More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0063 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0063  two component response regulator  100 
 
 
191 aa  389  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3989  two component transcriptional regulator, Fis family  85.64 
 
 
192 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4317  response regulator receiver protein  88.07 
 
 
192 aa  321  4e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275462  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3273  two component Fis family transcriptional regulator  80.65 
 
 
194 aa  305  3e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0137  DNA-binding response regulator  79.67 
 
 
187 aa  299  2e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0131  DNA-binding response regulator  79.67 
 
 
187 aa  299  2e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00417692  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0150  two component Fis family transcriptional regulator  80.22 
 
 
187 aa  281  3.0000000000000004e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4041  response regulator receiver protein  77.71 
 
 
188 aa  281  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.631958  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7660  two-component transcriptional regulator RegR  74.71 
 
 
224 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3430  photosynthetic apparatus regulatory protein RegA  73.08 
 
 
184 aa  271  4.0000000000000004e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0596  response regulator receiver  72.83 
 
 
209 aa  269  2e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.186654  normal  0.0367411 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0607  response regulator receiver protein  72.83 
 
 
200 aa  268  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.307658  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0059  two component Fis family transcriptional regulator  73.99 
 
 
184 aa  268  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0571  two component transcriptional regulator, Fis family  72.25 
 
 
200 aa  267  8.999999999999999e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0260765 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0131  response regulator receiver  73.99 
 
 
184 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0231  response regulator receiver domain-containing protein  73.41 
 
 
184 aa  265  2e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0360  response regulator receiver domain-containing protein  73.41 
 
 
195 aa  264  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0692819  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4363  two component Fis family transcriptional regulator  71.68 
 
 
199 aa  264  5.999999999999999e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3325  two component Fis family transcriptional regulator  71.75 
 
 
199 aa  264  5.999999999999999e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363618  normal  0.0552341 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0574  two component transcriptional regulator, Fis family  74.57 
 
 
184 aa  264  7e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64403  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0111  helix-turn-helix, Fis-type  72.07 
 
 
184 aa  263  2e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0286945 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4890  two component Fis family transcriptional regulator  71.68 
 
 
198 aa  262  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.993283  decreased coverage  0.000990624 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1834  response regulator receiver protein  71.68 
 
 
199 aa  262  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.743005  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0018  two component Fis family transcriptional regulator  73.99 
 
 
208 aa  259  2e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.594546  normal  0.0172011 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0306  two component Fis family transcriptional regulator  70.49 
 
 
184 aa  258  4e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327963  normal  0.0618542 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2838  response regulator receiver protein  70.22 
 
 
184 aa  256  2e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0321  response regulator receiver protein  69.14 
 
 
186 aa  256  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0435098 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1518  PrrA (RegA), response regulator involved in oxygen regulation of photosynthesis genes  68.68 
 
 
184 aa  255  3e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385601  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0170  two component Fis family transcriptional regulator  68.68 
 
 
184 aa  255  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.485216  normal  0.727058 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2959  two component Fis family transcriptional regulator  68.13 
 
 
184 aa  254  5e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0531334 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4068  response regulator receiver domain-containing protein  71.19 
 
 
186 aa  245  4e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.158114 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2781  two component Fis family transcriptional regulator  72.16 
 
 
182 aa  239  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.463044  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4650  two component Fis family transcriptional regulator  67.72 
 
 
185 aa  223  9e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.157777  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2863  response regulator receiver protein  66.1 
 
 
183 aa  220  8e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.274162  normal  0.59867 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4553  DNA-binding response regulator  54.17 
 
 
187 aa  176  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.023221  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2202  response regulator receiver domain-containing protein  51.48 
 
 
183 aa  175  5e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4230  helix-turn-helix, Fis-type  53.57 
 
 
187 aa  174  8e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547094  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0848  two component Fis family transcriptional regulator  56.14 
 
 
186 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58300  putative two-component response regulator  55.56 
 
 
186 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5107  putative two-component response regulator  55.56 
 
 
186 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4290  two component Fis family transcriptional regulator  54.39 
 
 
187 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.566048  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0888  two component transcriptional regulator, Fis family  54.39 
 
 
186 aa  168  5e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414248  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0927  two component Fis family transcriptional regulator  54.39 
 
 
187 aa  168  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0931  two component Fis family transcriptional regulator  54.39 
 
 
187 aa  168  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0821  two component Fis family transcriptional regulator  53.8 
 
 
186 aa  166  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0974274  normal  0.860547 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12560  Response regulator RegA/PrrA/ActR type  52.38 
 
 
186 aa  165  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.555573  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0007  two component Fis family transcriptional regulator  45.83 
 
 
187 aa  160  1e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2205  two component Fis family transcriptional regulator  48.24 
 
 
182 aa  156  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2255  two component transcriptional regulator, Fis family  48.24 
 
