103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6358 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009622  Smed_6358  hypothetical protein  100 
 
 		 328 aa  644    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2987  hypothetical protein  48.12 
 
 		 298 aa  227  3e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.101551  normal  0.0487928 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0093  hypothetical protein  47.4 
 
 		 316 aa  223  3e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.152001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2351  hypothetical protein  48.46 
 
 		 317 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4137  hypothetical protein  45.53 
 
 		 315 aa  211  2e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0485856  normal  0.510961 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5241  membrane protein-like protein  45.58 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0567111  normal  0.512081 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0701  hypothetical protein  46.86 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4795  hypothetical protein  45.57 
 
 		 322 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1445  hypothetical protein  39.36 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0680793  normal  0.372569 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0170  hypothetical protein  43.79 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3554  membrane protein-like protein  32.82 
 
 		 264 aa  124  1e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.149309 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2267  membrane protein-like protein  31.2 
 
 		 265 aa  117  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0159  hypothetical protein  38.65 
 
 		 255 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.673519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4602  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  33.33 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01478  membrane protein-like protein  35.02 
 
 		 267 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2269  membrane protein-like protein  31.38 
 
 		 271 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.761855  hitchhiker  0.00192882 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3846  hypothetical protein  35.6 
 
 		 253 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3384  hypothetical protein  38.43 
 
 		 266 aa  103  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.739679 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11200  membrane-like protein  41.75 
 
 		 273 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00435487  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0108  membrane protein-like protein  30.2 
 
 		 270 aa  98.6  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2311  hypothetical protein  37.5 
 
 		 254 aa  90.9  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.148749  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5833  hypothetical protein  31.98 
 
 		 235 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4758  hypothetical protein  34.72 
 
 		 196 aa  79.7  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.343516  normal  0.0425976 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1898  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  31.33 
 
 		 290 aa  79.7  0.00000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.903451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2068  membrane protein-like protein  32.33 
 
 		 273 aa  76.6  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334225 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2884  putative inner membrane protein  25.26 
 
 		 289 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.712749  normal  0.419558 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1122  copper resistance D domain protein  28.78 
 
 		 687 aa  69.3  0.00000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1238  putative inner membrane protein  26.14 
 
 		 294 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3278  membrane protein  26.1 
 
 		 280 aa  68.2  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1473  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain- containing protein  26.42 
 
 		 327 aa  68.6  0.0000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5775  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  31.4 
 
 		 283 aa  66.6  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.272447 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2401  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  25.6 
 
 		 307 aa  63.5  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19110  predicted membrane protein  25.94 
 
 		 752 aa  62.8  0.000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00604286  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0562  hypothetical protein  26.95 
 
 		 266 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.522678  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2875  hypothetical protein  26.95 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.922757  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2447  hypothetical protein  26.95 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2834  hypothetical protein  26.95 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.395343  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2760  hypothetical protein  26.95 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2819  hypothetical protein  26.95 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.286067  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1770  hypothetical protein  26.95 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.440063  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3955  copper resistance D domain protein  26.47 
 
 		 722 aa  62  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.58708  normal  0.101965 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1749  hypothetical protein  26.95 
 
 		 290 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.185499  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2566  copper resistance D domain-containing protein  29.25 
 
 		 676 aa  59.7  0.00000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.420884 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0455  hypothetical protein  25.82 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4073  copper resistance D domain-containing protein  28.85 
 
 		 672 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.794001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1675  hypothetical protein  28.25 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0172  copper resistance D domain-containing protein  26.32 
 
 		 651 aa  57  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1244  copper resistance D domain-containing protein  29.07 
 
 		 664 aa  56.2  0.0000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.774538  normal  0.0784531 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1345  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  27.63 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0477592  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3717  copper resistance D domain protein  26.96 
 
 		 718 aa  56.2  0.0000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2770  copper resistance D domain protein  28.07 
 
 		 632 aa  55.8  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00801139  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3374  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  29.27 
 
 		 683 aa  55.8  0.0000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0136248  hitchhiker  0.00734648 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3915  copper resistance D domain-containing protein  27.04 
 
