More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3415 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03652  ketol-acid reductoisomerase  70.93 
 
 		 491 aa  726    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0412359  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4202  ketol-acid reductoisomerase  70.93 
 
 		 491 aa  726    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4010  ketol-acid reductoisomerase  85.89 
 
 		 492 aa  891    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3615  ketol-acid reductoisomerase  86.38 
 
 		 492 aa  897    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2758  ketol-acid reductoisomerase  69.4 
 
 		 490 aa  722    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.302055  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4839  ketol-acid reductoisomerase  72.76 
 
 		 493 aa  771    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3768  ketol-acid reductoisomerase  71.4 
 
 		 492 aa  725    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4349  ketol-acid reductoisomerase  86.18 
 
 		 492 aa  896    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4299  ketol-acid reductoisomerase  70.33 
 
 		 491 aa  721    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3935  ketol-acid reductoisomerase  85.89 
 
 		 492 aa  891    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1483  ketol-acid reductoisomerase  68.99 
 
 		 490 aa  718    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000354982 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4191  ketol-acid reductoisomerase  70.33 
 
 		 491 aa  721    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00478  ketol-acid reductoisomerase  72.1 
 
 		 514 aa  759    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4140  ketol-acid reductoisomerase  70.93 
 
 		 491 aa  727    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0447832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3422  ketol-acid reductoisomerase  66.73 
 
 		 493 aa  696    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000227916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2518  ketol-acid reductoisomerase  69.82 
 
 		 490 aa  721    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0441  ketol-acid reductoisomerase  83.64 
 
 		 493 aa  872    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.41129 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3990  ketol-acid reductoisomerase  70.93 
 
 		 491 aa  726    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3846  ketol-acid reductoisomerase  70.14 
 
 		 490 aa  747    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.30642  decreased coverage  0.000000000809621 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4146  ketol-acid reductoisomerase  70.93 
 
 		 491 aa  726    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.683953  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0146  ketol-acid reductoisomerase  72.21 
 
 		 492 aa  734    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0163  ketol-acid reductoisomerase  70.79 
 
 		 492 aa  717    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03601  hypothetical protein  70.93 
 
 		 491 aa  726    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0357952  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0344  ketol-acid reductoisomerase  86.3 
 
 		 493 aa  890    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4213  ketol-acid reductoisomerase  70.59 
 
 		 492 aa  715    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4285  ketol-acid reductoisomerase  70.93 
 
 		 491 aa  727    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4129  ketol-acid reductoisomerase  85.89 
 
 		 492 aa  890    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3415  ketol-acid reductoisomerase  100 
 
 		 492 aa  1024    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04021  ketol-acid reductoisomerase  70.2 
 
 		 492 aa  732    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4134  ketol-acid reductoisomerase  70.53 
 
 		 491 aa  724    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0493  ketol-acid reductoisomerase  70.59 
 
 		 492 aa  714    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.195058  normal  0.0261398 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4032  ketol-acid reductoisomerase  86.09 
 
 		 492 aa  892    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4051  ketol-acid reductoisomerase  70.79 
 
 		 492 aa  717    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4255  ketol-acid reductoisomerase  73.17 
 
 		 494 aa  749    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4021  ketol-acid reductoisomerase  70.79 
 
 		 492 aa  718    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1149  ketol-acid reductoisomerase  67.28 
 
 		 492 aa  706    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0733267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1671  ketol-acid reductoisomerase  68.36 
 
 		 493 aa  684    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0288  ketol-acid reductoisomerase  85.07 
 
 		 493 aa  885    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.144454 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0361  ketol-acid reductoisomerase  85.16 
 
 		 492 aa  891    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3665  ketol-acid reductoisomerase  85.16 
 
 		 492 aa  890    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0421  ketol-acid reductoisomerase  86.3 
 
 		 493 aa  893    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2550  ketol-acid reductoisomerase  70.88 
 
 		 494 aa  745    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.393335  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2860  ketol-acid reductoisomerase  70.14 
 
 		 489 aa  731    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.673164  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5208  ketol-acid reductoisomerase  70.73 
 
 		 491 aa  726    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4751  ketol-acid reductoisomerase  70.93 
 
 		 491 aa  719    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0355  ketol-acid reductoisomerase  85.37 
 
 		 492 aa  893    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001983  ketol-acid reductoisomerase  71.69 
 
 		 494 aa  759    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0087  ketol-acid reductoisomerase  71.28 
 
 		 494 aa  748    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4240  ketol-acid reductoisomerase  70.73 
 
 		 491 aa  724    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3282  ketol-acid reductoisomerase  85.57 
 
 		 493 aa  887    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4228  ketol-acid reductoisomerase  70.93 
 
 		 491 aa  726    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0853  ketol-acid reductoisomerase  75.66 
 
