67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1107 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1107    100 
 
 		 1499 bp  2972    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1039  Integrase catalytic region  81.59 
 
 		 1491 bp  533  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0651609  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3045  integrase catalytic subunit  81.79 
 
 		 1500 bp  452  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3056  integrase catalytic subunit  81.79 
 
 		 1500 bp  452  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.278904 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3923  integrase catalytic subunit  80.29 
 
 		 1500 bp  430  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0901  integrase catalytic subunit  80.22 
 
 		 1500 bp  339  1e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0261682  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3714  integrase catalytic subunit  80.22 
 
 		 1500 bp  339  1e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.16715  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0318  integrase catalytic subunit  79.71 
 
 		 1500 bp  305  2e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0789  integrase catalytic subunit  79.71 
 
 		 1500 bp  305  2e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.972954  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3914  integrase catalytic subunit  79.71 
 
 		 1500 bp  305  2e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.639879  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6519  integrase catalytic region  83.67 
 
 		 1500 bp  268  4e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.126482 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2498    85.24 
 
 		 1086 bp  204  5e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2333    91.61 
 
 		 150 bp  188  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2077  IstB-like ATP-binding protein  83.2 
 
 		 1071 bp  163  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0554  integrase catalytic region  79.69 
 
 		 1506 bp  131  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0566  integrase catalytic region  79.69 
 
 		 1506 bp  131  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.478269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0069  Integrase catalytic region  81.67 
 
 		 1509 bp  95.6  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.83421 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1490    80.35 
 
 		 1304 bp  91.7  6e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3578    80.35 
 
 		 1298 bp  91.7  6e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0041  Integrase catalytic region  82.31 
 
 		 1506 bp  85.7  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.456904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4173  integrase catalytic region  84.16 
 
 		 1509 bp  73.8  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2255  integrase catalytic region  84.16 
 
 		 1509 bp  73.8  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.659658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5400  integrase catalytic region  84.16 
 
 		 1509 bp  73.8  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0908  integrase catalytic subunit  95.35 
 
 		 1506 bp  69.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.530345  normal  0.680535 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2463  integrase catalytic subunit  95.35 
 
 		 1506 bp  69.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.587911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5140  integrase catalytic subunit  95.35 
 
 		 1506 bp  69.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.920886  normal  0.438385 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5130  integrase catalytic subunit  95.35 
 
 		 1506 bp  69.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.819554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3053  integrase catalytic subunit  95.35 
 
 		 1506 bp  69.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00502865 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3390  integrase catalytic subunit  95.35 
 
 		 1506 bp  69.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0417622 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3483  integrase catalytic subunit  95.35 
 
 		 1506 bp  69.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0433  integrase catalytic subunit  82.73 
 
 		 1515 bp  67.9  0.000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.230494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0850  integrase catalytic subunit  82.73 
 
 		 1515 bp  67.9  0.000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.314158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4201    97.22 
 
 		 1525 bp  63.9  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.308634  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4982  integrase catalytic subunit  82.24 
 
 		 1272 bp  61.9  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5108  hypothetical protein  97.06 
 
 		 195 bp  60  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.271897  normal  0.125483 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3235  integrase catalytic subunit  94.74 
 
 		 1527 bp  60  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0483  integrase catalytic subunit  100 
 
 		 1527 bp  58  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3365  integrase catalytic subunit  100 
 
 		 1527 bp  58  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0155  transposase IstA for insertion sequence IS1326  94.59 
 
 		 1524 bp  58  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.791462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1042  Integrase catalytic region  94.44 
 
 		 1527 bp  56  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.861303  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0224    89.58 
 
 		 78 bp  56  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0427433 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4688  Integrase catalytic region  94.44 
 
 		 1527 bp  56  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3299  integrase catalytic subunit  94.44 
 
 		 1506 bp  56  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3204  integrase catalytic subunit  94.44 
 
 		 1506 bp  56  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0004  integrase catalytic subunit  94.44 
 
 		 1506 bp  56  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4956  integrase catalytic subunit  94.44 
 
 		 1506 bp  56  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4866  integrase catalytic subunit  94.44 
 
 		 1506 bp  56  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2899  integrase catalytic subunit  94.44 
 
 		 1506 bp  56  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2556  integrase catalytic subunit  94.44 
 
 		 1506 bp  56  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5105  hypothetical protein  90.7 
 
 		 873 bp  54  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.262443 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4517    94.29 
 
 		 294 bp  54  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1227  Integrase catalytic region  94.29 
 
 		 1494 bp  54  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1070  Integrase catalytic region  96.67 
 
 		 1491 bp  52  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.47791  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3173  Integrase catalytic region  96.67 
 
 		 1491 bp  52  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2408  Integrase catalytic region  96.67 
 
 		 1491 bp  52  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0648  Integrase catalytic region  93.94 
 
 		 1467 bp  50.1  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.509934 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0675  Integrase catalytic region  93.94 
 
 		 1524 bp  50.1  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.275744  hitchhiker  0.000336572 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1595    93.94 
 
 		 2911 bp  50.1  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.614383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1723    93.94 
 
 		 2793 bp  50.1  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.629246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1791  Integrase catalytic region  93.94 
 
 		 1524 bp  50.1  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.459924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2677  Integrase catalytic region  93.94 
 
 		 1524 bp  50.1  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.696745 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0315  Integrase catalytic region  93.94 
 
 		 1524 bp  50.1  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.0795408 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5321  ISPsy20, transposase IstA  93.75 
 
 		 1506 bp  48.1  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2866  Integrase catalytic region  85.71 
 
 		 1512 bp  48.1  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00185303  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1464  putative transposase  93.75 
 
 		 1494 bp  48.1  0.007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2997  putative transposase  93.75 
 
 		 1494 bp  48.1  0.007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3304  putative transposase  93.75 
 
 		 1494 bp  48.1  0.007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.299203 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>