246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal223_2392 on replicon NC_011663
Organism: Shewanella baltica OS223



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_1927  50S ribosomal protein L25  100 
 
 
95 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0361205  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2392  50S ribosomal protein L25  100 
 
 
95 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0575565  normal  0.0532232 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1934  50S ribosomal protein L25  100 
 
 
95 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.49577  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1901  50S ribosomal protein L25  100 
 
 
95 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1895  50S ribosomal protein L25  93.68 
 
 
95 aa  186  7e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1834  50S ribosomal protein L25  91.58 
 
 
95 aa  182  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.692442 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2143  50S ribosomal protein L25  91.58 
 
 
95 aa  182  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.965843  normal  0.064653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1892  50S ribosomal protein L25  91.58 
 
 
95 aa  182  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.110449 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2112  ribosomal protein L25  90.53 
 
 
148 aa  180  4.0000000000000006e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1614  50S ribosomal protein L25  89.47 
 
 
95 aa  175  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.47742  normal  0.869022 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1503  50S ribosomal protein L25  82.98 
 
 
95 aa  165  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.50218  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2155  50S ribosomal protein L25  82.11 
 
 
95 aa  163  8e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00231699  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2449  50S ribosomal protein L25  80 
 
 
95 aa  160  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00364422  normal  0.127831 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1830  50S ribosomal protein L25  80 
 
 
95 aa  159  9e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.454472  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1959  50S ribosomal protein L25  78.95 
 
 
95 aa  157  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.763998  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1442  50S ribosomal protein L25  75.79 
 
 
95 aa  154  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2418  50S ribosomal protein L25  56.99 
 
 
94 aa  120  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000585469  normal  0.103403 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2575  50S ribosomal protein L25  56.99 
 
 
94 aa  120  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.328249  normal  0.0155284 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2461  50S ribosomal protein L25  56.99 
 
 
94 aa  120  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000603096 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2464  50S ribosomal protein L25  56.99 
 
 
94 aa  120  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2373  50S ribosomal protein L25  56.99 
 
 
94 aa  120  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00378387  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3323  50S ribosomal protein L25  56.99 
 
 
94 aa  118  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00458999  normal  0.750333 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0773  50S ribosomal protein L25  56.99 
 
 
94 aa  118  3e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.26177  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02115  50S ribosomal protein L25  55.91 
 
 
94 aa  117  6e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0273795  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1472  ribosomal protein L25  55.91 
 
 
94 aa  117  6e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000266618  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2483  50S ribosomal protein L25  55.91 
 
 
94 aa  117  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00113397  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02074  hypothetical protein  55.91 
 
 
94 aa  117  6e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.047169  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2323  50S ribosomal protein L25  55.91 
 
 
94 aa  117  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0418291  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1462  50S ribosomal protein L25  55.91 
 
 
94 aa  117  6e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318208  normal  0.677764 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2334  50S ribosomal protein L25  53.76 
 
 
94 aa  112  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00267444  normal  0.073363 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0873  50S ribosomal protein L25  50 
 
 
95 aa  110  5e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000802837  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1636  50S ribosomal protein L25  53.33 
 
 
94 aa  106  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.403182  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003787  LSU ribosomal protein L25p  55.68 
 
 
92 aa  105  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000839924  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1907  50S ribosomal protein L25  53.33 
 
 
94 aa  103  7e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2781  50S ribosomal protein L25  54.84 
 
 
94 aa  103  7e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0252548  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3558  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  46.67 
 
 
211 aa  102  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.989428  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3254  50S ribosomal protein L25  48.89 
 
 
94 aa  103  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0228648  normal  0.535497 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02662  50S ribosomal protein L25  53.41 
 
 
92 aa  101  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2569  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  50.55 
 
 
213 aa  101  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2795  50S ribosomal protein L25  50 
 
 
94 aa  101  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00504539  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1488  50S ribosomal protein L25  50 
 
 
94 aa  101  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.265586  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2720  50S ribosomal protein L25  50 
 
 
94 aa  101  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00403611  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1057  ribosomal 5S rRNA E-loop binding protein Ctc/L25/TL5  49.45 
 
 
202 aa  99.8  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0348708  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0910  ribosomal 5S rRNA E-loop binding protein Ctc/L25/TL5  49.46 
 
 
203 aa  98.2  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.85622  normal  0.347751 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2441  ribosomal protein L25  50.55 
 
