More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3907 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A0799  putative xanthine dehydrogenase (subunit A) oxidoreductase protein  65.71 
 
 
515 aa  640    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3907  xanthine dehydrogenase, small subunit  100 
 
 
542 aa  1118    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5910  xanthine dehydrogenase, small subunit  76.62 
 
 
537 aa  814    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3460  xanthine dehydrogenase, small subunit  55.51 
 
 
530 aa  570  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.266307 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0950  xanthine dehydrogenase, subunit A  55.24 
 
 
543 aa  546  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.368271 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1922  xanthine dehydrogenase, small subunit  53.17 
 
 
504 aa  545  1e-154  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.501378 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2425  ferredoxin:molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding:(2Fe-2S)-binding:CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal  53.86 
 
 
500 aa  543  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0771886  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2246  xanthine dehydrogenase, small subunit  53.93 
 
 
504 aa  545  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3041  xanthine dehydrogenase, small subunit  56 
 
 
515 aa  545  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0266852 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3924  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  54.12 
 
 
516 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.249552 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0713  xanthine dehydrogenase, small subunit  54.75 
 
 
512 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0804  xanthine dehydrogenase, small subunit  54.65 
 
 
523 aa  538  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0832  2Fe-2S ferredoxin, iron-sulfur binding site  54.14 
 
 
528 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0893  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding  52.81 
 
 
498 aa  533  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.366411  normal  0.919592 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0348  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  53.95 
 
 
528 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0658875  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0711  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  53.53 
 
 
520 aa  532  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2095  putative xanthine dehydrogenase (subunit A) oxidoreductase protein  53.54 
 
 
516 aa  531  1e-149  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0728  xanthine dehydrogenase, small subunit  52.85 
 
 
527 aa  528  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.461227 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2422  xanthine dehydrogenase, small subunit  52.46 
 
 
505 aa  522  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1155  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  56.73 
 
 
518 aa  523  1e-147  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.874334  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2552  xanthine dehydrogenase, small subunit  52.28 
 
 
526 aa  519  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.865646 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3886  putative xanthine dehydrogenase  52.22 
 
 
507 aa  520  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0793  xanthine dehydrogenase, small subunit  50.87 
 
 
507 aa  513  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.229921 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2042  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  53.89 
 
 
505 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3215  xanthine dehydrogenase  53.7 
 
 
505 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.413066  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3160  xanthine dehydrogenase, small subunit  53.89 
 
 
505 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3199  xanthine dehydrogenase family protein, iron-sulfur-binding/FAD-binding subunit  53.7 
 
 
505 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.188115  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0871  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  53.89 
 
 
505 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.222869  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1905  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  53.7 
 
 
505 aa  490  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.259352  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2705  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  53.7 
 
 
505 aa  490  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1408  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  53.25 
 
 
592 aa  488  1e-136  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.332531  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1339  xanthine dehydrogenase, small subunit  52.54 
 
 
501 aa  463  1e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00017372  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3660  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  45.45 
 
 
484 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.807153  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3133  xanthine dehydrogenase, small subunit  43.48 
 
 
488 aa  413  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207802  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2448  xanthine dehydrogenase, small subunit  46.86 
 
 
507 aa  410  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3102  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  46.86 
 
 
507 aa  410  1e-113  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.238239  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4278  xanthine dehydrogenase, XdhA subunit  45.51 
 
 
484 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.513605  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3604  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.65 
 
 
484 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.703198  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1130  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  48.11 
 
 
507 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.16283  normal  0.329933 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1035  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  44.19 
 
 
506 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.22588  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0451  xanthine dehydrogenase small subunit  41.83 
 
 
496 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.608502  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2861  xanthine dehydrogenase, small subunit  43.68 
 
 
488 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0406506  normal  0.82137 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3842  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.45 
 
 
484 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.977655  normal  0.775119 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0226  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.91 
 
 
497 aa  404  1e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.183423  normal  0.106399 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1590  xanthine dehydrogenase, small subunit  45 
 
 
484 aa  405  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.597851 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1815  ferredoxin:molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding:[2Fe-2S]-binding:CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal  44.38 
 
 
484 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522719  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5002  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  45.69 
 
 
512 aa  400  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0860  xanthine dehydrogenase, small subunit  43.95 
 
 
504 aa  400  9.999999999999999e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.588743  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3948  hypothetical protein  45.61 
 
 
485 aa  395  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.804932  normal  0.121566 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3720  xanthine dehydrogenase, small subunit  44.66 
 
