131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1545 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1545  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  100 
 
 
141 aa  284  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.387634  normal  0.146027 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1874  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  91.55 
 
 
142 aa  239  9e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.15352  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5611  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  78.33 
 
 
142 aa  191  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4893  cytochrome C oxidase subunit IV  77.23 
 
 
130 aa  163  9e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4049  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  67.57 
 
 
129 aa  155  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.164785  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5732  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  60.63 
 
 
140 aa  148  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  hitchhiker  0.00723652 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7138  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  62.61 
 
 
133 aa  147  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.574714  normal  0.600348 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1741  cytochrome ubiquinol oxidase subunit IV  67.86 
 
 
127 aa  147  4e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.148517  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1734  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  60 
 
 
134 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5988  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  63.06 
 
 
133 aa  144  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4369  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  70 
 
 
133 aa  144  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4703  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  62.07 
 
 
126 aa  142  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0853762  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4334  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  62.07 
 
 
126 aa  143  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.597223  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4775  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  66.67 
 
 
130 aa  137  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.545135  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4851  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  68.75 
 
 
131 aa  135  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109523  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0239  cytochrome C oxidase subunit IV  58.62 
 
 
130 aa  134  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2220  cytochrome C oxidase subunit IV  57.39 
 
 
142 aa  134  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.103068  normal  0.103821 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0598  cytochrome C oxidase subunit IV  58.62 
 
 
130 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1505  cytochrome C oxidase subunit IV  60.91 
 
 
128 aa  131  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.104323  normal  0.347157 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4060  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  55.65 
 
 
146 aa  131  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.111919  normal  0.275411 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6213  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  59.8 
 
 
132 aa  127  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.261979  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2033  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV  56.52 
 
 
121 aa  123  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0045  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  54.31 
 
 
121 aa  122  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488235  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0045  ubiquinol oxidase subunit IV  54.31 
 
 
121 aa  122  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2268  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  53.4 
 
 
139 aa  121  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.732515  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5105  cytochrome C oxidase subunit IV  64.89 
 
 
127 aa  119  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00399653  normal  0.955169 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0051  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  50.85 
 
 
122 aa  116  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0119042  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2778  cytochrome C oxidase subunit IV  52.43 
 
 
142 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.706445 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1292  cytochrome C oxidase subunit IV  52.73 
 
 
112 aa  110  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000269538  hitchhiker  0.00373128 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2914  transmembrane cytochrome O ubiquinol oxidase subunit IV  48.18 
 
 
121 aa  104  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0244328  normal  0.561242 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2287  cytochrome C oxidase subunit IV  52.53 
 
 
115 aa  102  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.695464  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0479  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  45.37 
 
 
109 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.042541  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0985  cytochrome C oxidase subunit IV  50 
 
 
116 aa  100  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0542  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  45.37 
 
 
109 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0395228  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0487  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  45.37 
 
 
109 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.180792  hitchhiker  0.00474421 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0481  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  45.37 
 
 
109 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.142176  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0498  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  45.37 
 
 
109 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.785767 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3101  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  49.49 
 
 
110 aa  100  7e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.794205  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3063  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  49.49 
 
 
110 aa  100  7e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0288718  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3244  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  49.49 
 
 
110 aa  100  7e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00380  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  43.12 
 
 
109 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00204944  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3180  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  43.12 
 
 
109 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0010287  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0504  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  43.12 
 
 
109 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322106  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0464  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  43.12 
 
 
109 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0363486  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3204  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  43.12 
 
 
109 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.696195  hitchhiker  0.0000689246 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0469  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  43.12 
 
 
109 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.20834  normal  0.536254 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0513  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  43.12 
 
 
109 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.100063  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00384  hypothetical protein  43.12 
 
 
109 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00359073  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0896  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  42.06 
 
 
108 aa  99  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0268918  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1087  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  44.04 
 
 
112 aa  97.4  5e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000016211  hitchhiker  0.00000345803 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0351  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  42.2 
 
 
109 aa  97.4  5e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2811  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  49.47 
 
 
122 aa  94.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.710086 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3160  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  49.47 
 
