41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3938 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3938  hypothetical protein  100 
 
 		 429 aa  875    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.350729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0026  hypothetical protein  58.38 
 
 		 395 aa  463  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0483  hypothetical protein  58.87 
 
 		 395 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.715666 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1941  hypothetical protein  57.49 
 
 		 393 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.86402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1240  hypothetical protein  58.58 
 
 		 394 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.314539  normal  0.831655 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2582  hypothetical protein  59.78 
 
 		 369 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0007  hypothetical protein  55.81 
 
 		 410 aa  398  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5945  hypothetical protein  50.92 
 
 		 400 aa  393  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0028  hypothetical protein  46.07 
 
 		 420 aa  306  7e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2664  hypothetical protein  44.32 
 
 		 386 aa  305  9.000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.164078  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1278  hypothetical protein  45.8 
 
 		 367 aa  299  8e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1948  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  44.01 
 
 		 391 aa  299  8e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5013  hypothetical protein  44.39 
 
 		 423 aa  293  5e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.333808  normal  0.0166676 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3146  hypothetical protein  41.95 
 
 		 412 aa  293  6e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5317  hypothetical protein  43.63 
 
 		 424 aa  289  7e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0865725  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3093  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  42.66 
 
 		 397 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.239597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1846  hypothetical protein  42.26 
 
 		 429 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2181  hypothetical protein  42.26 
 
 		 422 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.376116 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2412  hypothetical protein  43.98 
 
 		 411 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3133  hypothetical protein  41.81 
 
 		 392 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637765 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1797  putative exported protein of unknown function  41.47 
 
 		 427 aa  280  3e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.227031  normal  0.544981 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4870  hypothetical protein  41.64 
 
 		 408 aa  271  1e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.128964 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1336  hypothetical protein  42.15 
 
 		 408 aa  271  1e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.616275 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1537  hypothetical protein  41.87 
 
 		 408 aa  271  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.505562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3621  hypothetical protein  42.74 
 
 		 402 aa  270  5e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0789115 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2721  hypothetical protein  41.14 
 
 		 423 aa  269  7e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.157004 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2258  hypothetical protein  36.87 
 
 		 400 aa  268  1e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1858  hypothetical protein  38.67 
 
 		 405 aa  264  2e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1891  hypothetical protein  36.48 
 
 		 408 aa  261  1e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.999876  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2612  hypothetical protein  38.12 
 
 		 416 aa  241  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0743279  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2846  hypothetical protein  36.66 
 
 		 394 aa  205  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.194777  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0722  hypothetical protein  37.46 
 
 		 402 aa  192  7e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.126756 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3037  hypothetical protein  37.69 
 
 		 393 aa  186  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.245994  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4978  hypothetical protein  42.22 
 
 		 406 aa  184  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.638405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1795  hypothetical protein  36.53 
 
 		 391 aa  181  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175604 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  23.03 
 
 		 432 aa  46.6  0.0009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  23.58 
 
 		 399 aa  45.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5329  hypothetical protein  75 
 
 		 187 aa  43.9  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  21.46 
 
 		 445 aa  44.3  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  20.22 
 
 		 419 aa  43.1  0.01  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3582  Fis family proprionate catabolism activator  39.47 
 
 		 681 aa  43.1  0.01  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.181537  normal  0.0169262 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>