228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3891 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



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Organism name

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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3891  hypothetical protein  100 
 
 
393 aa  818    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1818  lysine 2,3-aminomutase  48.29 
 
 
397 aa  375  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0670  L-lysine 2,3-aminomutase  42.9 
 
 
414 aa  291  1e-77  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.420719 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1916  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.7 
 
 
403 aa  284  2.0000000000000002e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1886  L-lysine 2,3-aminomutase  42.13 
 
 
420 aa  277  2e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.185712 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1315  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  41.8 
 
 
413 aa  277  2e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.603808  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2548  L-lysine 2,3-aminomutase  43.25 
 
 
375 aa  276  4e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1301  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  43.33 
 
 
415 aa  276  4e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.156548  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1643  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  40.68 
 
 
393 aa  275  9e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1402  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  43.06 
 
 
415 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.522319  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1070  L-lysine 2,3-aminomutase  42.94 
 
 
416 aa  273  4.0000000000000004e-72  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.628059 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0988  hypothetical protein  42.12 
 
 
483 aa  273  5.000000000000001e-72  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.709939  normal  0.113697 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2886  L-lysine 2,3-aminomutase  40.62 
 
 
416 aa  266  4e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.623873 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1893  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  43.92 
 
 
454 aa  262  8e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.836798  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0136  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.06 
 
 
396 aa  261  1e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.192198  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1401  hypothetical protein  46.65 
 
 
457 aa  261  2e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.536513  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3041  L-lysine 2,3-aminomutase  40.11 
 
 
527 aa  259  6e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0802  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  46.15 
 
 
437 aa  258  1e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1080  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  40.95 
 
 
436 aa  258  1e-67  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0600  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  41.57 
 
 
427 aa  257  2e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0345  L-lysine 2,3-aminomutase  45.09 
 
 
453 aa  257  3e-67  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000388257  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2408  L-lysine 2,3-aminomutase  39.73 
 
 
473 aa  255  8e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.481514  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2334  L-lysine 2,3-aminomutase  39.73 
 
 
473 aa  255  8e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2325  L-lysine 2,3-aminomutase  39.73 
 
 
473 aa  255  8e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2145  L-lysine 2,3-aminomutase  39.73 
 
 
473 aa  255  8e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2083  lysine 2,3-aminomutase  39.73 
 
 
473 aa  255  8e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2079  lysine 2,3-aminomutase  39.73 
 
 
473 aa  255  8e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.492987  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3042  L-lysine 2,3-aminomutase  39.73 
 
 
473 aa  255  8e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.137592  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2300  L-lysine 2,3-aminomutase  39.73 
 
 
473 aa  255  8e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1768  L-lysine 2,3-aminomutase  39.48 
 
 
412 aa  254  1.0000000000000001e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.303353 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2118  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  39.73 
 
 
472 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.284772  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1576  hypothetical protein  41.21 
 
 
438 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0162039 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1688  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  40 
 
 
472 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.157129  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2281  L-lysine 2,3-aminomutase  39.73 
 
 
473 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0740  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  41.85 
 
 
406 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0192  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  41.94 
 
 
423 aa  253  5.000000000000001e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.863108  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0207  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  41.64 
 
 
422 aa  252  9.000000000000001e-66  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1649  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  44.34 
 
 
437 aa  251  1e-65  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2274  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  38.44 
 
 
407 aa  251  2e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0215  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  44.89 
 
 
437 aa  251  2e-65  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3939  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  45.34 
 
 
419 aa  249  4e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0153502  normal  0.0100362 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2931  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  36.41 
 
 
408 aa  249  5e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000971208  normal  0.769663 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1337  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  38.81 
 
 
413 aa  248  1e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0608146  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0274  L-lysine 2,3-aminomutase  43.87 
 
 
435 aa  247  2e-64  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0696  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.09 
 
 
440 aa  246  4.9999999999999997e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000415374  normal  0.0401463 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0457  L-lysine 2,3-aminomutase  39.35 
 
 
415 aa  245  9.999999999999999e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0632034  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1079  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  44.27 
 
 
440 aa  245  9.999999999999999e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0171  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.02 
 
 
420 aa  243  3.9999999999999997e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0133  L-lysine 2,3-aminomutase  38.46 
 
