162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0055 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0056  regulatory protein, FmdB family  100 
 
 
85 aa  176  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00717185  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0055  hypothetical protein  100 
 
 
85 aa  176  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130554  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0229  FmdB family regulatory protein  61.9 
 
 
99 aa  91.7  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1777  hypothetical protein  55.26 
 
 
92 aa  90.9  6e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0864  hypothetical protein  56.06 
 
 
121 aa  87.8  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.115967 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0464  hypothetical protein  53.95 
 
 
112 aa  87.4  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36740  regulatory protein, FmdB family  52.44 
 
 
88 aa  86.3  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1142  regulatory protein, FmdB family  51.14 
 
 
95 aa  86.3  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0636  hypothetical protein  63.49 
 
 
83 aa  85.9  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.08864e-09  normal  0.992354 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4045  hypothetical protein  53.42 
 
 
133 aa  85.1  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.859174  normal  0.576471 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1295  hypothetical protein  60.66 
 
 
113 aa  84.7  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.30554  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0379  FmdB family regulatory protein  50.62 
 
 
114 aa  84  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.42078 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0654  regulatory protein, FmdB family  47.56 
 
 
125 aa  84  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257627  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1068  hypothetical protein  55.56 
 
 
128 aa  83.2  1e-15  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1172  regulatory protein, FmdB family  55.26 
 
 
87 aa  82.8  1e-15  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.884251  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0558  hypothetical protein  54.17 
 
 
112 aa  82.8  2e-15  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0673  hypothetical protein  53.52 
 
 
113 aa  81.3  4e-15  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.295597  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2754  hypothetical protein  53.52 
 
 
113 aa  81.3  4e-15  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.82151  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2754  FmdB family regulatory protein  56.52 
 
 
117 aa  81.3  4e-15  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0326543  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2324  hypothetical protein  53.52 
 
 
113 aa  81.3  4e-15  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2727  FmdB family regulatory protein  56.52 
 
 
117 aa  81.3  4e-15  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0305194  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2404  hypothetical protein  53.52 
 
 
113 aa  81.3  4e-15  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1324  FmdB family regulatory protein  53.42 
 
 
114 aa  81.3  4e-15  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00811436 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0339  regulatory protein, FmdB family  61.02 
 
 
113 aa  81.3  4e-15  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0689  hypothetical protein  53.52 
 
 
113 aa  81.3  4e-15  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471349  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2115  FmdB transcriptional regulator  56.52 
 
 
117 aa  81.3  4e-15  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.633311  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0354  regulatory protein, FmdB family  61.02 
 
 
113 aa  81.3  4e-15  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.379758  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0850  regulatory protein  53.52 
 
 
113 aa  81.3  4e-15  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.172615  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2386  hypothetical protein  49.41 
 
 
83 aa  81.3  5e-15  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.954945  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6054  hypothetical protein  53.42 
 
 
115 aa  80.9  5e-15  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4412  hypothetical protein  57.14 
 
 
73 aa  81.3  5e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0167731  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0785  FmdB family regulatory protein  54.69 
 
 
120 aa  80.5  8e-15  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0512  regulatory protein, FmdB family  57.63 
 
 
94 aa  80.1  9e-15  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0572  FmdB family regulatory protein  56.45 
 
 
107 aa  79.3  1e-14  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.13841  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1843  hypothetical protein  57.14 
 
 
85 aa  79.7  1e-14  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00987876  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2229  FmdB family regulatory protein  57.14 
 
 
113 aa  79.3  2e-14  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0376  hypothetical protein  56.16 
 
 
109 aa  79.3  2e-14  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0204  regulatory protein, FmdB family  53.16 
 
 
81 aa  78.2  3e-14  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0297929 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2782  FmdB family regulatory protein  55.56 
 
 
63 aa  78.2  3e-14  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155022  normal  0.0575706 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2778  FmdB family regulatory protein  53.62 
 
 
111 aa  78.2  4e-14  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0428  hypothetical protein  48.61 
 
 
91 aa  78.2  4e-14  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.575896  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0912  hypothetical protein  53.97 
 
 
78 aa  77.8  4e-14  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  2.32009e-16  decreased coverage  8.81745e-08 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1745  FmdB family regulatory protein  48.61 
 
 
91 aa  78.2  4e-14  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.195874  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2645  FmdB family regulatory protein  53.62 
 
 
111 aa  78.2  4e-14  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.596631  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0440  hypothetical protein  54.17 
 
 
86 aa  77.8  5e-14  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0301  hypothetical protein  52.38 
 
 
108 aa  77.8  5e-14  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298186  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0872  FmdB family regulatory protein  56.67 
 
 
105 aa  77.4  6e-14  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.616078  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0801  regulatory protein, FmdB family  56.67 
 
 
90 aa  77.4  6e-14  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4011  FmdB family regulatory protein  56.67 
 
 
108 aa  77  8e-14  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.61768e-06 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1970  hypothetical protein  48.19 
 
 
81 aa  76.6  9e-14  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4003  FmdB family regulatory protein  53.97 
 
 
73 aa  76.3  1e-13  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2036  hypothetical protein  61.02 
 
