157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0847 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0847  quinol dehydrogenase periplasmic component  100 
 
 
244 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3319  quinol dehydrogenase periplasmic component  95.9 
 
 
244 aa  487  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3431  quinol dehydrogenase periplasmic component  95.9 
 
 
244 aa  487  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0703  quinol dehydrogenase periplasmic component  95.49 
 
 
244 aa  485  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3149  quinol dehydrogenase periplasmic component  95.9 
 
 
244 aa  486  1e-136  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0861746  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3207  quinol dehydrogenase periplasmic component  80.5 
 
 
243 aa  410  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3958  quinol dehydrogenase periplasmic component  79.51 
 
 
244 aa  410  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0389498 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0622  quinol dehydrogenase periplasmic component  77.46 
 
 
244 aa  397  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2984  quinol dehydrogenase periplasmic component  77.06 
 
 
241 aa  373  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3221  hypothetical protein  60.34 
 
 
263 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3164  ferredoxin-type protein NapG  62.91 
 
 
270 aa  270  1e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4008  quinol dehydrogenase periplasmic component  61.44 
 
 
299 aa  263  1e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001237  ferredoxin-type protein NapG (periplasmic nitrate reductase)  60.75 
 
 
256 aa  263  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02132  quinol dehydrogenase periplasmic component  58.26 
 
 
231 aa  258  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.192803  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1454  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  58.26 
 
 
231 aa  258  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3839  quinol dehydrogenase periplasmic component  60.45 
 
 
290 aa  258  5.0000000000000005e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02091  hypothetical protein  58.26 
 
 
231 aa  258  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.181289  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2343  quinol dehydrogenase periplasmic component  58.26 
 
 
231 aa  258  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2504  quinol dehydrogenase periplasmic component  58.26 
 
 
231 aa  258  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1445  quinol dehydrogenase periplasmic component  58.26 
 
 
231 aa  258  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2353  quinol dehydrogenase periplasmic component  58.26 
 
 
231 aa  258  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2412  quinol dehydrogenase periplasmic component  60.28 
 
 
230 aa  258  8e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3342  quinol dehydrogenase periplasmic component  57.8 
 
 
231 aa  257  1e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.379134  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0736  quinol dehydrogenase periplasmic component  57.8 
 
 
231 aa  256  2e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2716  quinol dehydrogenase periplasmic component  59.81 
 
 
230 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1342  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  66.48 
 
 
239 aa  253  2.0000000000000002e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.961353 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2498  quinol dehydrogenase periplasmic component  57.66 
 
 
231 aa  252  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441878 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1590  periplasmic nitrate reductase subunit NapG  56.96 
 
 
256 aa  251  5.000000000000001e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2442  quinol dehydrogenase periplasmic component  58.18 
 
 
231 aa  251  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.426735 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2393  quinol dehydrogenase periplasmic component  57.66 
 
 
231 aa  251  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2484  quinol dehydrogenase periplasmic component  57.66 
 
 
231 aa  251  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2601  quinol dehydrogenase periplasmic component  57.21 
 
 
231 aa  247  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.334591 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1507  quinol dehydrogenase periplasmic component  58.56 
 
 
250 aa  244  9.999999999999999e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0557  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  53.52 
 
 
220 aa  228  7e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0439  quinol dehydrogenase periplasmic component  46.19 
 
 
264 aa  219  3e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000708697  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0554  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  51.35 
 
 
234 aa  216  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4737  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  53.37 
 
 
224 aa  215  5.9999999999999996e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242853  normal  0.472407 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1017  quinol dehydrogenase periplasmic component  48.93 
 
 
249 aa  214  9.999999999999999e-55  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.963512  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0867  quinol dehydrogenase periplasmic component  49.54 
 
 
255 aa  211  9e-54  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0725  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  44.83 
 
 
271 aa  211  1e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0157367  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1929  quinol dehydrogenase periplasmic component  48.67 
 
 
255 aa  210  2e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.385843  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0802  quinol dehydrogenase periplasmic component  49.29 
 
 
246 aa  207  1e-52  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.208725  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0872  quinol dehydrogenase periplasmic component  48.82 
 
 
246 aa  206  3e-52  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1717  quinol dehydrogenase periplasmic component  44.44 
 
 
251 aa  201  9e-51  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1515  quinol dehydrogenase periplasmic component  42.61 
 
