More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2466 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2466  DNA methylase N-4/N-6  100 
 
 
311 aa  641    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.235465 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2305  DNA methylase N-4/N-6  74.51 
 
 
304 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1982  DNA-methyltransferase (DNA-modification methylase) protein  74.44 
 
 
270 aa  427  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0159066 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2136  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  77.92 
 
 
273 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.113526  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1812  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  76.99 
 
 
273 aa  413  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.500335  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4375  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  68.05 
 
 
305 aa  390  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4621  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  70.9 
 
 
283 aa  387  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0315645  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1720  N-6 adenine-specific DNA methylase  64.13 
 
 
282 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3349  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  68.85 
 
 
283 aa  381  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.206831  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6841  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  65.56 
 
 
301 aa  383  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.463976 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1650  N-6 adenine-specific DNA methylase  64.13 
 
 
282 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1859  N-6 adenine-specific DNA methylase  64.13 
 
 
282 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.229539  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0530  DNA modification methylase RsrI  64.13 
 
 
282 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2444  DNA modification methylase RsrI  64.13 
 
 
282 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.462592  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2306  DNA modification methylase RsrI  64.13 
 
 
282 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.436701  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3569  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  68.13 
 
 
283 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.570267  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3854  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  68.85 
 
 
283 aa  381  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0768  DNA methylase  67.59 
 
 
258 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2124  DNA methylase N-4/N-6  68.85 
 
 
283 aa  379  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.775437  normal  0.0115493 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0680  N-6 adenine-specific DNA methylase  67.98 
 
 
259 aa  380  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.846805  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2880  putative modification methylase  69.39 
 
 
301 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.150564  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4408  DNA methylase N-4/N-6  68.13 
 
 
283 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3959  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  68.13 
 
 
283 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135356  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6856  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  33.61 
 
 
313 aa  139  8.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0555121 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4450  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.35 
 
 
283 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3838  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30.77 
 
 
311 aa  132  6.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0941  DNA methylase  29.54 
 
 
309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1471  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.39 
 
 
276 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0828  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.62 
 
 
323 aa  129  6e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.238994 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2398  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.88 
 
 
313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1911  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.65 
 
 
322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3051  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.84 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.766 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3531  putative methyltransferase  29.05 
 
 
283 aa  126  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.158156 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3684  putative methyltransferase  31.47 
 
 
294 aa  126  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220289  normal  0.0704128 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3577  putative methyltransferase  31.47 
 
 
294 aa  126  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00742062  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3747  putative methyltransferase  31.47 
 
 
294 aa  126  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00189132  normal  0.187537 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3650  putative methyltransferase  31.47 
 
 
294 aa  126  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000365024  hitchhiker  0.00241657 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3578  putative methyltransferase  31.47 
 
 
294 aa  126  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177776  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3645  putative methyltransferase  30.04 
 
 
294 aa  125  7e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000318659  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3557  putative methyltransferase  29.66 
 
 
294 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00430538  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0444  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.28 
 
 
294 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00573028  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4579  putative methyltransferase  28.79 
 
 
294 aa  123  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0026019  normal  0.14101 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03120  predicted methyltransferase  28.9 
 
 
294 aa  123  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.753742  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3455  putative methyltransferase  28.9 
 
 
294 aa  123  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000495763  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0444  putative methyltransferase  28.9 
 
 
294 aa  123  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0634628  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03071  hypothetical protein  28.9 
 
 
294 aa  123  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1810  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.41 
 
 
329 aa  122  8e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.729703  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3747  putative methyltransferase  28.9 
 
 
294 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000140856  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2300  DNA methylase N-4/N-6  28.36 
 
 
287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.599897  normal  0.437406 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0203  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.1 
 
 
319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2238  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.24 
 
 
304 aa  112  8.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000832138  hitchhiker  0.0000505476 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2242  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.68 
 
 
329 aa  112  9e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.310751  hitchhiker  0.0000644694 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2193  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.17 
 
 
359 aa  111  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3693  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.67 
 
 
332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00816735  hitchhiker  0.000000112456 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3296  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.06 
 
 
253 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.912166  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3617  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.86 
 
 
296 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0379764  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5892  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.29 
 
 
319 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.720658  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0541  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.21 
 
 
398 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0336098  normal  0.888289 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0318  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  30.29 
 
 
282 aa  108  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3573  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.57 
 
 
306 aa  107  3e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.116756  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1513  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.5 
 
 
286 aa  107  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.634742  normal  0.517324 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1173  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.29 
 
 
389 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3210  DNA methylase N-4/N-6  25.65 
 
 
367 aa  107  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1080  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  29.72 
 
 
305 aa  105  9e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0355  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  28.88 
 
 
289 aa  105  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2855  DNA methylase N-4/N-6  29.63 
 
 
285 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0194641  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0704  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.44 
 
 
379 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3343  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.41 
 
 
369 aa  103  3e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00148167  hitchhiker  0.00000416126 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2231  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.34 
 
 
369 aa  103  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0921492  hitchhiker  0.000652955 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2784  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30 
 
 
282 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0534146  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3157  DNA methylase N-4/N-6  28.79 
 
 
266 aa  103  4e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1826  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32 
 
 
460 aa  103  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.478282 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1626  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.7 
 
 
284 aa  103  5e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1474  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.59 
 
 
368 aa  102  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.180864  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0763  DNA adenine methylase CcrM  29.09 
 
 
372 aa  102  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0649  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.08 
 
 
380 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.909315  normal  0.229003 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1355  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  27.82 
 
 
378 aa  102  1e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0685753  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2518  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30.04 
 
 
464 aa  102  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2942  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.68 
 
 
286 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.361147  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3036  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.68 
 
 
286 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0660763  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0605  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30.42 
 
 
308 aa  100  2e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000183696  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0591  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30.42 
 
 
308 aa  100  2e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000342774  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1434  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  25.96 
 
 
345 aa  100  3e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.927906  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1840  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.5 
 
 
284 aa  100  4e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.291507  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1319  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.24 
 
 
258 aa  100  4e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000125948 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0951  DNA methylase  28.17 
 
 
250 aa  99.4  7e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000000248697  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1084  cell cycle regulated site-specific DNA-methyltransferase protein  25.54 
 
 
377 aa  99  8e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0495  modification methylase BabI  25.28 
 
 
386 aa  99.4  8e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0491  modification methylase BabI  25.28 
 
 
377 aa  99  9e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.598468  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2603  DNA methylase N-4/N-6  26.81 
 
 
376 aa  99  9e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.592749  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1367  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  25.91 
 
 
360 aa  99  1e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0605  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  25.28 
 
 
377 aa  98.6  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.220402  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3225  DNA methylase N-4/N-6  26.81 
 
 
376 aa  98.6  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1962  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  24.14 
 
 
259 aa  98.2  2e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013925  Nmag_4246  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.32 
 
 
419 aa  97.8  2e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4367  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  25.47 
 
 
358 aa  97.8  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.721631 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0413  modification methylase CcrMI  26.67 
 
 
378 aa  98.2  2e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1218  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.45 
 
 
376 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4064  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  28.72 
 
 
281 aa  97.1  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.461209  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0702  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.64 
 
 
367 aa  96.3  6e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0606262  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>