More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1812 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1812  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  100 
 
 
273 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.500335  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2136  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  98.17 
 
 
273 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.113526  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1982  DNA-methyltransferase (DNA-modification methylase) protein  90.48 
 
 
270 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0159066 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2305  DNA methylase N-4/N-6  72.53 
 
 
304 aa  422  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2466  DNA methylase N-4/N-6  75.4 
 
 
311 aa  419  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.235465 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2124  DNA methylase N-4/N-6  71.49 
 
 
283 aa  394  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.775437  normal  0.0115493 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4375  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  70.43 
 
 
305 aa  393  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4621  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  71.08 
 
 
283 aa  392  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0315645  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4408  DNA methylase N-4/N-6  71.08 
 
 
283 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3959  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  71.08 
 
 
283 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135356  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3569  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  71.08 
 
 
283 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.570267  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1720  N-6 adenine-specific DNA methylase  70.56 
 
 
282 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0768  DNA methylase  70.56 
 
 
258 aa  388  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3854  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  70.68 
 
 
283 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0680  N-6 adenine-specific DNA methylase  70.56 
 
 
259 aa  387  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.846805  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3349  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  71.08 
 
 
283 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.206831  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1650  N-6 adenine-specific DNA methylase  70.56 
 
 
282 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1859  N-6 adenine-specific DNA methylase  70.56 
 
 
282 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.229539  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2444  DNA modification methylase RsrI  70.56 
 
 
282 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.462592  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2306  DNA modification methylase RsrI  70.56 
 
 
282 aa  389  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.436701  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0530  DNA modification methylase RsrI  70.56 
 
 
282 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6841  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  70.66 
 
 
301 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.463976 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2880  putative modification methylase  70.12 
 
 
301 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.150564  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4450  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  33.98 
 
 
283 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0203  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.57 
 
 
319 aa  140  3e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3531  putative methyltransferase  34.01 
 
 
283 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.158156 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0828  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.3 
 
 
323 aa  135  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.238994 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1911  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.25 
 
 
322 aa  134  9.999999999999999e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6856  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  36.97 
 
 
313 aa  134  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0555121 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3684  putative methyltransferase  32.93 
 
 
294 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220289  normal  0.0704128 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3578  putative methyltransferase  32.93 
 
 
294 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177776  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3577  putative methyltransferase  32.93 
 
 
294 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00742062  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3747  putative methyltransferase  32.93 
 
 
294 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00189132  normal  0.187537 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3650  putative methyltransferase  32.93 
 
 
294 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000365024  hitchhiker  0.00241657 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3557  putative methyltransferase  32.43 
 
 
294 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00430538  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1471  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  33.46 
 
 
276 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3051  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  32.41 
 
 
305 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.766 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2193  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.12 
 
 
359 aa  129  6e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3645  putative methyltransferase  32.05 
 
 
294 aa  128  8.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000318659  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0941  DNA methylase  30.18 
 
 
309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3455  putative methyltransferase  32.05 
 
 
294 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000495763  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4579  putative methyltransferase  32.05 
 
 
294 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0026019  normal  0.14101 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03120  predicted methyltransferase  32.05 
 
 
294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.753742  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03071  hypothetical protein  32.05 
 
 
294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0444  putative methyltransferase  32.05 
 
 
294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0634628  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0444  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.66 
 
 
294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00573028  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3747  putative methyltransferase  31.66 
 
 
294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000140856  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0541  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.1 
 
 
398 aa  125  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0336098  normal  0.888289 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5892  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.62 
 
 
319 aa  124  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.720658  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0704  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  32.83 
 
 
379 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2238  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.64 
 
 
304 aa  122  8e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000832138  hitchhiker  0.0000505476 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0649  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  32.45 
 
 
380 aa  122  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.909315  normal  0.229003 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3693  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.25 
 
 
332 aa  120  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00816735  hitchhiker  0.000000112456 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0318  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.33 
 
 
282 aa  118  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3573  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.46 
 
 
306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.116756  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2398  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  33.33 
 
 
313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0702  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30.22 
 
 
367 aa  117  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0606262  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1084  cell cycle regulated site-specific DNA-methyltransferase protein  32.46 
 
 
377 aa  116  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0495  modification methylase BabI  31.25 
 
 
386 aa  115  6.9999999999999995e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0491  modification methylase BabI  31.25 
 
 
377 aa  115  7.999999999999999e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.598468  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0605  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.58 
 
 
377 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.220402  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1355  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  28.92 
 
 
378 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0685753  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1474  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.21 
 
 
368 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.180864  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1173  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.04 
 
 
389 aa  113  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3838  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.52 
 
 
311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1810  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.52 
 
 
329 aa  112  6e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.729703  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1962  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.59 
 
 
259 aa  112  6e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0750  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.66 
 
 
395 aa  112  6e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.296291  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4367  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30.65 
 
 
358 aa  112  9e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.721631 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1826  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.5 
 
 
460 aa  112  9e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.478282 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2495  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.81 
 
 
601 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3296  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.56 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.912166  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1840  DNA methylase N-4/N-6  31.03 
 
 
380 aa  110  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0373756  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1319  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.01 
 
 
258 aa  110  3e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000125948 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0024  adenine-specific methyltransferase  28.17 
 
 
368 aa  109  5e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.109862  normal  0.210092 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0763  DNA adenine methylase CcrM  31.6 
 
 
372 aa  108  7.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0413  modification methylase CcrMI  31.43 
 
 
378 aa  108  7.000000000000001e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2242  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.29 
 
 
329 aa  107  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.310751  hitchhiker  0.0000644694 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2649  DNA methylase N-4/N-6  26.32 
 
 
389 aa  107  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0355  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  31.77 
 
 
289 aa  106  3e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1626  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.72 
 
 
284 aa  107  3e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1468  site-specific DNA-methyltransferase  27.82 
 
 
372 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.661815  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0119  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.82 
 
 
372 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.222875  normal  0.070794 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4576  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.21 
 
 
382 aa  106  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0951  DNA methylase  30.28 
 
 
250 aa  106  5e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000000248697  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3617  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.72 
 
 
296 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0379764  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3192  type III restriction-modification system, Mod subunit  27.05 
 
 
751 aa  105  6e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.854684  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3210  DNA methylase N-4/N-6  27.38 
 
 
367 aa  105  6e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2793  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.05 
 
 
751 aa  105  6e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1071  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.62 
 
 
391 aa  105  6e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4366  DNA methylase N-4/N-6  32.11 
 
 
377 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.436205  normal  0.0199247 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0066  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.82 
 
 
372 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.711822  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2300  DNA methylase N-4/N-6  29.25 
 
 
287 aa  104  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.599897  normal  0.437406 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3844  DNA methylase N-4/N-6  33.33 
 
 
276 aa  103  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2101  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.82 
 
 
376 aa  103  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.528087 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2603  DNA methylase N-4/N-6  30.82 
 
 
376 aa  103  4e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.592749  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3186  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  33.74 
 
 
247 aa  102  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0261623  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1218  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.53 
 
 
376 aa  102  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3343  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.37 
 
 
369 aa  102  5e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00148167  hitchhiker  0.00000416126 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0392  DNA methylase N-4/N-6  28.57 
 
 
367 aa  102  7e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.723409 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>