 
493 aa  393  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1797  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  43.28 
 
 
484 aa  389  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.014868  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3554  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.93 
 
 
485 aa  392  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2751  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  43.5 
 
 
479 aa  389  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433722  normal  0.51663 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3237  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  45.28 
 
 
485 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.492862  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4499  xanthine dehydrogenase small subunit  44.47 
 
 
496 aa  389  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999061  normal  0.0980927 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3320  xanthine dehydrogenase  42.19 
 
 
490 aa  390  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.151633  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2833  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  42.35 
 
 
492 aa  391  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0349  xanthine dehydrogenase, putative  42.16 
 
 
492 aa  386  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2958  putative xanthine dehydrogenase  44.6 
 
 
483 aa  386  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0528227 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2704  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  45.33 
 
 
487 aa  389  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.299034 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0365  xanthine dehydrogenase, small subunit  41.96 
 
 
492 aa  383  1e-105  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528905  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1481  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  41 
 
 
571 aa  385  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0612404 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4620  xanthine dehydrogenase small subunit  41.36 
 
 
493 aa  381  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.678377  normal  0.546493 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0499  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  43.43 
 
 
467 aa  379  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.258857 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2300  xanthine dehydrogenase small subunit  44.51 
 
 
476 aa  373  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.289203  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3809  xanthine dehydrogenase  45.27 
 
 
484 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4257  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  42.19 
 
 
481 aa  370  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4864  xanthine dehydrogenase, iron-sulfur binding subunit  40.39 
 
 
494 aa  368  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44710  xanthine dehydrogenase  44.87 
 
 
484 aa  368  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0199275 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0937  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  42.12 
 
 
486 aa  363  5.0000000000000005e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22290  xanthine dehydrogenase, small subunit  42.86 
 
 
496 aa  362  1e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2424  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  40.28 
 
 
480 aa  352  1e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02515  putative xanthine dehydrogenase, XdhA subunit  40.51 
 
 
480 aa  350  3e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2699  xanthine dehydrogenase small subunit  39.49 
 
 
499 aa  327  4.0000000000000003e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1789  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  42.74 
 
 
484 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1140  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  34.72 
 
 
552 aa  310  5.9999999999999995e-83  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.578898  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3759  xanthine dehydrogenase small subunit  39.44 
 
 
467 aa  299  1e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1453  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding protein  39.4 
 
 
461 aa  293  5e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1788  xanthine dehydrogenase, small subunit  38.12 
 
 
467 aa  292  1e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.350368  normal  0.377628 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2603  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  38.01 
 
 
468 aa  287  4e-76  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0259  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding  35.07 
 
 
514 aa  246  6.999999999999999e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1636  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  35.49 
 
 
490 aa  241  2.9999999999999997e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0433  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding protein  30.38 
 
 
450 aa  197  6e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.649108  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6765  (2Fe-2S)-binding domain protein  29.02 
 
 
470 aa  189  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09178  conserved hypothetical protein  25.57 
 
 
1350 aa  132  2.0000000000000002e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05613  Xanthine dehydrogenase (EC 1.17.1.4)(Purine hydroxylase I) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q12553]  39.44 
 
 
1363 aa  124  4e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.542014  normal  0.0769199 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1819  medium FAD-binding subunit of molybdenum enzyme  30.32 
 
 
280 aa  122  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15968  predicted protein  40.36 
 
 
1387 aa  120  9e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2413  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding  31.88 
 
 
276 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2144  carbon monoxide dehydrogenase, medium subunit  31.29 
 
 
288 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.102712 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3075  ferredoxin:(2Fe-2S)-binding  35.33 
 
 
160 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1738  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding  24.57 
 
 
305 aa  110  7.000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1739  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  34.15 
 
 
164 aa  110  8.000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1818  (2Fe-2S)-binding  38.27 
 
 
156 aa  109  1e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2539  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding protein  30.96 
 
 
287 aa  108  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0444448  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2922  (2Fe-2S)-binding domain protein  37.06 
 
 
173 aa  108  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.225706  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2152  (2Fe-2S)-binding domain protein  32.61 
 
 
164 aa  107  5e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3192  xanthine dehydrogenase subunit XdhB  28.83 
 
 
292 aa  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0029  carbon monoxide dehydrogenase, medium subunit  30.47 
 
 
288 aa  106  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.275591 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3027  xanthine dehydrogenase subunit XdhB  28.83 
 
 
292 aa  105  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>