932  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0066  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.75993  normal  0.681656 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0057  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2161  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000713726  normal  0.978327 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4672  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000507057  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.250098  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0057  tRNA-Ser  85 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154466  normal  0.0269773 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0308  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  85 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t30  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232606  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t038  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0022  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0082  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.338045  normal  0.030593 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0086  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0257958  normal  0.0951833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0006  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00112591  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0083  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0290175  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0040  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.851223  normal  0.588712 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0007  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2089  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.835616  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0005  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.64663 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1765  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.393275  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0026  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0063  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.6315500000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0042  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121503  normal  0.0171671 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0023  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0043  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000117466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  85.51 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0007  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0166763  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  85.94 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  85.94 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 94 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  83.75 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  85.94 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  85.94 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  85.94 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>