More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2122 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2122  small multidrug resistance protein  100 
 
 		 109 aa  213  5e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0613848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3424  small multidrug resistance protein  54.72 
 
 		 106 aa  110  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4255  small multidrug resistance protein  50.96 
 
 		 107 aa  107  5e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.956608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3295  small multidrug resistance protein  50 
 
 		 108 aa  99.4  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10818  putative chaperone/membrane protein  47.22 
 
 		 108 aa  96.7  9e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.381879  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5569  small multidrug resistance protein  51.38 
 
 		 109 aa  96.3  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1016  small multidrug resistance protein  50.98 
 
 		 104 aa  93.6  9e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0543961  normal  0.555667 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0285  integral membrane protein  49.07 
 
 		 108 aa  90.9  5e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.111865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4003  small multidrug resistance protein  49.53 
 
 		 109 aa  90.9  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000483781  normal  0.0171041 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2170  small multidrug resistance protein  47.62 
 
 		 106 aa  90.5  7e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0707  sugE protein  48.57 
 
 		 106 aa  89.7  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.411222  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3013  small multidrug resistance protein  44.23 
 
 		 106 aa  90.1  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3195  small multidrug resistance protein  49.52 
 
 		 122 aa  89.4  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.141243 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1679  small multidrug resistance protein  49.02 
 
 		 104 aa  89.4  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.627389  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05170  cation/cationic drug transporter  49.02 
 
 		 104 aa  88.2  4e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0982  small multidrug resistance protein  49.02 
 
 		 105 aa  88.2  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.900184  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1574  small multidrug resistance protein  45.63 
 
 		 106 aa  87.8  5e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4732  small multidrug resistance protein  52.43 
 
 		 107 aa  86.7  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00175948 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2945  small multidrug resistance protein  44.76 
 
 		 104 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.46208  normal  0.904124 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1759  small multidrug resistance protein  49.04 
 
 		 106 aa  86.7  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.548136  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2731  small multidrug resistance protein  47.12 
 
 		 108 aa  85.9  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000850052  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1666  small multidrug resistance protein  45.71 
 
 		 104 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0202268  normal  0.0201318 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0730  small multidrug resistance protein  45.54 
 
 		 107 aa  85.5  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2336  small multidrug resistance protein  45.54 
 
 		 104 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.155364  normal  0.542758 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4409  small multidrug resistance protein  48.57 
 
 		 106 aa  85.1  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1773  DMT superfamily multidrug efflux pump  49.5 
 
 		 104 aa  85.1  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.251074  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0420  small multidrug resistance protein  49.5 
 
 		 104 aa  85.1  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3713  small multidrug resistance protein  40.38 
 
 		 106 aa  84.7  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.314785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1298  small multidrug resistance protein  42.86 
 
 		 105 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4019  small multidrug resistance protein  44.34 
 
 		 105 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1256  small multidrug resistance protein  44.34 
 
 		 105 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00359766 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1634  small multidrug resistance protein  46.08 
 
 		 105 aa  84.3  5e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0656851 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1231  small multidrug resistance protein  41.35 
 
 		 106 aa  84.3  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.116721  normal  0.7202 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2526  small multidrug resistance protein  46.08 
 
 		 104 aa  84.3  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.158974  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4387  small multidrug resistance protein  48.57 
 
 		 106 aa  84  6e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1701  small multidrug resistance protein  44.34 
 
 		 105 aa  84  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.218727 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4254  small multidrug resistance protein  47.62 
 
 		 106 aa  83.6  9e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0979  small multidrug resistance protein  45.19 
 
 		 107 aa  83.6  9e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4681  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  41.9 
 
 		 105 aa  82.8  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5667  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  41.9 
 
 		 105 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0511297 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4708  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  41.9 
 
 		 105 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3862  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  41.9 
 
 		 105 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.131807 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4392  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  41.9 
 
 		 105 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3842  small multidrug resistance protein  41.51 
 
 		 155 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0090  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE2  41.51 
 
 		 146 aa  82  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.259737  normal  0.0421305 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4068  small multidrug resistance protein  45.37 
 
 		 111 aa  82.4  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4620  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  41.9 
 
 		 105 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0974286 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21770  DMT family permease  46.15 
 
 		 104 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.932562  normal  0.189308 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0085  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE1  41.51 
 
