297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0015 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  96.23 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0105  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000482088  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5665  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000462002  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5695  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000661366  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5725  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000708731  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0278  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 80 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000160288  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0007424  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000658436  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000771561  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 80 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000117481  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 80 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144248  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000391226  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000195724  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0300  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871515  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0052  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0025  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0259954  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4570  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000623661  normal  0.109465 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0102  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160817  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0010  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000189735  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5640  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.108099  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792885  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000401442  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000342912  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0219  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000281593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5812  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000461866  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0052  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000784073  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0101  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00179656  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0025  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0258602  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5027  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000593186  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0132  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000929612  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0861  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101894  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0136  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00336688  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5043  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000247128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5733  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000104874  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5673  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000105967  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0786  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.39935e-31 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4996  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0037  tRNA-Pro  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000230593  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0035  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0026  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0023  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000446356  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0035  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0038  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  93.48 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1575  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1610  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.815519 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0002  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0051  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0012  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00369197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0036  tRNA-Pro  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00692633  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0044  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.180839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0018  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.767214  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0046  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0117293  normal  0.0116525 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>