84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0488 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4749  glucuronate isomerase  72.16 
 
 		 469 aa  699    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017804  hitchhiker  0.0078517 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2412  glucuronate isomerase  89.96 
 
 		 468 aa  849    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.632639  normal  0.286148 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2139  glucuronate isomerase  99.57 
 
 		 468 aa  947    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0488  glucuronate isomerase  100 
 
 		 468 aa  950    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4496  glucuronate isomerase  73.29 
 
 		 468 aa  681    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0940  glucuronate isomerase  68.45 
 
 		 471 aa  670    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000809082  hitchhiker  0.00761508 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3892  glucuronate isomerase  76.82 
 
 		 466 aa  747    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.660949  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1272  glucuronate isomerase  62.37 
 
 		 471 aa  629  1e-179  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.277241 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0230  glucuronate isomerase  65.95 
 
 		 492 aa  620  1e-176  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4306  glucuronate isomerase  63.52 
 
 		 463 aa  619  1e-176  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.354407  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0812  glucuronate isomerase  64.73 
 
 		 466 aa  619  1e-176  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3677  glucuronate isomerase  65.59 
 
 		 466 aa  617  1e-175  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.339783  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3523  glucuronate isomerase  65.59 
 
 		 466 aa  617  1e-175  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03860  glucuronate isomerase  64.73 
 
 		 465 aa  608  1e-173  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.089523  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1887  glucuronate isomerase  66.24 
 
 		 466 aa  602  1.0000000000000001e-171  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.40898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1756  glucuronate isomerase  63.52 
 
 		 488 aa  599  1e-170  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3046  glucuronate isomerase  63.33 
 
 		 470 aa  586  1e-166  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0612279 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4353  glucuronate isomerase  57.39 
 
 		 471 aa  546  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00091733 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4023  glucuronate isomerase  57.39 
 
 		 471 aa  543  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.559414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0587  Glucuronate isomerase  57.24 
 
 		 473 aa  526  1e-148  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.237114  normal  0.0376434 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07080  glucuronate isomerase  56.56 
 
 		 475 aa  518  1e-146  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.791965 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2303  Glucuronate isomerase  53.76 
 
 		 478 aa  499  1e-140  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.250652  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3012  Glucuronate isomerase  55.7 
 
 		 483 aa  494  9.999999999999999e-139  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.632042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2650  Glucuronate isomerase  54.08 
 
 		 475 aa  485  1e-136  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3197  glucuronate isomerase  52.27 
 
 		 491 aa  476  1e-133  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.264634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05310  glucuronate isomerase  52.89 
 
 		 492 aa  466  9.999999999999999e-131  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0879  Glucuronate isomerase  49.89 
 
 		 465 aa  448  1.0000000000000001e-124  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.358408 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31050  glucuronate isomerase  48.6 
 
 		 480 aa  441  9.999999999999999e-123  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.804558  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3312  Glucuronate isomerase  49.04 
 
 		 468 aa  418  9.999999999999999e-116  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0386797 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2405  glucuronate isomerase  47 
 
 		 464 aa  415  1e-114  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0100052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0787  glucuronate isomerase  47 
 
 		 474 aa  414  1e-114  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0502  glucuronate isomerase  46 
 
 		 467 aa  404  1e-111  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0158  glucuronate isomerase  29.18 
 
 		 454 aa  204  3e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0415416  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0860  glucuronate isomerase  29.28 
 
 		 451 aa  203  5e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0883  glucuronate isomerase  29.07 
 
 		 451 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0854  glucuronate isomerase  26.19 
 
 		 455 aa  199  1.0000000000000001e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0870  glucuronate isomerase  28.57 
 
 		 455 aa  196  8.000000000000001e-49  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.452476  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1307  Glucuronate isomerase  27.77 
 
 		 466 aa  196  9e-49  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4204  Glucuronate isomerase  28.29 
 
 		 454 aa  186  8e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.828755  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1162  Glucuronate isomerase  27.61 
 
 		 466 aa  184  3e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1742  glucuronate isomerase  26.38 
 
 		 472 aa  182  1e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6832  Glucuronate isomerase  27.45 
 
 		 464 aa  175  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.777644 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1676  Glucuronate isomerase  27.15 
 
 		 485 aa  175  1.9999999999999998e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1600  Glucuronate isomerase  25.36 
 
 		 468 aa  173  5e-42  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4786  Glucuronate isomerase  27.89 
 
 		 477 aa  172  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.349343  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0701  glucuronate isomerase  27.33 
 
 		 466 aa  171  3e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0693  Glucuronate isomerase  26.62 
 
 		 467 aa  171  3e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2743  glucuronate isomerase  25.93 
 
 		 466 aa  169  1e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2037  Glucuronate isomerase  25 
 
 		 468 aa  168  2e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0214  Glucuronate isomerase  26.93 
 
 		 463 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4262  glucuronate isomerase  25.87 
 
 		 467 aa  162  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4124  Glucuronate isomerase  28.08 
 
 		 475 aa  161  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.491998 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1602  glucuronate isomerase  25.59 
 
 		 463 aa  159  7e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5502  Glucuronate isomerase  26.67 
 
 		 477 aa  159  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.80877  hitchhiker  0.00265053 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1402  glucuronate isomerase  24.89 
 
 		 464 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000112502  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3546  glucuronate isomerase  25.54 
 
 		 470 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.465649 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1060  Glucuronate isomerase  26.09 
 
 		 470 aa  155  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.454673 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0131  glucuronate isomerase  25.7 
 
 		 477 aa  155  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.825674 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3383  glucuronate isomerase  26.1 
 
 		 470 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.82847 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3389  glucuronate isomerase  26.1 
 
 		 470 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.391415 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3482  glucuronate isomerase  26.1 
 
 		 470 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.604959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3309  glucuronate isomerase  26.1 
 
 		 470 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.521797  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3319  glucuronate isomerase  26.1 
 
 		 470 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.229884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2780  glucuronate isomerase  25.84 
 
 		 468 aa  152  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.61997  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0529  glucuronate isomerase  26.02 
 
 		 469 aa  151  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3511  glucuronate isomerase  25.99 
 
 		 469 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3385  glucuronate isomerase  26.2 
 
 		 469 aa  147  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.812559  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0746  glucuronate isomerase  25.78 
 
 		 469 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.555961  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4407  glucuronate isomerase  24.89 
 
 		 470 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.50615 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0609  Glucuronate isomerase  24.89 
 
 		 470 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02912  hypothetical protein  24.89 
 
 		 470 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3384  glucuronate isomerase  24.89 
 
 		 470 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.666142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0608  glucuronate isomerase  24.89 
 
 		 470 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3560  glucuronate isomerase  24.89 
 
 		 470 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3275  glucuronate isomerase  24.89 
 
 		 470 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02961  glucuronate isomerase  24.89 
 
 		 470 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3528  glucuronate isomerase  24.68 
 
 		 470 aa  144  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0451  glucuronate isomerase  25.79 
 
 		 473 aa  143  7e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3865  glucuronate isomerase  28.9 
 
 		 465 aa  139  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.159364 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4321  glucuronate isomerase  25.65 
 
 		 470 aa  138  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0554  glucuronate isomerase  26.24 
 
 		 469 aa  137  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1104  glucuronate isomerase  26.24 
 
 		 469 aa  137  4e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00133463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0491  glucuronate isomerase  26.24 
 
 		 469 aa  137  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00170944  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4293  glucuronate isomerase  26.46 
 
 		 472 aa  133  6.999999999999999e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00297725  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>