259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2334 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_2334  50S ribosomal protein L25  100 
 
 
94 aa  193  9e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00267444  normal  0.073363 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02115  50S ribosomal protein L25  96.81 
 
 
94 aa  188  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0273795  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1472  ribosomal protein L25  96.81 
 
 
94 aa  188  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000266618  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02074  hypothetical protein  96.81 
 
 
94 aa  188  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.047169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1462  50S ribosomal protein L25  96.81 
 
 
94 aa  188  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318208  normal  0.677764 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2323  50S ribosomal protein L25  96.81 
 
 
94 aa  188  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0418291  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2483  50S ribosomal protein L25  96.81 
 
 
94 aa  188  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00113397  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0773  50S ribosomal protein L25  95.74 
 
 
94 aa  186  8e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.26177  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3323  50S ribosomal protein L25  95.74 
 
 
94 aa  186  8e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00458999  normal  0.750333 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2575  50S ribosomal protein L25  89.36 
 
 
94 aa  178  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.328249  normal  0.0155284 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2461  50S ribosomal protein L25  89.36 
 
 
94 aa  178  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000603096 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2464  50S ribosomal protein L25  89.36 
 
 
94 aa  178  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2418  50S ribosomal protein L25  89.36 
 
 
94 aa  178  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000585469  normal  0.103403 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2373  50S ribosomal protein L25  89.36 
 
 
94 aa  178  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00378387  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2781  50S ribosomal protein L25  77.66 
 
 
94 aa  154  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0252548  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3254  50S ribosomal protein L25  75.27 
 
 
94 aa  154  6e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0228648  normal  0.535497 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2720  50S ribosomal protein L25  68.82 
 
 
94 aa  141  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00403611  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1488  50S ribosomal protein L25  68.82 
 
 
94 aa  141  4e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.265586  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2795  50S ribosomal protein L25  68.82 
 
 
94 aa  141  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00504539  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1636  50S ribosomal protein L25  67.74 
 
 
94 aa  138  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.403182  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1907  50S ribosomal protein L25  67.74 
 
 
94 aa  138  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2441  ribosomal protein L25  66.32 
 
 
95 aa  129  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.515552  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0873  50S ribosomal protein L25  58.7 
 
 
95 aa  124  6e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000802837  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2355  ribosomal protein L25  63.16 
 
 
95 aa  121  4e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02581  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  56.99 
 
 
210 aa  118  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0452468  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003787  LSU ribosomal protein L25p  62.5 
 
 
92 aa  114  6e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000839924  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2084  50S ribosomal protein L25  61.8 
 
 
92 aa  113  7.999999999999999e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.380724  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1934  50S ribosomal protein L25  53.76 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.49577  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1927  50S ribosomal protein L25  53.76 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0361205  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1246  50S ribosomal protein L25  59.09 
 
 
92 aa  112  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000683893  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2392  50S ribosomal protein L25  53.76 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0575565  normal  0.0532232 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1901  50S ribosomal protein L25  53.76 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1834  50S ribosomal protein L25  51.61 
 
 
95 aa  111  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.692442 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2143  50S ribosomal protein L25  51.61 
 
 
95 aa  111  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.965843  normal  0.064653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1892  50S ribosomal protein L25  51.61 
 
 
95 aa  111  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.110449 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02662  50S ribosomal protein L25  60.23 
 
 
92 aa  110  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2449  50S ribosomal protein L25  54.44 
 
 
95 aa  110  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00364422  normal  0.127831 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2112  ribosomal protein L25  51.61 
 
 
148 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1614  50S ribosomal protein L25  51.61 
 
 
95 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.47742  normal  0.869022 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1895  50S ribosomal protein L25  50.54 
 
 
95 aa  107  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2569  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  53.19 
 
 
213 aa  104  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1830  50S ribosomal protein L25  48.89 
 
 
95 aa  105  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.454472  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1503  50S ribosomal protein L25  49.45 
 
 
95 aa  104  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.50218  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3558  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  49.46 
 
 
211 aa  104  5e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.989428  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2155  50S ribosomal protein L25  48.39 
 
 
95 aa  102  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00231699  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1959  50S ribosomal protein L25  52.75 
 
