More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4166 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03652  ketol-acid reductoisomerase  70.96 
 
 		 491 aa  725    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0412359  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4202  ketol-acid reductoisomerase  70.96 
 
 		 491 aa  725    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4285  ketol-acid reductoisomerase  70.96 
 
 		 491 aa  726    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5208  ketol-acid reductoisomerase  70.76 
 
 		 491 aa  724    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4129  ketol-acid reductoisomerase  86.97 
 
 		 492 aa  899    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4009  ketol-acid reductoisomerase  70.35 
 
 		 491 aa  723    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0176086 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4839  ketol-acid reductoisomerase  75.66 
 
 		 493 aa  787    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4349  ketol-acid reductoisomerase  87.14 
 
 		 492 aa  902    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4299  ketol-acid reductoisomerase  70.76 
 
 		 491 aa  724    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3422  ketol-acid reductoisomerase  67.55 
 
 		 493 aa  694    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000227916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4146  ketol-acid reductoisomerase  70.96 
 
 		 491 aa  724    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.683953  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2758  ketol-acid reductoisomerase  69.26 
 
 		 490 aa  729    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.302055  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4032  ketol-acid reductoisomerase  87.17 
 
 		 492 aa  900    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4240  ketol-acid reductoisomerase  70.96 
 
 		 491 aa  726    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0344  ketol-acid reductoisomerase  91.28 
 
 		 493 aa  941    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2518  ketol-acid reductoisomerase  70.29 
 
 		 490 aa  726    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0163  ketol-acid reductoisomerase  70.41 
 
 		 492 aa  712    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4134  ketol-acid reductoisomerase  70.96 
 
 		 491 aa  728    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4228  ketol-acid reductoisomerase  70.96 
 
 		 491 aa  725    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4191  ketol-acid reductoisomerase  70.76 
 
 		 491 aa  724    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4021  ketol-acid reductoisomerase  72.04 
 
 		 492 aa  731    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4010  ketol-acid reductoisomerase  87.17 
 
 		 492 aa  900    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0441  ketol-acid reductoisomerase  95.13 
 
 		 493 aa  982    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.41129 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0146  ketol-acid reductoisomerase  72.45 
 
 		 492 aa  738    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04021  ketol-acid reductoisomerase  71.28 
 
 		 492 aa  747    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3415  ketol-acid reductoisomerase  84.66 
 
 		 492 aa  881    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1483  ketol-acid reductoisomerase  69.67 
 
 		 490 aa  729    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000354982 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001983  ketol-acid reductoisomerase  72.24 
 
 		 494 aa  761    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4751  ketol-acid reductoisomerase  70.35 
 
 		 491 aa  716    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4119  ketol-acid reductoisomerase  70.76 
 
 		 491 aa  739    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4255  ketol-acid reductoisomerase  72.97 
 
 		 494 aa  763    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1149  ketol-acid reductoisomerase  69.25 
 
 		 492 aa  725    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0733267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1671  ketol-acid reductoisomerase  69.92 
 
 		 493 aa  699    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3768  ketol-acid reductoisomerase  71.43 
 
 		 492 aa  726    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0361  ketol-acid reductoisomerase  86.94 
 
 		 492 aa  900    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3665  ketol-acid reductoisomerase  86.73 
 
 		 492 aa  898    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0421  ketol-acid reductoisomerase  87.37 
 
 		 493 aa  898    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0493  ketol-acid reductoisomerase  70.2 
 
 		 492 aa  710    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.195058  normal  0.0261398 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3846  ketol-acid reductoisomerase  70 
 
 		 490 aa  739    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.30642  decreased coverage  0.000000000809621 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3935  ketol-acid reductoisomerase  86.97 
 
 		 492 aa  900    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0087  ketol-acid reductoisomerase  71.22 
 
 		 494 aa  744    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4166  ketol-acid reductoisomerase  100 
 
 		 493 aa  1023    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4051  ketol-acid reductoisomerase  70.41 
 
 		 492 aa  712    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0355  ketol-acid reductoisomerase  86.73 
 
 		 492 aa  899    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3990  ketol-acid reductoisomerase  70.96 
 
 		 491 aa  725    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00478  ketol-acid reductoisomerase  72.24 
 
 		 514 aa  757    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4140  ketol-acid reductoisomerase  70.96 
 
 		 491 aa  726    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0447832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3615  ketol-acid reductoisomerase  87.96 
 
 		 492 aa  907    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0288  ketol-acid reductoisomerase  90.85 
 
 		 493 aa  938    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.144454 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3282  ketol-acid reductoisomerase  87.53 
 
 		 493 aa  900    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2550  ketol-acid reductoisomerase  71.43 
 
 		 494 aa  744    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.393335  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0853  ketol-acid reductoisomerase  76.53 
 
