141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0612 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0560  formate--tetrahydrofolate ligase  68.37 
 
 		 570 aa  778    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0561  formate--tetrahydrofolate ligase  68.19 
 
 		 570 aa  773    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3469  formate--tetrahydrofolate ligase  67.84 
 
 		 569 aa  766    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0560  formate--tetrahydrofolate ligase  67.84 
 
 		 570 aa  769    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3146  formate--tetrahydrofolate ligase  65.38 
 
 		 560 aa  744    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0520  formate--tetrahydrofolate ligase  66.78 
 
 		 585 aa  771    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0238501  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0443  formate--tetrahydrofolate ligase  73.16 
 
 		 564 aa  838    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.507159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3314  formate--tetrahydrofolate ligase  69.24 
 
 		 570 aa  786    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000257814  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3804  formate--tetrahydrofolate ligase  66.95 
 
 		 585 aa  775    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.038767  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0612  formate--tetrahydrofolate ligase  100 
 
 		 570 aa  1163    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0010106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3720  formate--tetrahydrofolate ligase  73.16 
 
 		 570 aa  836    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000981333  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3930  formate--tetrahydrofolate ligase  67.12 
 
 		 585 aa  773    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4339  formate--tetrahydrofolate ligase  81.58 
 
 		 570 aa  944    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3748  formate--tetrahydrofolate ligase  67.36 
 
 		 580 aa  774    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000208  formate--tetrahydrofolate ligase  56.53 
 
 		 582 aa  626  1e-178  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0556  formate--tetrahydrofolate ligase  58.15 
 
 		 582 aa  622  1e-177  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.124626  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05943  formate--tetrahydrofolate ligase  55.5 
 
 		 582 aa  618  1e-176  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2184  formate--tetrahydrofolate ligase  50.51 
 
 		 554 aa  540  9.999999999999999e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.702373  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1409  formate--tetrahydrofolate ligase  49.48 
 
 		 555 aa  531  1e-149  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000797787  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0129  formate--tetrahydrofolate ligase  48.35 
 
 		 567 aa  529  1e-149  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000126752  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0219  formate--tetrahydrofolate ligase  48.8 
 
 		 564 aa  528  1e-149  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2057  Formate--tetrahydrofolate ligase  49.04 
 
 		 567 aa  519  1e-146  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0231  Formate--tetrahydrofolate ligase  47.65 
 
 		 567 aa  518  1.0000000000000001e-145  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG00590  folic acid and derivative metabolism-related protein, putative  46.88 
 
 		 1021 aa  512  1e-144  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.352533  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0522  formate--tetrahydrofolate ligase  48.19 
 
 		 564 aa  513  1e-144  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.897337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0083  Formate-tetrahydrofolate ligase  46.58 
 
 		 556 aa  506  9.999999999999999e-143  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.784091  normal  0.246286 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0109  formate--tetrahydrofolate ligase  47.45 
 
 		 559 aa  504  1e-141  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_88119  tetrahydrofolate synthase  45.47 
 
 		 946 aa  504  1e-141  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.226712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0769  formate-tetrahydrofolate ligase  47.54 
 
 		 553 aa  501  1e-140  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.115435  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2399  formate-tetrahydrofolate ligase  46.77 
 
 		 556 aa  501  1e-140  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20990  Formate-tetrahydrofolate ligase  46.92 
 
 		 556 aa  501  1e-140  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24910  Formate-tetrahydrofolate ligase  46.92 
 
 		 557 aa  498  1e-140  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1007  formate--tetrahydrofolate ligase  44.91 
 
 		 555 aa  495  1e-139  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0866489  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0118  formate--tetrahydrofolate ligase  46.85 
 
 		 557 aa  497  1e-139  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2471  formate--tetrahydrofolate ligase  45.18 
 
 		 556 aa  494  9.999999999999999e-139  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1499  formate--tetrahydrofolate ligase  46.66 
 
 		 570 aa  493  9.999999999999999e-139  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.441254  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0089  formate--tetrahydrofolate ligase  45.39 
 
 		 566 aa  492  9.999999999999999e-139  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.985231  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02998  C1 tetrahydrofolate synthase C1-THFS Fragment [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q96UN8]  45.21 
 
 		 1031 aa  490  1e-137  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2785  formate--tetrahydrofolate ligase  45.01 
 
 		 556 aa  490  1e-137  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_80013  mitochondrial C1- tetrahydrofolate synthase precursor  44.83 
 
 		 995 aa  490  1e-137  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.959666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0149  formate--tetrahydrofolate ligase  45.01 
 
 		 556 aa  489  1e-137  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0816  Formate--tetrahydrofolate ligase  46.4 
 
 		 554 aa  489  1e-137  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0136585  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0018  formate-tetrahydrofolate ligase FTHFS  45.72 
 
 		 556 aa  487  1e-136  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0701  formate-tetrahydrofolate ligase  47.03 
 
 		 554 aa  486  1e-136  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.287998  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1317  formate--tetrahydrofolate ligase  45.61 
 
 		 555 aa  488  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1580  formate--tetrahydrofolate ligase  45.61 
 
 		 555 aa  488  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0203021 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1009  formate-tetrahydrofolate ligase  46.23 
 
 		 560 aa  488  1e-136  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.749229 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0795  formate--tetrahydrofolate ligase  45.71 
 
 		 555 aa  484  1e-135  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00613459  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1055  formate--tetrahydrofolate ligase  44.83 
 
 		 556 aa  481  1e-134  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2125  Formate--tetrahydrofolate ligase  45.26 
 
