63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0350 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0350  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 130 aa  253  5e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.902002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2129  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.54 
 
 		 128 aa  96.3  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.027285  normal  0.408221 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4238  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.29 
 
 		 156 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4372  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.29 
 
 		 156 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4166  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.29 
 
 		 156 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2278  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.19 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0502314  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.67 
 
 		 140 aa  55.1  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.69 
 
 		 140 aa  54.7  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  34.62 
 
 		 146 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0453  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 		 134 aa  52.4  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00775346  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  34.62 
 
 		 146 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2066  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.89 
 
 		 135 aa  50.8  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.18 
 
 		 130 aa  50.8  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0439  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.41 
 
 		 132 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.29268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.66 
 
 		 142 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1437  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.41 
 
 		 127 aa  48.1  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.46 
 
 		 122 aa  48.5  0.00003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  31.9 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.69 
 
 		 132 aa  47.4  0.00006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.24 
 
 		 137 aa  47.4  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.11 
 
 		 137 aa  46.6  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.38 
 
 		 140 aa  46.2  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.37 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.091049  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.12 
 
 		 134 aa  45.4  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  27.12 
 
 		 134 aa  45.4  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2995  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 		 142 aa  45.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310145  normal  0.213252 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.91 
 
 		 142 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  34.48 
 
 		 136 aa  45.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0054  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.05 
 
 		 129 aa  44.7  0.0004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  32.48 
 
 		 143 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1961  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.4 
 
 		 174 aa  44.3  0.0005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00643734  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.23 
 
 		 144 aa  43.9  0.0007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.71 
 
 		 148 aa  43.9  0.0008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.492419 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.36 
 
 		 144 aa  43.9  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  35 
 
 		 136 aa  43.9  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0825  TonB system transport protein ExbD  34.62 
 
 		 153 aa  43.5  0.0009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.027584 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 		 141 aa  43.5  0.0009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.83 
 
 		 143 aa  42.7  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.93 
 
 		 140 aa  43.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0551  hypothetical protein  47.5 
 
 		 179 aa  43.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0374  TonB system transport protein ExbD type-1  33.65 
 
 		 141 aa  43.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.55 
 
 		 133 aa  43.5  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  45.95 
 
 		 143 aa  43.5  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0234  TonB system transport protein ExbD  37.04 
 
 		 177 aa  43.5  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.2 
 
 		 142 aa  43.5  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.69 
 
 		 143 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2358  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.37 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.58 
 
 		 141 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0546  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.62 
 
 		 152 aa  42.4  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00922706  normal  0.113975 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  20.18 
 
 		 136 aa  42.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.03 
 
 		 143 aa  42  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0937  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.79 
 
 		 145 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4057  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.89 
 
 		 193 aa  41.6  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000796256  hitchhiker  0.000000255237 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1586  hypothetical protein  46.34 
 
 		 174 aa  41.6  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.345573  normal  0.0169562 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  20 
 
 		 133 aa  41.6  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.02 
 
 		 141 aa  41.2  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  18.42 
 
 		 135 aa  40.8  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0068  TonB system transport protein ExbD  28.32 
 
 		 141 aa  40.8  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.88 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1656  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.14 
 
 		 151 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  19.27 
 
 		 135 aa  40  0.009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0731  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.73 
 
 		 174 aa  40  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.17 
 
 		 134 aa  40  0.01  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>