147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4737 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4737  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  100 
 
 
224 aa  448  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242853  normal  0.472407 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0557  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  69.27 
 
 
220 aa  312  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0554  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  61.97 
 
 
234 aa  262  4e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0703  quinol dehydrogenase periplasmic component  54.33 
 
 
244 aa  228  4e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3319  quinol dehydrogenase periplasmic component  54.33 
 
 
244 aa  228  6e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3431  quinol dehydrogenase periplasmic component  53.85 
 
 
244 aa  226  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0622  quinol dehydrogenase periplasmic component  50.93 
 
 
244 aa  226  2e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0847  quinol dehydrogenase periplasmic component  51.64 
 
 
244 aa  225  4e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3149  quinol dehydrogenase periplasmic component  53.37 
 
 
244 aa  224  6e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0861746  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3207  quinol dehydrogenase periplasmic component  50.7 
 
 
243 aa  224  7e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3958  quinol dehydrogenase periplasmic component  51.44 
 
 
244 aa  224  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0389498 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2984  quinol dehydrogenase periplasmic component  49.54 
 
 
241 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3839  quinol dehydrogenase periplasmic component  50.47 
 
 
290 aa  205  5e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3164  ferredoxin-type protein NapG  52.86 
 
 
270 aa  201  5e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1590  periplasmic nitrate reductase subunit NapG  52.43 
 
 
256 aa  201  8e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4008  quinol dehydrogenase periplasmic component  53.4 
 
 
299 aa  199  1.9999999999999998e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1515  quinol dehydrogenase periplasmic component  46.19 
 
 
274 aa  197  9e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000000000252998  n/a   
 
 
 
NC_013457  VEA_001237  ferredoxin-type protein NapG (periplasmic nitrate reductase)  49.53 
 
 
256 aa  196  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3221  hypothetical protein  52.13 
 
 
263 aa  194  8.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02132  quinol dehydrogenase periplasmic component  49.28 
 
 
231 aa  194  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.192803  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1454  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  49.28 
 
 
231 aa  194  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02091  hypothetical protein  49.28 
 
 
231 aa  194  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.181289  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2343  quinol dehydrogenase periplasmic component  49.28 
 
 
231 aa  194  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2504  quinol dehydrogenase periplasmic component  49.28 
 
 
231 aa  194  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1445  quinol dehydrogenase periplasmic component  49.28 
 
 
231 aa  194  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2353  quinol dehydrogenase periplasmic component  49.28 
 
 
231 aa  194  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2442  quinol dehydrogenase periplasmic component  47.22 
 
 
231 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.426735 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3342  quinol dehydrogenase periplasmic component  48.8 
 
 
231 aa  192  4e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.379134  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0736  quinol dehydrogenase periplasmic component  48.8 
 
 
231 aa  192  5e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2484  quinol dehydrogenase periplasmic component  46.76 
 
 
231 aa  191  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2393  quinol dehydrogenase periplasmic component  46.76 
 
 
231 aa  191  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2601  quinol dehydrogenase periplasmic component  46.76 
 
 
231 aa  191  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.334591 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2498  quinol dehydrogenase periplasmic component  46.76 
 
 
231 aa  191  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441878 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1507  quinol dehydrogenase periplasmic component  54.86 
 
 
250 aa  191  1e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0439  quinol dehydrogenase periplasmic component  44.93 
 
 
264 aa  191  1e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000708697  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1342  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  47.47 
 
 
239 aa  188  7e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.961353 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2412  quinol dehydrogenase periplasmic component  47.85 
 
 
230 aa  186  3e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2716  quinol dehydrogenase periplasmic component  47.37 
 
 
230 aa  184  7e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1929  quinol dehydrogenase periplasmic component  44.44 
 
 
255 aa  180  1e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.385843  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0725  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  45.62 
 
 
271 aa  176  2e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0157367  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1717  quinol dehydrogenase periplasmic component  42.66 
 
 
251 aa  174  8e-43  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0867  quinol dehydrogenase periplasmic component  44.44 
 
 
255 aa  174  9.999999999999999e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1160  quinol dehydrogenase periplasmic component  43.12 
 
 
250 aa  166  2e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0746915  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1017  quinol dehydrogenase periplasmic component  40.19 
 
 
249 aa  163  2.0000000000000002e-39  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.963512  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0802  quinol dehydrogenase periplasmic component  43.6 
 
