298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0021 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00070  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000213346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000101126  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5235  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000789982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0528  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000899305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0002  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0088  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4214  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000749562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5233  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000806074  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0002  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.236408  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0031  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0011  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000391408  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4164  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0045  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0152131  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0096  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4160  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214401  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4129  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.17442  normal  0.148505 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4145  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000725201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000112218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4202  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22322e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14026  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0004  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.170858  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5090  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000428942  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0121  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000547539  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0086  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0002  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0110992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0099  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4713  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.43285e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0034  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0742287  normal  0.354735 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0006  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000337222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0094  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000259411  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4322  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000374213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4160  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011069  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0033  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.520451  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0030  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.419312  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0030  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPro01  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 80 bp  73.8  0.000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000413507  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPro02  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 80 bp  73.8  0.000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00984668  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0026  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0035  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11950  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.883276 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0008  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309094  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.220954  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309128  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309194  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>