 
730 aa  243  5e-63  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0189  L-lysine 2,3-aminomutase  42.59 
 
 
454 aa  241  1e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0711  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  39.61 
 
 
460 aa  241  1e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.62516  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1795  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.72 
 
 
433 aa  241  2e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0106  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.72 
 
 
433 aa  239  4e-62  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.928991  normal  0.154212 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1408  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  36.94 
 
 
427 aa  239  4e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0599  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  35.39 
 
 
432 aa  239  5e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2520  hypothetical protein  39.66 
 
 
347 aa  239  6.999999999999999e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.707016  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0221  GNAT family L-lysine 2,3-aminomutase/acetyltransferase  39.88 
 
 
708 aa  239  8e-62  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.893806  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_197  L-lysine 2,3-aminomutase/beta-lysine acetyltransferase, GNAT family  39.58 
 
 
730 aa  238  1e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0666  L-lysine 2,3-aminomutase  42.72 
 
 
433 aa  237  3e-61  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0598217  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_569  lysine 2,3-aminomutase  37.6 
 
 
439 aa  237  3e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0211  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.32 
 
 
437 aa  236  6e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0601  L-lysine 2,3-aminomutase  38.36 
 
 
439 aa  235  8e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1776  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  38.66 
 
 
411 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0350095  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1223  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.72 
 
 
433 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1121  lysine 2,3-aminomutase  35.98 
 
 
422 aa  233  4.0000000000000004e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4485  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  41.1 
 
 
381 aa  232  7.000000000000001e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1821  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  39.72 
 
 
344 aa  231  1e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00597572 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1765  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  41.25 
 
 
346 aa  230  3e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.930699  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0240  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.19 
 
 
437 aa  230  3e-59  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2398  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  39.15 
 
 
344 aa  229  9e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.723604  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0628  radical SAM domain-containing protein  38.08 
 
 
439 aa  228  1e-58  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00861881  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1316  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.12 
 
 
385 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.246389  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1840  L-lysine 2,3-aminomutase  38.92 
 
 
344 aa  228  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000138489  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2148  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  34.93 
 
 
422 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1068  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  37.58 
 
 
419 aa  225  9e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000489798  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0796  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  37.26 
 
 
374 aa  223  4.9999999999999996e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2103  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  42.09 
 
 
341 aa  220  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4018  radical SAM domain-containing protein  44.22 
 
 
360 aa  218  2e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2149  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  39.2 
 
 
347 aa  216  5e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000218503  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1754  L-lysine 2,3-aminomutase  37.43 
 
 
353 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.117521  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1302  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  40.2 
 
 
402 aa  207  3e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.188876  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2547  L-lysine 2,3-aminomutase  39.53 
 
 
402 aa  206  8e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1403  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  39.86 
 
 
402 aa  205  9e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0099  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  36.55 
 
 
365 aa  205  1e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.521426  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1421  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  35.26 
 
 
358 aa  202  6e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.566148 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1641  hypothetical protein  37.82 
 
 
366 aa  202  9e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.700598 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3192  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  38.11 
 
 
353 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6024  L-lysine 2,3-aminomutase  37.38 
 
 
349 aa  198  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2794  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  36.08 
 
 
363 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.102124  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2513  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  34.15 
 
 
358 aa  196  8.000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3908  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  36.09 
 
 
362 aa  196  8.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.935392 
 
 
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NC_007964  Nham_2300  hypothetical protein  38.59 
 
 
366 aa  193  4e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286942  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1499  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  38.12 
 
 
382 aa  193  5e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.73421  normal  0.589587 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0453  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  37.27 
 
 
363 aa  192  6e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.284633 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4126  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  37.62 
 
 
350 aa  192  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.100876  normal  0.401423 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2740  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  36.89 
 
 
347 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.525407 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3003  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  36.04 
 
 
353 aa  191  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.108543  normal 
 
 
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NC_011757  Mchl_3228  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  35.8 
 
 
353 aa  191  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.486913 
 
 
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NC_007778  RPB_2954  hypothetical protein  35.19 
 
 
363 aa  189  9e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.583634  normal 
 
 
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NC_009636  Smed_3476  lysine 2,3-aminomutase YodO family protein  36.25 
 
 
350 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
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