 
246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.208725  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0872  quinol dehydrogenase periplasmic component  43.13 
 
 
246 aa  162  6e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1057  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  41.59 
 
 
222 aa  154  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1738  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  39.11 
 
 
204 aa  124  1e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.850071  normal  0.0241918 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07580  4Fe-4S protein  40.52 
 
 
221 aa  118  6e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.353777 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1290  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.04 
 
 
470 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1301  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  33.17 
 
 
246 aa  105  7e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0121453  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2713  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  42.7 
 
 
656 aa  102  4e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.875426 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0443  iron-sulfur protein  33.17 
 
 
224 aa  98.2  8e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.442554  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1640  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  39.53 
 
 
524 aa  94.4  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1566  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  31.09 
 
 
290 aa  94.4  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00608017  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1287  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.02 
 
 
192 aa  92.8  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0006  iron-sulfur protein  30.27 
 
 
220 aa  92.4  5e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.00000466888  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0116  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  40.65 
 
 
247 aa  91.3  1e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0618  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.59 
 
 
174 aa  90.1  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0347  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  36.72 
 
 
507 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.326177  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2681  iron-sulfur cluster-binding protein  37.7 
 
 
518 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3963  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  37.1 
 
 
528 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000774467 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1790  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.38 
 
 
229 aa  81.3  0.00000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3875  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.22 
 
 
528 aa  78.6  0.00000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2107  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.68 
 
 
504 aa  72.4  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.32 
 
 
591 aa  72  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2648  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.34 
 
 
538 aa  70.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.111219  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0492  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.44 
 
 
213 aa  70.1  0.00000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.363621 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2764  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38 
 
 
211 aa  68.9  0.00000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.936882 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0478  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.19 
 
 
213 aa  68.6  0.00000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06170  4Fe-4S protein  32.32 
 
 
226 aa  68.6  0.00000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2987  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.33 
 
 
510 aa  68.6  0.00000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0610  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  37.58 
 
 
209 aa  67  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.260421  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27410  4Fe-4S protein  28.73 
 
 
206 aa  67.4  0.0000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1161  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.92 
 
 
519 aa  65.9  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16850  4Fe-4S protein  31.19 
 
 
242 aa  65.1  0.0000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.459268  normal  0.811902 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3167  ferredoxin-type protein napF  33.55 
 
 
170 aa  64.7  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2713  ferredoxin-type protein NapF  28.75 
 
 
178 aa  62.8  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22790  Fe-S-cluster-containing hydrogenase subunit  31.52 
 
 
219 aa  60.1  0.00000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3028  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.9 
 
 
221 aa  58.9  0.00000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3224  hypothetical protein  34 
 
 
163 aa  58.2  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.998418 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2409  ferredoxin-type protein NapF  26.25 
 
 
178 aa  53.1  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1326  ferredoxin-type protein NapF  25.62 
 
 
161 aa  52.4  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4000  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  31.08 
 
 
159 aa  50.8  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.692634 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1452  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.95 
 
 
189 aa  51.2  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0559  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.72 
 
 
352 aa  50.8  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2346  ferredoxin-type protein  28.29 
 
 
164 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1442  ferredoxin-type protein  28.29 
 
 
164 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4011  ferredoxin-type protein NapF  35.14 
 
 
188 aa  50.8  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02135  ferredoxin-type protein, predicted role in electron transfer to periplasmic nitrate reductase (NapA)  27.63 
 
 
164 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02094  hypothetical protein  27.63 
 
 
164 aa  49.7  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0634  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.81 
 
 
354 aa  50.1  0.00003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1340  putative ferredoxin-type protein NapF  27.95 
 
 
189 aa  50.1  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2720  putative ferredoxin-type protein NapF  27.95 
 
 
189 aa  50.1  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1445  ferredoxin-type protein NapF  24.05 
 
 
159 aa  49.7  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000171683  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0733  ferredoxin-type protein  28.29 
 
 
164 aa  49.7  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2356  ferredoxin-type protein  27.63 
 
 
164 aa  48.9  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1271  ferredoxin-type protein NapF  29.17 
 
 
167 aa  48.9  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.853171  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2793  ferredoxin-type protein NapF  29.17 
 
 
167 aa  48.9  0.00006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.167014 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1385  ferredoxin-type protein NapF  29.17 
 
 
167 aa  48.9  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.570523  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>