 		 146 aa  82  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.161559 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1856  putative transporter  45.19 
 
 		 104 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.101547  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3160  small multidrug resistance protein  45.1 
 
 		 104 aa  82  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3146  small multidrug resistance protein  45.19 
 
 		 104 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.169458  normal  0.0263424 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0337  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  41.9 
 
 		 105 aa  81.3  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000205037 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2478  small multidrug resistance protein  46.53 
 
 		 104 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5837  quaternary ammonium compound-resistance protein sugE  40.2 
 
 		 108 aa  80.5  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.509861  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2305  small multidrug resistance protein  42.31 
 
 		 106 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1670  small multidrug resistance protein  42.31 
 
 		 106 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2282  small multidrug resistance protein  42.31 
 
 		 106 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.597092  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04020  multidrug efflux system protein  40.95 
 
 		 105 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03982  hypothetical protein  40.95 
 
 		 105 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1878  small multidrug resistance protein  46.67 
 
 		 104 aa  79.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337942  normal  0.058805 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3403  small multidrug resistance protein  35.24 
 
 		 105 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3404  putative transporter  44.12 
 
 		 107 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.649616  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2430  small multidrug resistance protein  45.19 
 
 		 108 aa  78.6  0.00000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0811704  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1403  small multidrug resistance protein  43.27 
 
 		 104 aa  79  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0526825  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2027  small multidrug resistance protein  43.81 
 
 		 105 aa  79.3  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.067086  normal  0.084051 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3646  small multidrug resistance protein  45.54 
 
 		 104 aa  78.2  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0796  small multidrug resistance protein  42.57 
 
 		 107 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40170  putative transporter  41.9 
 
 		 107 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9285  SugE protein  44.12 
 
 		 104 aa  77.8  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2080  small multidrug resistance protein  46.67 
 
 		 104 aa  77.8  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235888  normal  0.293882 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3765  small multidrug resistance protein  48.51 
 
 		 112 aa  77.4  0.00000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01660  cation/cationic drug transporter  43.14 
 
 		 104 aa  77.4  0.00000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.199547 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1398  small multidrug resistance protein  40.38 
 
 		 106 aa  77.4  0.00000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8958  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  42.16 
 
 		 107 aa  77.4  0.00000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.205406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1276  small multidrug resistance protein  41.75 
 
 		 107 aa  77  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0361679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1965  small multidrug resistance protein  41.35 
 
 		 104 aa  77.4  0.00000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1870  sugE protein  43.27 
 
 		 106 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.437905  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1249  SMR family multidrug efflux pump  43.27 
 
 		 106 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1399  suppresses groEL, may be chaperone  43.27 
 
 		 106 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0373  sugE protein  43.27 
 
 		 106 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0777  sugE protein  43.27 
 
 		 106 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590294  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1257  SMR family multidrug efflux pump  43.27 
 
 		 106 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303472  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1090  sugE protein  43.27 
 
 		 106 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2446  small multidrug resistance protein  40 
 
 		 105 aa  76.6  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0780  sugE protein  43.27 
 
 		 105 aa  76.6  0.0000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.243642  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0763  small multidrug resistance protein  42.31 
 
 		 110 aa  76.6  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3671  quaternary ammonium compound-resistance protein SugE  43.27 
 
 		 104 aa  76.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0442  small multidrug resistance protein  47.57 
 
 		 104 aa  76.3  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.608235  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3160  small multidrug resistance protein  46.67 
 
 		 104 aa  76.3  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3008  small multidrug resistance protein  41.51 
 
 		 106 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1669  small multidrug resistance protein  43.14 
 
 		 107 aa  75.9  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.187219  hitchhiker  0.00637066 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1141  small multidrug resistance protein  39.05 
 
 		 105 aa  75.5  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.564702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4202  small multidrug resistance protein  43.14 
 
 		 105 aa  75.9  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.545062 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2887  small multidrug resistance protein  44.12 
 
 		 104 aa  75.5  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0184367  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3817  small multidrug resistance protein  43.27 
 
 		 153 aa  75.9  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.113303  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0613  hypothetical protein  37.5 
 
 		 106 aa  75.1  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0595  hypothetical protein  37.5 
 
 		 106 aa  75.1  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1027  sugE protein  41.35 
 
 		 106 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0589  small multidrug resistance protein  39.05 
 
 		 106 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>