More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2711 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_2711  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  622  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  99.02 
 
 		 306 aa  617  1e-176  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  64.29 
 
 		 310 aa  385  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4103  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 300 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4432  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 300 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3970  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 300 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1299  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 300 aa  246  3e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5758  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 300 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0665563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4546  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 300 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.471439  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3822  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 300 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.563678  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2219  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 300 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1244  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 300 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0957  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 300 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1940  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 300 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0206  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 300 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0296  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 300 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1663  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 338 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0218  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 300 aa  239  5e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1518  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 316 aa  209  7e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2956  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 316 aa  201  9e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.2285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6670  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 311 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128722  normal  0.169753 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2910  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 309 aa  192  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4171  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 305 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4822  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 329 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3344  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 329 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6018  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 320 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6318  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 320 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3555  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5141  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.730925 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2599  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 319 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3205  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0988994 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1301  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.828365  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 307 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0146  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 296 aa  172  5e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0795  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.556779 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 315 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3819  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 316 aa  169  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166193  normal  0.37605 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6961  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7451  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 302 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26270  putative transcriptional regulator  33.56 
 
 		 329 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.338283  normal  0.903696 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0068  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.3 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.3 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.3 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.3 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.72 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.3 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  32.3 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.3 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 302 aa  152  7e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1450  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.756367  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.96 
 
 		 302 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0229  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.983112 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5134  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  0.868057 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5417  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.826157  normal  0.396347 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1408  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 312 aa  149  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0263821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5936  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0793  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 299 aa  146  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1495  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 299 aa  146  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0603097  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2110  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 299 aa  146  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1807  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 299 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0475  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 299 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0377  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 299 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5307  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0037216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4764  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 306 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3348  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0103811 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 315 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3287  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 316 aa  142  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.5 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5895  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0445545 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5515  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4768  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.533402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3599  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.601039  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0947  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 305 aa  135  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.401348 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3700  LysR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0546971  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4296  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4197  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4505  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.061822 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7090  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4446  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 306 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.553142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0207  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2701  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 312 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2998  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 312 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.412337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3086  MarR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 312 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3051  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 312 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.683935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3031  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 324 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0317613  normal  0.872582 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 331 aa  115  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0837  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.033112  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0580  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.89 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4431  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.89 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0908114 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3414  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.89 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>