 
122 aa  94.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000234388 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0951  cytochrome c oxidase subunit IV  44.55 
 
 
116 aa  94  6e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.421532  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0092  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  45.71 
 
 
107 aa  93.6  9e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.441229  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4221  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  40.52 
 
 
113 aa  92.8  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0653  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  43.75 
 
 
113 aa  90.5  7e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4353  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  39.66 
 
 
113 aa  90.5  8e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4149  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  39.66 
 
 
113 aa  90.5  8e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4034  cytochrome C oxidase subunit IV  40.52 
 
 
113 aa  89.7  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0600  ubiquinol oxidase, subunit IV  42.86 
 
 
110 aa  89  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2836  ubiquinol oxidase, subunit IV  42.86 
 
 
110 aa  89  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2414  ubiquinol oxidase, subunit IV  42.86 
 
 
110 aa  89  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.576225  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2876  ubiquinol oxidase, subunit IV  42.86 
 
 
110 aa  89  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75136  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2717  ubiquinol oxidase, subunit IV  42.86 
 
 
110 aa  89  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.187776  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2775  ubiquinol oxidase, subunit IV  42.86 
 
 
110 aa  89  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.214236  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1726  ubiquinol oxidase, subunit IV  42.86 
 
 
110 aa  89  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.668264  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3861  cytochrome C oxidase subunit IV  40.65 
 
 
113 aa  89  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.109268  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0738  cytochrome O ubiquinol oxidase subunit IV  43.75 
 
 
113 aa  88.6  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.696429  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1785  ubiquinol oxidase, subunit IV  42.86 
 
 
110 aa  88.2  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1143  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  41.96 
 
 
113 aa  87.8  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0245205  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3826  cytochrome C oxidase subunit IV  39.66 
 
 
113 aa  87.8  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0869814 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0369  cytochrome C oxidase subunit IV  42.86 
 
 
108 aa  87.8  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0197  ubiquinol oxidase, subunit IV  41.9 
 
 
110 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0990  ubiquinol oxidase, subunit IV  41.9 
 
 
110 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.429446  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1372  ubiquinol oxidase, subunit IV  41.9 
 
 
110 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1569  ubiquinol oxidase, subunit IV  41.9 
 
 
110 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2713  ubiquinol oxidase, subunit IV  41.9 
 
 
110 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2569  ubiquinol oxidase, subunit IV  41.9 
 
 
110 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0228  ubiquinol oxidase, subunit IV  41.9 
 
 
110 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00006  cytOchrome o ubiquinol oxidase subunit IV  42.73 
 
 
111 aa  86.3  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2885  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  40.91 
 
 
110 aa  85.5  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0482  ubiquinol oxidase, subunit IV  40.95 
 
 
110 aa  85.1  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0957  cytochrome C oxidase subunit IV  40.95 
 
 
111 aa  85.1  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.324471  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5373  cytochrome C oxidase subunit IV  42.2 
 
 
110 aa  84.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6009  cytochrome C oxidase subunit IV  39.81 
 
 
110 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103399  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2068  cytochrome C oxidase subunit IV  39.81 
 
 
110 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2087  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  39.81 
 
 
110 aa  84.3  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05494  cytochrome o ubiquinol oxidase protein CyoD  46.32 
 
 
103 aa  83.6  8e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3076  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  40.38 
 
 
110 aa  83.2  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.137735  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5012  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  42.86 
 
 
110 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.937774  normal  0.0602721 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1293  cytochrome C oxidase subunit IV  40.38 
 
 
105 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3917  cytochrome C oxidase subunit IV  43.75 
 
 
113 aa  82  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1212  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  39.45 
 
 
110 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.435881 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1634  CyoD  41.96 
 
 
110 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0123557  normal  0.142512 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3792  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  44.44 
 
 
110 aa  82  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3971  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  42.45 
 
 
114 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.878418  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47160  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  45.71 
 
 
111 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.197452  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4070  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  45.71 
 
 
111 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.717625  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1040  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit IV  40.59 
 
 
110 aa  80.5  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0716905  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>