33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0054 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0054  hypothetical protein  100 
 
 		 45 aa  90.5  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316175  normal  0.912715 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1123  DNA polymerase III, alpha subunit  80 
 
 		 940 aa  77  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2785  DNA polymerase III, alpha subunit  80 
 
 		 940 aa  77  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.27044  normal  0.619093 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0102  DNA polymerase III, alpha subunit  68.89 
 
 		 994 aa  65.1  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3998  DNA polymerase III, alpha subunit  68.18 
 
 		 1116 aa  60.1  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0175  DNA polymerase III, alpha subunit  68.89 
 
 		 1126 aa  58.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9155  DNA polymerase III alpha chain  58.97 
 
 		 363 aa  48.9  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2860  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  64.86 
 
 		 409 aa  48.1  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5603  DNA polymerase III, alpha subunit  60.53 
 
 		 1099 aa  47.8  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00446711 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5201  DNA polymerase III, alpha subunit  60.53 
 
 		 1053 aa  47  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0149235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2398  DNA polymerase III, alpha subunit  51.16 
 
 		 1045 aa  46.2  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.800911 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1331  DNA polymerase III, alpha subunit  62.16 
 
 		 1049 aa  45.8  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2294  DNA polymerase III alpha chain  62.86 
 
 		 1097 aa  46.2  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3765  DNA polymerase III, alpha subunit  58.97 
 
 		 1087 aa  45.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4576  DNA polymerase III, alpha subunit  57.89 
 
 		 1071 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.427966 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3890  DNA polymerase III, alpha subunit  55.26 
 
 		 1150 aa  44.7  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.227818  normal  0.0207545 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5036  DNA polymerase III, alpha subunit  57.89 
 
 		 1071 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.38358  normal  0.080697 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4214  DNA polymerase III, alpha subunit  55.26 
 
 		 1154 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0746067 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0808  DNA polymerase III, alpha subunit  55.26 
 
 		 1059 aa  44.3  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.881912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5159  DNA polymerase III, alpha subunit  60 
 
 		 1087 aa  44.3  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.572913  normal  0.312122 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3021  DNA polymerase III, alpha subunit  54.29 
 
 		 1116 aa  43.9  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3147  DNA polymerase III, alpha subunit  55.26 
 
 		 1059 aa  43.9  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2802  DNA polymerase III, alpha subunit  59.46 
 
 		 1090 aa  43.9  0.0007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.549156 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5094  DNA polymerase III, alpha subunit  57.89 
 
 		 1070 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.695828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3204  DNA polymerase III, alpha subunit  52.38 
 
 		 1118 aa  41.6  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115871  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4291  DNA polymerase III, alpha subunit  55.26 
 
 		 1077 aa  41.6  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.271094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1942  DNA polymerase III, alpha subunit  44.44 
 
 		 1027 aa  41.2  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0322539 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3380  DNA polymerase III, alpha subunit  46.51 
 
 		 1055 aa  41.2  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.176631 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3292  DNA polymerase III, alpha subunit  52.63 
 
 		 1082 aa  40.8  0.007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0677218  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2666  error-prone DNA polymerase  52.63 
 
 		 1164 aa  40.4  0.009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.466935  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4130  error-prone DNA polymerase  52.63 
 
 		 1153 aa  40.4  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.975833 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2987  error-prone DNA polymerase  57.14 
 
 		 1196 aa  40  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2672  DNA polymerase III, alpha subunit  62.86 
 
 		 1076 aa  40  0.01  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.087577 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>