 
95 aa  96.3  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.515552  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2084  50S ribosomal protein L25  52.27 
 
 
92 aa  96.3  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.380724  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2355  ribosomal protein L25  49.45 
 
 
95 aa  94  6e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1246  50S ribosomal protein L25  46.07 
 
 
92 aa  94  7e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000683893  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02581  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  46.67 
 
 
210 aa  91.7  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0452468  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3731  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  43.48 
 
 
203 aa  87.8  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.307711 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2117  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.83 
 
 
207 aa  87  9e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00074587  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2705  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.19 
 
 
219 aa  86.3  1e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2577  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.19 
 
 
219 aa  86.3  1e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2206  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.87 
 
 
207 aa  86.3  1e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00480053  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0528  ribosomal 5S rRNA E-loop binding protein Ctc/L25/TL5  42.55 
 
 
212 aa  85.5  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0284  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  42.39 
 
 
214 aa  85.5  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0727  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  44.57 
 
 
206 aa  85.5  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.912849  normal  0.165383 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0346  ribosomal 5S rRNA E-loop binding protein Ctc/L25/TL5  43.01 
 
 
228 aa  84  6e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.246778 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0765  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  45.05 
 
 
197 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0721  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  41.76 
 
 
217 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.245437  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0515  ribosomal protein L25  45.05 
 
 
214 aa  80.9  0.000000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4462  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  42.86 
 
 
198 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1169  ribosomal 5S rRNA E-loop binding protein Ctc/L25/TL5  38.46 
 
 
204 aa  78.2  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0390  50S ribosomal protein L25  38.89 
 
 
94 aa  77.8  0.00000000000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0755  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  42.86 
 
 
197 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1631  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  41.3 
 
 
209 aa  75.5  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.150094  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1535  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  41.3 
 
 
207 aa  75.5  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.220613  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3605  ribosomal 5S rRNA E-loop binding protein Ctc/L25/TL5  42.11 
 
 
192 aa  75.9  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00274747  normal  0.0881093 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1484  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  41.3 
 
 
233 aa  75.9  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61780  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  38.3 
 
 
204 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0257639  hitchhiker  0.00640476 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5321  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  38.3 
 
 
204 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.105981  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2263  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  43.01 
 
 
207 aa  73.6  0.0000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.366147 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0288  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  43.37 
 
 
203 aa  73.2  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2366  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  37.63 
 
 
212 aa  73.2  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3499  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  43.04 
 
 
208 aa  72.8  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000491159 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0388  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  40.22 
 
 
201 aa  72  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.700747  normal  0.0181403 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0393  ribosomal 5S rRNA E-loop binding protein Ctc/L25/TL5  42.71 
 
 
193 aa  72  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000102874  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0677  50S ribosomal protein L25P  41.3 
 
 
207 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41530  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  40.22 
 
 
198 aa  72  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0341  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  42.17 
 
 
203 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0590  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  41.94 
 
 
228 aa  71.2  0.000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.748992  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0394  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  45.78 
 
 
206 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.761444  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0943  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  41.3 
 
 
204 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.293242  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0827  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  40.45 
 
 
203 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0351  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  40.45 
 
 
203 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.248374  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2485  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  40.45 
 
 
203 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0820814  normal  0.240101 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2106  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  39.13 
 
 
224 aa  68.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000927468  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4754  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  40.22 
 
 
200 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0446761  normal  0.387365 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1661  ribosomal 5S rRNA E-loop binding protein Ctc/L25/TL5  40.96 
 
 
223 aa  68.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.139555  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0276  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  44.58 
 
 
208 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.568157  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0249  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  44.58 
 
 
208 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1921  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  38.55 
 
 
213 aa  67.8  0.00000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1103  ribosomal 5S rRNA E-loop binding protein Ctc/L25/TL5  40.22 
 
 
203 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.72773  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3185  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  35.87 
 
 
200 aa  67.8  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3952  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  41.76 
 
 
210 aa  67.8  0.00000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.811391  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3228  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  40.7 
 
 
214 aa  67.4  0.00000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0070  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  39.13 
 
 
244 aa  67  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2765  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  36.96 
 
 
202 aa  67  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.441883  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2041  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  39.13 
 
 
244 aa  67  0.00000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0911  50S ribosomal protein L25P  40.21 
 
 
223 aa  67  0.00000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.421404  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>