53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5391 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5391  hypothetical protein  100 
 
 		 141 aa  287  3e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5167  hypothetical protein  61.27 
 
 		 140 aa  161  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2075  hypothetical protein  59.84 
 
 		 147 aa  135  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136356  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0783  hypothetical protein  60.63 
 
 		 147 aa  134  5e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.143696  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0560  hypothetical protein  60.63 
 
 		 147 aa  134  5e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1625  hypothetical protein  60.63 
 
 		 147 aa  134  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.045031  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0672  hypothetical protein  60.63 
 
 		 147 aa  134  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.440129  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1978  hypothetical protein  59.84 
 
 		 147 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.682299  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0491  hypothetical protein  59.84 
 
 		 147 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.787236  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0902  hypothetical protein  72.5 
 
 		 151 aa  124  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0923953  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3288  hypothetical protein  43.14 
 
 		 126 aa  88.2  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.085788 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3434  hypothetical protein  60 
 
 		 143 aa  87  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.166589  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0211  hypothetical protein  39.13 
 
 		 131 aa  86.3  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3285  hypothetical protein  45.74 
 
 		 104 aa  86.7  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0921239 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4086  hypothetical protein  58.06 
 
 		 111 aa  79.3  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.752726  normal  0.368049 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1289  hypothetical protein  36.17 
 
 		 126 aa  74.3  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.955521  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3215  hypothetical protein  36.17 
 
 		 126 aa  74.3  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.650914  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2736  hypothetical protein  36.63 
 
 		 107 aa  73.6  0.0000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3093  hypothetical protein  35.42 
 
 		 89 aa  70.1  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7166  hypothetical protein  45.9 
 
 		 98 aa  68.2  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.600167  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3400  hypothetical protein  34.31 
 
 		 94 aa  66.2  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0231  hypothetical protein  38.14 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.68703  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6036  hypothetical protein  34.88 
 
 		 88 aa  62.8  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0234756  normal  0.35879 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4960  hypothetical protein  40.3 
 
 		 96 aa  63.5  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.458864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2915  hypothetical protein  36.59 
 
 		 85 aa  60.1  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0234113  normal  0.384152 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0270  hypothetical protein  32.95 
 
 		 121 aa  58.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1603  hypothetical protein  36.36 
 
 		 98 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.549542  normal  0.574337 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1577  hypothetical protein  38.03 
 
 		 105 aa  58.2  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.650891  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1634  hypothetical protein  35.56 
 
 		 105 aa  58.5  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3147  putative signal peptide protein  36.49 
 
 		 96 aa  58.2  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311509  hitchhiker  0.000526488 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5578  hypothetical protein  32.88 
 
 		 88 aa  55.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.551337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6260  hypothetical protein  29.59 
 
 		 86 aa  55.5  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.640166  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2353  signal peptide protein  37.88 
 
 		 88 aa  54.7  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.736967  normal  0.448479 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2808  hypothetical protein  42.03 
 
 		 84 aa  54.7  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1490  hypothetical protein  42.03 
 
 		 84 aa  54.7  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.260417 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3287  hypothetical protein  33.82 
 
 		 100 aa  53.9  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.085788 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03471  hypothetical protein  31.52 
 
 		 97 aa  53.9  0.0000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0511  putative signal peptide protein  33.33 
 
 		 89 aa  49.7  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.768838  normal  0.0104186 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0527  putative signal peptide protein  33.33 
 
 		 89 aa  49.7  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4628  hypothetical protein  29.07 
 
 		 88 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.500562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6030  hypothetical protein  31.88 
 
 		 74 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.14614 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6191  hypothetical protein  31.03 
 
 		 91 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1810  hypothetical protein  35.38 
 
 		 99 aa  46.2  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4514  signal peptide protein  28.92 
 
 		 88 aa  45.4  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.606517  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1883  hypothetical protein  27.38 
 
 		 90 aa  44.7  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1210  hypothetical protein  30.16 
 
 		 86 aa  42.7  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0654  hypothetical protein  25.4 
 
 		 105 aa  42.4  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  40 
 
 		 530 aa  42.7  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2249  hypothetical protein  32.05 
 
 		 90 aa  42.7  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1934  hypothetical protein  32.14 
 
 		 85 aa  41.2  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.217137  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3659  hypothetical protein  32.14 
 
 		 85 aa  41.6  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3510  hypothetical protein  33.93 
 
 		 87 aa  40.8  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1895  hypothetical protein  33.9 
 
 		 87 aa  40.4  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.77292  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>