 
274 aa  200  9.999999999999999e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000000000252998  n/a   
 
 
 
NC_008599  CFF8240_1160  quinol dehydrogenase periplasmic component  49.74 
 
 
250 aa  196  3e-49  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0746915  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1057  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  44.44 
 
 
222 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07580  4Fe-4S protein  46.63 
 
 
221 aa  164  1.0000000000000001e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.353777 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1738  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  49.69 
 
 
204 aa  163  3e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.850071  normal  0.0241918 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1290  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  42.77 
 
 
470 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1301  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  29.8 
 
 
246 aa  105  5e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0121453  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1287  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.5 
 
 
192 aa  105  9e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0006  iron-sulfur protein  31.2 
 
 
220 aa  103  2e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.00000466888  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1640  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  42.46 
 
 
524 aa  98.2  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1566  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  27.61 
 
 
290 aa  93.6  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00608017  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0618  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.87 
 
 
174 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0443  iron-sulfur protein  29.31 
 
 
224 aa  93.6  3e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.442554  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06170  4Fe-4S protein  32.07 
 
 
226 aa  87  2e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0116  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.33 
 
 
247 aa  84.7  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2713  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  39.61 
 
 
656 aa  84  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.875426 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2107  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.9 
 
 
504 aa  84.3  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3028  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.15 
 
 
221 aa  83.6  0.000000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1790  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.94 
 
 
229 aa  82  0.000000000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0492  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.03 
 
 
213 aa  82  0.000000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.363621 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16850  4Fe-4S protein  29.61 
 
 
242 aa  80.5  0.00000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.459268  normal  0.811902 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2987  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.36 
 
 
510 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0347  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.87 
 
 
507 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.326177  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0478  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.66 
 
 
213 aa  75.1  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3963  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.75 
 
 
528 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000774467 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3875  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.75 
 
 
528 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2681  iron-sulfur cluster-binding protein  33.73 
 
 
518 aa  72.8  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27410  4Fe-4S protein  33.02 
 
 
206 aa  72.4  0.000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2764  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.77 
 
 
211 aa  70.9  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.936882 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1161  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.54 
 
 
519 aa  70.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2648  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.94 
 
 
538 aa  69.3  0.00000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.111219  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0610  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.12 
 
 
209 aa  68.9  0.00000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.260421  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.12 
 
 
591 aa  67.8  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22790  Fe-S-cluster-containing hydrogenase subunit  32.91 
 
 
219 aa  65.9  0.0000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1452  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.67 
 
 
189 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1340  putative ferredoxin-type protein NapF  29.67 
 
 
189 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2720  putative ferredoxin-type protein NapF  29.67 
 
 
189 aa  64.3  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1518  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  29.35 
 
 
160 aa  61.2  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000119119  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2346  ferredoxin-type protein  27.27 
 
 
164 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1442  ferredoxin-type protein  27.27 
 
 
164 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02135  ferredoxin-type protein, predicted role in electron transfer to periplasmic nitrate reductase (NapA)  26.67 
 
 
164 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02094  hypothetical protein  26.67 
 
 
164 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2713  ferredoxin-type protein NapF  28.14 
 
 
178 aa  59.7  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2356  ferredoxin-type protein  26.88 
 
 
164 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1451  ferredoxin-type protein NapF  26.88 
 
 
164 aa  58.5  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2507  ferredoxin-type protein  26.88 
 
 
164 aa  58.5  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3345  ferredoxin-type protein  26.88 
 
 
164 aa  58.5  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0931001  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4011  ferredoxin-type protein NapF  40.54 
 
 
188 aa  57.8  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1329  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.29 
 
 
645 aa  55.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.2343  normal  0.019579 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02503  ferredoxin  32 
 
 
165 aa  54.7  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0733  ferredoxin-type protein  26.06 
 
 
164 aa  55.1  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4000  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  29.81 
 
 
159 aa  54.3  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.692634 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1383  ferredoxin-type protein NapF  29.01 
 
 
168 aa  54.3  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2409  ferredoxin-type protein NapF  26.95 
 
 
178 aa  53.5  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3224  hypothetical protein  29.87 
 
 
163 aa  53.5  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.998418 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2396  ferredoxin-type protein  28.66 
 
 
163 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>