 		 718 aa  55.8  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3220  copper resistance D domain protein  28.43 
 
 		 711 aa  55.5  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0855  putative inner membrane protein  24.22 
 
 		 296 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5665  hypothetical protein  28.24 
 
 		 331 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5381  hypothetical protein  28.24 
 
 		 308 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3120  hypothetical protein  31.61 
 
 		 209 aa  54.3  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136448 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4446  copper resistance D domain-containing protein  28.57 
 
 		 697 aa  53.9  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0186  copper resistance D domain-containing protein  27.85 
 
 		 679 aa  53.9  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000295959 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5346  hypothetical protein  27.91 
 
 		 331 aa  53.5  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4275  copper resistance D domain protein  28.68 
 
 		 671 aa  53.5  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.978208  normal  0.70457 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3124  copper resistance D domain protein  27.82 
 
 		 681 aa  53.5  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.638358  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11750  predicted membrane protein  25.73 
 
 		 651 aa  52.8  0.000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.411615 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3617  copper resistance D  26.24 
 
 		 665 aa  52.4  0.000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3690  copper resistance D domain-containing protein  26.24 
 
 		 665 aa  52.4  0.000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3709  hypothetical protein  27.78 
 
 		 326 aa  52.4  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4266  membrane protein  25.85 
 
 		 289 aa  52.4  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.991106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3622  copper resistance D domain-containing protein  26.24 
 
 		 665 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1131  integral membrane protein  24.66 
 
 		 327 aa  52  0.00001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2572  membrane protein-like protein  26.44 
 
 		 678 aa  52.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.886769 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6178  copper resistance D domain-containing protein  23.98 
 
 		 691 aa  52  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2485  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  29.85 
 
 		 326 aa  51.2  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.583606  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0988  cytochrome c oxidase assembly factor CtaG  27.41 
 
 		 300 aa  51.2  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1987  putative copper resistance protein D  29.13 
 
 		 354 aa  50.8  0.00003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2813  hypothetical protein  26.51 
 
 		 331 aa  51.2  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2497  putative copper resistance protein D  27.64 
 
 		 394 aa  50.4  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0675  membrane protein  26.67 
 
 		 289 aa  50.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1154  membrane protein  26.67 
 
 		 289 aa  50.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1130  membrane protein  26.67 
 
 		 289 aa  50.1  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.581641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1036  membrane protein  25.09 
 
 		 290 aa  50.1  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675997  normal  0.424179 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1032  membrane protein  25.56 
 
 		 290 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3889  hypothetical protein  32.79 
 
 		 239 aa  48.1  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.31119  normal  0.156158 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1859  cytochrome c oxidase assembly factor CtaG  23.92 
 
 		 300 aa  48.5  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0855  hypothetical protein  30.98 
 
 		 214 aa  47.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2514  hypothetical protein  30.98 
 
 		 214 aa  47.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2151  membrane protein  24.89 
 
 		 289 aa  47.8  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.240263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3122  hypothetical protein  25.13 
 
 		 277 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35680  predicted membrane protein  25.32 
 
 		 708 aa  47  0.0004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0092  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  23.36 
 
 		 307 aa  47  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2901  hypothetical protein  24.78 
 
 		 277 aa  47  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.104902  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3119  hypothetical protein  24.78 
 
 		 277 aa  47  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2794  hypothetical protein  30.94 
 
 		 195 aa  47  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.132736  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1123  integral membrane protein  24.31 
 
 		 319 aa  47  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0963  hypothetical protein  24.05 
 
 		 692 aa  46.2  0.0007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0463859  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0081  hypothetical protein  26.17 
 
 		 254 aa  46.2  0.0007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2642  cytochrome c oxidase caa3 type assembly factor CtaG  22.06 
 
 		 301 aa  46.2  0.0007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.234067  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2024  Cytochrome c oxidase caa3-type, assembly factor CtaG-related protein  26.34 
 
 		 675 aa  46.2  0.0007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2443  membrane protein-like protein  25.2 
 
 		 287 aa  45.4  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.348507  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3144  hypothetical protein  22.54 
 
 		 265 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.258333  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>