 		 553 aa  478  1e-134  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2105  Formate--tetrahydrofolate ligase  45.09 
 
 		 553 aa  479  1e-134  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1820  Formate--tetrahydrofolate ligase  48.01 
 
 		 565 aa  480  1e-134  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.538152 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2219  formate--tetrahydrofolate ligase  45.55 
 
 		 557 aa  477  1e-133  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.83616  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1275  formate--tetrahydrofolate ligase  45.79 
 
 		 560 aa  477  1e-133  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1568  formate--tetrahydrofolate ligase  45.73 
 
 		 576 aa  473  1e-132  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.110911  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2519  formate--tetrahydrofolate ligase  45.83 
 
 		 573 aa  474  1e-132  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0451  Formate--tetrahydrofolate ligase  43.96 
 
 		 555 aa  473  1e-132  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0358  formate--tetrahydrofolate ligase  46.26 
 
 		 550 aa  475  1e-132  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0792424  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1712  formate--tetrahydrofolate ligase  45.66 
 
 		 558 aa  475  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.311565 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12980  formate--tetrahydrofolate ligase  46.02 
 
 		 564 aa  470  1.0000000000000001e-131  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.700503 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2254  formate-tetrahydrofolate ligase  43.71 
 
 		 557 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000171666  unclonable  0.000000224598 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3272  formate--tetrahydrofolate ligase  44.76 
 
 		 555 aa  470  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0766  formate--tetrahydrofolate ligase  45.56 
 
 		 576 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28303  predicted protein  43.77 
 
 		 662 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00317513  decreased coverage  0.000285759 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1054  formate--tetrahydrofolate ligase  45.1 
 
 		 542 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0304  formate--tetrahydrofolate ligase  46.42 
 
 		 551 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1593  formate--tetrahydrofolate ligase  44.23 
 
 		 583 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.211237  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00600  Formate--tetrahydrofolate ligase  47.64 
 
 		 554 aa  469  1.0000000000000001e-131  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00136025  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1111  Formate--tetrahydrofolate ligase  42.31 
 
 		 551 aa  470  1.0000000000000001e-131  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.596432  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3236  formate--tetrahydrofolate ligase  45.1 
 
 		 558 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.932652  normal  0.61785 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0621  Formate--tetrahydrofolate ligase  44.56 
 
 		 557 aa  469  1.0000000000000001e-131  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.164812  normal  0.927809 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0555  formate--tetrahydrofolate ligase  43.76 
 
 		 558 aa  466  9.999999999999999e-131  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4459  formate-tetrahydrofolate ligase FTHFS  45.45 
 
 		 558 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0477556  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0837  formate--tetrahydrofolate ligase  45.36 
 
 		 556 aa  468  9.999999999999999e-131  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.21789  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0269  Formate--tetrahydrofolate ligase  44.91 
 
 		 551 aa  466  9.999999999999999e-131  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2355  formate--tetrahydrofolate ligase  43.28 
 
 		 569 aa  465  9.999999999999999e-131  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1283  formate--tetrahydrofolate ligase  45.64 
 
 		 555 aa  467  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0499733  normal  0.578688 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2752  formate--tetrahydrofolate ligase  44.33 
 
 		 556 aa  468  9.999999999999999e-131  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00362383  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1058  formate--tetrahydrofolate ligase  44.92 
 
 		 542 aa  466  9.999999999999999e-131  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3197  formate--tetrahydrofolate ligase  43.88 
 
 		 562 aa  464  1e-129  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.780376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2117  formate--tetrahydrofolate ligase  43.88 
 
 		 583 aa  464  1e-129  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.546563  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49229  fomate-tetrahydrofolate ligase  43.23 
 
 		 666 aa  465  1e-129  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.167975  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1952  formate--tetrahydrofolate ligase  43.71 
 
 		 583 aa  464  1e-129  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0316175  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2815  formate--tetrahydrofolate ligase  45.18 
 
 		 559 aa  463  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.90071  normal  0.0134554 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0024  Formate--tetrahydrofolate ligase  45.73 
 
 		 572 aa  458  9.999999999999999e-129  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2187  formate--tetrahydrofolate ligase  43.53 
 
 		 562 aa  461  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0200027  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1959  formate--tetrahydrofolate ligase  43.36 
 
 		 562 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1938  formate--tetrahydrofolate ligase  43.36 
 
 		 562 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1914  formate--tetrahydrofolate ligase  43.36 
 
 		 562 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.251904  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2107  formate--tetrahydrofolate ligase  43.36 
 
 		 562 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2204  formate--tetrahydrofolate ligase  44.68 
 
 		 559 aa  459  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.160817  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1412  formate-tetrahydrofolate ligase  44.6 
 
 		 556 aa  459  9.999999999999999e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.749382  hitchhiker  0.00000422387 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2141  formate--tetrahydrofolate ligase  43.36 
 
 		 562 aa  460  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4561  formate-tetrahydrofolate ligase  47.06 
 
 		 559 aa  461  9.999999999999999e-129  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0447  Formate--tetrahydrofolate ligase  44.13 
 
 		 557 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.391987 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2298  formate--tetrahydrofolate ligase  43.94 
 
 		 559 aa  459  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.307392 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0414  formate--tetrahydrofolate ligase  44.31 
 
 		 557 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.119816  normal  0.285646 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1052  formate--tetrahydrofolate ligase  43.88 
 
 		 556 aa  461  9.999999999999999e-129  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2201  formate--tetrahydrofolate ligase  43.36 
 
 		 562 aa  461  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0045703  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0663  formate--tetrahydrofolate ligase  45.79 
 
 		 557 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>