 		 493 aa  795    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4009  ketol-acid reductoisomerase  69.72 
 
 		 491 aa  720    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0176086 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4166  ketol-acid reductoisomerase  84.66 
 
 		 493 aa  881    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4119  ketol-acid reductoisomerase  70.33 
 
 		 491 aa  735    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2075  ketol-acid reductoisomerase  36.04 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2226  ketol-acid reductoisomerase  35.58 
 
 		 338 aa  180  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.528275 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1903  ketol-acid reductoisomerase  35.06 
 
 		 338 aa  179  8e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.276758  normal  0.74874 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1262  ketol-acid reductoisomerase  37.2 
 
 		 338 aa  179  8e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.085544  hitchhiker  0.0000000293611 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0812  ketol-acid reductoisomerase  36.49 
 
 		 338 aa  179  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0913  ketol-acid reductoisomerase  35.26 
 
 		 338 aa  179  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3718  ketol-acid reductoisomerase  37.2 
 
 		 338 aa  177  3e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.193643  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3416  ketol-acid reductoisomerase  38.81 
 
 		 339 aa  177  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.24396 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0285  ketol-acid reductoisomerase  38.81 
 
 		 339 aa  176  7e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.772607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2555  ketol-acid reductoisomerase  37.58 
 
 		 338 aa  176  7e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00688273  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0329  ketol-acid reductoisomerase  38.81 
 
 		 339 aa  176  7e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.140876 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1061  ketol-acid reductoisomerase  36.49 
 
 		 338 aa  176  9.999999999999999e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0949  ketol-acid reductoisomerase  35.99 
 
 		 338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3341  ketol-acid reductoisomerase  37.76 
 
 		 339 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.764687  normal  0.0745922 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5327  ketol-acid reductoisomerase  38.46 
 
 		 339 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.145027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6082  ketol-acid reductoisomerase  36.25 
 
 		 339 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0948  ketol-acid reductoisomerase  35.28 
 
 		 340 aa  173  6.999999999999999e-42  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.525725  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2156  ketol-acid reductoisomerase  36.59 
 
 		 338 aa  172  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.371923  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1900  ketol-acid reductoisomerase  33.33 
 
 		 338 aa  172  2e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.119267  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2102  ketol-acid reductoisomerase  35.62 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.668048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2371  ketol-acid reductoisomerase  34.29 
 
 		 338 aa  171  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3248  ketol-acid reductoisomerase  35.92 
 
 		 339 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.167766  normal  0.961188 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3011  ketol-acid reductoisomerase  36.25 
 
 		 339 aa  171  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.186602 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2246  ketol-acid reductoisomerase  34.69 
 
 		 339 aa  170  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2466  ketol-acid reductoisomerase  37.06 
 
 		 339 aa  170  5e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.498417  normal  0.4902 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0361  ketol-acid reductoisomerase  38.11 
 
 		 339 aa  170  7e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0524  ketol-acid reductoisomerase  31.82 
 
 		 338 aa  169  7e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.181387  normal  0.0101595 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0529  ketol-acid reductoisomerase  31.82 
 
 		 338 aa  169  8e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2720  ketol-acid reductoisomerase  38.28 
 
 		 339 aa  169  9e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.194376  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1909  ketol-acid reductoisomerase  36.18 
 
 		 338 aa  169  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0381319  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2341  ketol-acid reductoisomerase  37.76 
 
 		 339 aa  169  1e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2857  ketol-acid reductoisomerase  38.81 
 
 		 339 aa  169  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658942  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2775  ketol-acid reductoisomerase  34.09 
 
 		 338 aa  169  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.987552  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15011  ketol-acid reductoisomerase  33.75 
 
 		 329 aa  168  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0116  ketol-acid reductoisomerase  33.33 
 
 		 359 aa  168  2e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14761  ketol-acid reductoisomerase  33.86 
 
 		 329 aa  167  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.620838  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1550  ketol-acid reductoisomerase  35.89 
 
 		 331 aa  168  2.9999999999999998e-40  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.382605  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2418  ketol-acid reductoisomerase  37.41 
 
 		 339 aa  167  2.9999999999999998e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0430862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1490  ketol-acid reductoisomerase  35.53 
 
 		 339 aa  167  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0900  ketol-acid reductoisomerase  35.09 
 
 		 338 aa  167  5e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0472  ketol-acid reductoisomerase  36.59 
 
 		 338 aa  166  5.9999999999999996e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0735  ketol-acid reductoisomerase  32.49 
 
 		 340 aa  166  6.9999999999999995e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1951  ketol-acid reductoisomerase  33.12 
 
 		 338 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1771  ketol-acid reductoisomerase  33.12 
 
 		 338 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.09387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1581  ketol-acid reductoisomerase  34.65 
 
 		 340 aa  166  8e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>