 
185 aa  155  2e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0449716  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1607  two component Fis family transcriptional regulator  48.24 
 
 
185 aa  155  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.016434  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2343  two component transcriptional regulator, Fis family  48.24 
 
 
185 aa  155  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.888574  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3895  two component Fis family transcriptional regulator  46.47 
 
 
182 aa  155  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2976  DNA binding response regulator  44.32 
 
 
184 aa  155  4e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2690  two component Fis family transcriptional regulator  49.71 
 
 
179 aa  154  6e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1419  two component Fis family transcriptional regulator  45.09 
 
 
178 aa  154  8e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.104403  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2736  two component transcriptional regulator, Fis family  45.16 
 
 
191 aa  154  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.564364  hitchhiker  0.00000000117794 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1641  response regulator receiver protein  46.24 
 
 
183 aa  152  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.772734  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1502  response regulator receiver protein  49.4 
 
 
177 aa  151  4e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233016  normal  0.368331 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0666  two component transcriptional regulator, Fis family  49.71 
 
 
180 aa  150  8e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5543  two component transcriptional regulator, Fis family  47.13 
 
 
180 aa  149  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.657887  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1826  response regulator receiver domain-containing protein  48.81 
 
 
179 aa  149  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00235342  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3137  DNA-binding response regulator  47.59 
 
 
171 aa  148  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0521248  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4063  two component Fis family transcriptional regulator  45.35 
 
 
178 aa  146  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.309785  normal  0.299316 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00797  two-component system regulatory protein  45.45 
 
 
178 aa  145  3e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0209554  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3089  two component Fis family transcriptional regulator  45.98 
 
 
180 aa  145  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.132133 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3434  Fis family DNA-binding response regulator  45.98 
 
 
180 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.810628  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0199  Fis family DNA-binding response regulator  45.98 
 
 
180 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.453843  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2914  Fis family DNA-binding response regulator  45.98 
 
 
180 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.600454  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3252  response regulator  45.98 
 
 
180 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.10506  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0384  response regulator protein  45.98 
 
 
180 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.396029  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0189  Fis family DNA-binding response regulator  45.98 
 
 
180 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2175  Fis family DNA-binding response regulator  45.98 
 
 
180 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1522  two component transcriptional regulator, Fis family  45.03 
 
 
189 aa  145  5e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0163  response regulator  45.98 
 
 
180 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4069  two component Fis family transcriptional regulator  42.13 
 
 
200 aa  144  9e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1585  helix-turn-helix, Fis-type  46.2 
 
 
177 aa  143  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0640788  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0068  two component Fis family transcriptional regulator  45.76 
 
 
180 aa  143  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.207076  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6444  two component Fis family transcriptional regulator  46.51 
 
 
180 aa  142  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.307921  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3002  two component Fis family transcriptional regulator  46.51 
 
 
180 aa  142  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.593842 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0341  two component transcriptional regulator, Fis family  45.2 
 
 
180 aa  142  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3140  response regulator receiver protein  46.51 
 
 
180 aa  142  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2479  response regulator receiver protein  46.51 
 
 
180 aa  141  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000248912  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3110  two component Fis family transcriptional regulator  46.51 
 
 
180 aa  141  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.195644 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3093  response regulator receiver protein  46.51 
 
 
180 aa  141  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0804017  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4382  two component Fis family transcriptional regulator  44.63 
 
 
180 aa  140  9e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0040  response regulator transcription regulator protein  44.57 
 
 
192 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3388  two component transcriptional regulator, Fis family  44.57 
 
 
192 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3711  two component transcriptional regulator, Fis family  44.57 
 
 
192 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3342  two component Fis family transcriptional regulator  42.94 
 
 
178 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.180558 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4819  DNA-binding response regulator  42.44 
 
 
186 aa  139  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.982858  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2271  two component transcriptional regulator, Fis family  46.75 
 
 
177 aa  138  6e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2781  two component Fis family transcriptional regulator  46.75 
 
 
177 aa  138  6e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0135  response regulator receiver domain-containing protein  44.75 
 
 
187 aa  137  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0404616 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0172  helix-turn-helix, Fis-type  43.22 
 
 
206 aa  137  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00427429  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0602  response regulator receiver  40.91 
 
 
183 aa  137  7.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2064  two component Fis family transcriptional regulator  43.1 
 
 
192 aa  137  8.999999999999999e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2149  response regulator receiver protein  42.53 
 
 
192 aa  137  1e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0520959  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0553  two component Fis family transcriptional regulator  41.42 
 
 
179 aa  136  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1844  response regulator receiver protein  40.59 
 
 
180 aa  136  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0730516  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2036  putative photosynthetic apparatus regulatory protein regA  43.02 
 
 
177 aa  136  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>