 
95 aa  102  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.763998  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0346  ribosomal 5S rRNA E-loop binding protein Ctc/L25/TL5  50 
 
 
228 aa  99  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.246778 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1442  50S ribosomal protein L25  46.24 
 
 
95 aa  99  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1169  ribosomal 5S rRNA E-loop binding protein Ctc/L25/TL5  48.91 
 
 
204 aa  98.2  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0390  50S ribosomal protein L25  46.24 
 
 
94 aa  97.8  4e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3731  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  46.74 
 
 
203 aa  96.7  9e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.307711 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0590  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  51.65 
 
 
228 aa  95.1  3e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.748992  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0528  ribosomal 5S rRNA E-loop binding protein Ctc/L25/TL5  51.61 
 
 
212 aa  94.7  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2117  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  48.35 
 
 
207 aa  94  6e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00074587  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2206  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  48.35 
 
 
207 aa  92.8  2e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00480053  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1057  ribosomal 5S rRNA E-loop binding protein Ctc/L25/TL5  50 
 
 
202 aa  92  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0348708  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0388  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  48.86 
 
 
201 aa  91.3  4e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.700747  normal  0.0181403 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0284  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  45.56 
 
 
214 aa  90.9  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0727  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  49.41 
 
 
206 aa  90.9  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.912849  normal  0.165383 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1921  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  49.41 
 
 
213 aa  90.1  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2705  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  48.35 
 
 
219 aa  88.6  3e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2577  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  48.35 
 
 
219 aa  88.6  3e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0512  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  49.41 
 
 
201 aa  87.8  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0950  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  50.59 
 
 
235 aa  87  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6133  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  48.24 
 
 
201 aa  86.3  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00176641  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2721  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  48.24 
 
 
202 aa  86.3  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00911774  normal  0.21435 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2863  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  48.24 
 
 
202 aa  86.3  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000420002  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3121  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.06 
 
 
204 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.172098  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0584  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.06 
 
 
208 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0752  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.06 
 
 
204 aa  85.9  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.630272  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0473  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.06 
 
 
223 aa  85.5  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2929  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.06 
 
 
204 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0212023  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3611  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  49.41 
 
 
210 aa  85.9  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.619147 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0089  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.06 
 
 
204 aa  85.9  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2814  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.06 
 
 
201 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.39287  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0568  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.06 
 
 
204 aa  85.1  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0836133  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2189  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.06 
 
 
201 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.037454  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2803  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.06 
 
 
201 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0733816  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1501  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.06 
 
 
240 aa  85.1  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.142503  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0823  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  44.71 
 
 
208 aa  84.7  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.597481  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1661  ribosomal 5S rRNA E-loop binding protein Ctc/L25/TL5  45.88 
 
 
223 aa  84.7  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.139555  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0894  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  44.71 
 
 
208 aa  84.7  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.215306  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1626  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.06 
 
 
214 aa  84.7  4e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.724625  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0515  ribosomal protein L25  44.68 
 
 
214 aa  84.3  5e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0288  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.06 
 
 
203 aa  83.2  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2366  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.31 
 
 
212 aa  82.8  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0341  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  47.06 
 
 
203 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1292  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  45.88 
 
 
227 aa  82.4  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.836068 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2106  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  43.16 
 
 
224 aa  82.4  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000927468  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0898  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  43.53 
 
 
218 aa  82  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0171  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  46.81 
 
 
224 aa  81.6  0.000000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00850595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5434  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  45.88 
 
 
209 aa  82  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3628  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  44.71 
 
 
200 aa  81.6  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1617  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  41.3 
 
 
212 aa  81.3  0.000000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.817906 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1523  50S ribosomal protein L25P  45.16 
 
 
215 aa  81.3  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.027248  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0184  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  46.81 
 
 
224 aa  80.9  0.000000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0240946  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0394  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  49.41 
 
 
206 aa  80.5  0.000000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.761444  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3228  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  44.71 
 
 
214 aa  80.1  0.000000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4346  ribosomal 5S rRNA E-loop binding protein Ctc/L25/TL5  44.71 
 
 
224 aa  79.7  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0249  50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc  48.24 
 
 
208 aa  79.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>