 		 493 aa  797    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2860  ketol-acid reductoisomerase  70.14 
 
 		 489 aa  725    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.673164  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03601  hypothetical protein  70.96 
 
 		 491 aa  725    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0357952  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4213  ketol-acid reductoisomerase  71.84 
 
 		 492 aa  728    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1262  ketol-acid reductoisomerase  38.31 
 
 		 338 aa  188  2e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.085544  hitchhiker  0.0000000293611 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3718  ketol-acid reductoisomerase  37.22 
 
 		 338 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.193643  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1909  ketol-acid reductoisomerase  37.66 
 
 		 338 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0381319  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2156  ketol-acid reductoisomerase  41.83 
 
 		 338 aa  180  4.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.371923  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2226  ketol-acid reductoisomerase  36.1 
 
 		 338 aa  180  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.528275 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0913  ketol-acid reductoisomerase  35.67 
 
 		 338 aa  179  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1903  ketol-acid reductoisomerase  35.78 
 
 		 338 aa  178  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.276758  normal  0.74874 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0812  ketol-acid reductoisomerase  35.46 
 
 		 338 aa  178  2e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2075  ketol-acid reductoisomerase  35.92 
 
 		 338 aa  177  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0116  ketol-acid reductoisomerase  34.27 
 
 		 359 aa  177  3e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2555  ketol-acid reductoisomerase  37.11 
 
 		 338 aa  177  5e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00688273  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3341  ketol-acid reductoisomerase  38.08 
 
 		 339 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.764687  normal  0.0745922 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3416  ketol-acid reductoisomerase  38.7 
 
 		 339 aa  176  7e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.24396 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6082  ketol-acid reductoisomerase  38.74 
 
 		 339 aa  176  8e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2466  ketol-acid reductoisomerase  38.67 
 
 		 339 aa  175  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.498417  normal  0.4902 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1061  ketol-acid reductoisomerase  35.46 
 
 		 338 aa  174  2.9999999999999996e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0329  ketol-acid reductoisomerase  38.91 
 
 		 339 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.140876 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0949  ketol-acid reductoisomerase  36.55 
 
 		 338 aa  174  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2418  ketol-acid reductoisomerase  38.51 
 
 		 339 aa  174  3.9999999999999995e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0430862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0285  ketol-acid reductoisomerase  38.91 
 
 		 339 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.772607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3011  ketol-acid reductoisomerase  38.8 
 
 		 339 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.186602 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2341  ketol-acid reductoisomerase  38.41 
 
 		 339 aa  173  5e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3248  ketol-acid reductoisomerase  38.8 
 
 		 339 aa  173  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.167766  normal  0.961188 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2102  ketol-acid reductoisomerase  37.75 
 
 		 339 aa  173  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.668048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5327  ketol-acid reductoisomerase  38.36 
 
 		 339 aa  172  9e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.145027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2246  ketol-acid reductoisomerase  37.42 
 
 		 339 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2720  ketol-acid reductoisomerase  38.08 
 
 		 339 aa  171  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.194376  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0469  ketol-acid reductoisomerase  36.68 
 
 		 339 aa  170  6e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0948  ketol-acid reductoisomerase  33.74 
 
 		 340 aa  169  7e-41  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.525725  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0524  ketol-acid reductoisomerase  31.55 
 
 		 338 aa  169  9e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.181387  normal  0.0101595 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0529  ketol-acid reductoisomerase  31.55 
 
 		 338 aa  169  1e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3381  ketol-acid reductoisomerase  36.1 
 
 		 339 aa  168  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.392134 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1747  ketol-acid reductoisomerase  33.12 
 
 		 347 aa  168  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.322981 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0881  ketol-acid reductoisomerase  34.07 
 
 		 331 aa  167  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.785072  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2371  ketol-acid reductoisomerase  34.5 
 
 		 338 aa  167  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1490  ketol-acid reductoisomerase  37.84 
 
 		 339 aa  168  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0735  ketol-acid reductoisomerase  33.23 
 
 		 340 aa  167  4e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1951  ketol-acid reductoisomerase  33.12 
 
 		 338 aa  167  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0472  ketol-acid reductoisomerase  39.2 
 
 		 338 aa  167  4e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1496  ketol-acid reductoisomerase  34.74 
 
 		 339 aa  167  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0558834  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0544  ketol-acid reductoisomerase  35.22 
 
 		 338 aa  167  4e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.105491  hitchhiker  0.00154571 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0660  ketol-acid reductoisomerase  33.54 
 
 		 340 aa  167  4e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.17551  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0361  ketol-acid reductoisomerase  38.23 
 
 		 339 aa  167  4e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0900  ketol-acid reductoisomerase  33.98 
 
 		 338 aa  167  4e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1771  ketol-acid reductoisomerase  33.12 
 
 		 338 aa  167  4e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.09387  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>