 
95 aa  76.3  1e-13  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  4.59423e-05  normal  0.717478 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1241  FmdB family regulatory protein  52.38 
 
 
73 aa  75.9  2e-13  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292209  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0601  type I antifreeze protein  46.67 
 
 
97 aa  75.5  2e-13  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0437  hypothetical protein  60 
 
 
157 aa  75.9  2e-13  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5455  FmdB family regulatory protein  55.38 
 
 
105 aa  75.1  3e-13  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1212  hypothetical protein  50.79 
 
 
73 aa  74.3  5e-13  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4206  FmdB family regulatory protein  50.79 
 
 
73 aa  74.3  5e-13  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.384212  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4124  regulatory protein, FmdB family  53.73 
 
 
112 aa  74.3  5e-13  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0599881  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6324  regulatory protein, FmdB family  48.15 
 
 
108 aa  74.3  5e-13  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165247  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2392  regulatory protein, FmdB family  57.38 
 
 
85 aa  73.2  1e-12  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2798  regulatory protein, FmdB family  45.24 
 
 
88 aa  73.2  1e-12  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.821801  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3639  FmdB family regulatory protein  54.24 
 
 
105 aa  72.8  1e-12  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0195  regulatory protein, FmdB family  56.67 
 
 
81 aa  72.4  2e-12  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2555  FmdB family regulatory protein  50.6 
 
 
85 aa  72  2e-12  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0169359  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1163  hypothetical protein  41.98 
 
 
83 aa  68.6  3e-11  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  3.62411e-16  hitchhiker  0.00947496 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01549  putative regulatory protein, FmdB family  47.06 
 
 
97 aa  68.2  3e-11  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2661  hypothetical protein  51.52 
 
 
82 aa  67  8e-11  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0161  FmdB family regulatory protein  42.47 
 
 
102 aa  66.2  1e-10  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.740481  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1432  hypothetical protein  43.33 
 
 
104 aa  65.5  2e-10  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1552  hypothetical protein  43.33 
 
 
104 aa  65.5  2e-10  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0908  regulatory protein, FmdB family  55.36 
 
 
96 aa  65.5  3e-10  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3821  FmdB family regulatory protein  50 
 
 
89 aa  65.5  3e-10  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268528  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2573  regulatory protein, FmdB family  49.12 
 
 
86 aa  64.7  4e-10  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.35331e-07 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0108  regulatory protein, FmdB family  52.63 
 
 
142 aa  64.7  4e-10  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0629373  normal  0.10638 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0863  hypothetical protein  43.21 
 
 
83 aa  63.9  7e-10  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.574225  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0686  FmdB family regulatory protein  47.69 
 
 
128 aa  63.9  7e-10  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.249873 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16440  putative regulatory protein, FmdB family  52.63 
 
 
92 aa  63.5  9e-10  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.324116  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0488  regulatory protein, FmdB family  48.39 
 
 
107 aa  63.5  9e-10  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.813132  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3272  regulatory protein, FmdB family  42.86 
 
 
90 aa  62.8  2e-09  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.248123  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2303  regulatory protein, FmdB family  46.88 
 
 
109 aa  62  3e-09  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0327558  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2866  FmdB family regulatory protein  45.61 
 
 
81 aa  62  3e-09  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2391  regulatory protein, FmdB family  46.88 
 
 
109 aa  62  3e-09  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.873408  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0787  FmdB family regulatory protein  43.94 
 
 
93 aa  62  3e-09  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1168  FmdB family regulatory protein  39.51 
 
 
82 aa  62  3e-09  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  2.32466e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8652  putative regulatory protein, FmdB family  47.37 
 
 
115 aa  61.2  5e-09  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2815  regulatory protein, FmdB family  48.33 
 
 
86 aa  60.8  6e-09  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.640652  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4588  regulatory protein, FmdB family  50.91 
 
 
120 aa  60.8  6e-09  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.691856  normal  0.396421 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4089  regulatory protein, FmdB family  49.12 
 
 
120 aa  60.8  7e-09  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.702052 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0742  FmdB family regulatory protein  41.79 
 
 
132 aa  60.5  8e-09  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.105899  normal  0.441026 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32690  putative regulatory protein, FmdB family  50 
 
 
112 aa  60.5  9e-09  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.914233  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1038  FmdB family regulatory protein  45.31 
 
 
90 aa  60.1  9e-09  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  6.17496e-07  unclonable  8.27491e-06 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1561  hypothetical protein  45.83 
 
 
104 aa  59.7  1e-08  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.266221  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0208  regulatory protein, FmdB family  43.48 
 
 
91 aa  59.3  2e-08  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0219  regulatory protein, FmdB family  43.48 
 
 
91 aa  59.3  2e-08  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.530805  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0371  hypothetical protein  50.88 
 
 
95 aa  58.9  2e-08  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4042  hypothetical protein  38.27 
 
 
125 aa  59.3  2e-08  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0232  regulatory protein, FmdB family  47.37 
 
 
58 aa  58.5  3e-08  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1094  FmdB transcriptional regulator  44.78 
 
 
89 aa  58.5  3e-08  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.176161  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4645  regulatory protein, FmdB family  42.19 
 
 
119 aa  58.2  4e-08  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>