85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_0860 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009486  Tpet_0860  glucuronate isomerase  100 
 
 
451 aa  936    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0883  glucuronate isomerase  98.22 
 
 
451 aa  925    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0854  glucuronate isomerase  64.3 
 
 
455 aa  617  1e-175  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0158  glucuronate isomerase  59.56 
 
 
454 aa  580  1e-164  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0415416  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4204  Glucuronate isomerase  56.44 
 
 
454 aa  553  1e-156  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.828755  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0870  glucuronate isomerase  51.88 
 
 
455 aa  499  1e-140  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.452476  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1402  glucuronate isomerase  41.43 
 
 
464 aa  332  6e-90  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000112502  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0693  Glucuronate isomerase  36.85 
 
 
467 aa  305  1.0000000000000001e-81  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2780  glucuronate isomerase  38.72 
 
 
468 aa  305  1.0000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.61997  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0131  glucuronate isomerase  37.55 
 
 
477 aa  294  3e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.825674 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2037  Glucuronate isomerase  34.91 
 
 
468 aa  291  1e-77  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1162  Glucuronate isomerase  36.99 
 
 
466 aa  291  1e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4407  glucuronate isomerase  36.64 
 
 
470 aa  291  2e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.50615 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3384  glucuronate isomerase  36.64 
 
 
470 aa  290  3e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.666142  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0608  glucuronate isomerase  36.64 
 
 
470 aa  290  3e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02961  glucuronate isomerase  36.64 
 
 
470 aa  290  3e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3560  glucuronate isomerase  36.64 
 
 
470 aa  290  3e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3275  glucuronate isomerase  36.64 
 
 
470 aa  290  3e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02912  hypothetical protein  36.64 
 
 
470 aa  290  3e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0609  Glucuronate isomerase  36.64 
 
 
470 aa  290  3e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3528  glucuronate isomerase  36.42 
 
 
470 aa  288  9e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3546  glucuronate isomerase  36.05 
 
 
470 aa  285  1.0000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.465649 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6832  Glucuronate isomerase  35.34 
 
 
464 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.777644 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3385  glucuronate isomerase  36.64 
 
 
469 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.812559  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0529  glucuronate isomerase  36.21 
 
 
469 aa  282  9e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0746  glucuronate isomerase  35.99 
 
 
469 aa  281  2e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.555961  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3865  glucuronate isomerase  36.38 
 
 
465 aa  281  2e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.159364 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1676  Glucuronate isomerase  34.42 
 
 
485 aa  281  2e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2743  glucuronate isomerase  35.28 
 
 
466 aa  281  2e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4262  glucuronate isomerase  34.7 
 
 
467 aa  280  3e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5502  Glucuronate isomerase  35.7 
 
 
477 aa  280  3e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.80877  hitchhiker  0.00265053 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4321  glucuronate isomerase  35.13 
 
 
470 aa  280  5e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1742  glucuronate isomerase  34.71 
 
 
472 aa  278  2e-73  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3511  glucuronate isomerase  36.05 
 
 
469 aa  277  3e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4293  glucuronate isomerase  36.32 
 
 
472 aa  276  6e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00297725  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1602  glucuronate isomerase  35.56 
 
 
463 aa  275  8e-73  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1104  glucuronate isomerase  34.48 
 
 
469 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00133463  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0554  glucuronate isomerase  34.48 
 
 
469 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0491  glucuronate isomerase  34.48 
 
 
469 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00170944  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0214  Glucuronate isomerase  35.01 
 
 
463 aa  275  2.0000000000000002e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4786  Glucuronate isomerase  35.41 
 
 
477 aa  272  1e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.349343  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1600  Glucuronate isomerase  33.41 
 
 
468 aa  271  2e-71  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1307  Glucuronate isomerase  34.2 
 
 
466 aa  269  8.999999999999999e-71  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1060  Glucuronate isomerase  32.83 
 
 
470 aa  268  1e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.454673 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4124  Glucuronate isomerase  34.41 
 
 
475 aa  266  7e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.491998 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3383  glucuronate isomerase  33.62 
 
 
470 aa  266  7e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.82847 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3482  glucuronate isomerase  33.62 
 
 
470 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.604959  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3319  glucuronate isomerase  33.62 
 
 
470 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.229884  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3309  glucuronate isomerase  33.62 
 
 
470 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.521797  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3389  glucuronate isomerase  33.62 
 
 
470 aa  265  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.391415 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0701  glucuronate isomerase  33.98 
 
 
466 aa  260  3e-68  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07080  glucuronate isomerase  32.75 
 
 
475 aa  244  1.9999999999999999e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.791965 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0587  Glucuronate isomerase  31.48 
 
 
473 aa  243  6e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.237114  normal  0.0376434 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0451  glucuronate isomerase  31.43 
 
 
473 aa  220  3.9999999999999997e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0940  glucuronate isomerase  30.34 
 
 
471 aa  217  2.9999999999999998e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000809082  hitchhiker  0.00761508 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0502  glucuronate isomerase  29.78 
 
 
467 aa  214  1.9999999999999998e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0787  glucuronate isomerase  27.63 
 
 
474 aa  214  2.9999999999999995e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2303  Glucuronate isomerase  28.64 
 
 
478 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.250652  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4306  glucuronate isomerase  30.02 
 
 
463 aa  213  5.999999999999999e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.354407  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31050  glucuronate isomerase  28.14 
 
 
480 aa  207  2e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.804558  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0488  glucuronate isomerase  29.28 
 
 
468 aa  205  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2139  glucuronate isomerase  29.28 
 
 
468 aa  204  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1272  glucuronate isomerase  28.64 
 
 
471 aa  204  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.277241 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1756  glucuronate isomerase  28.95 
 
 
488 aa  202  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0879  Glucuronate isomerase  28.38 
 
 
465 aa  202  9.999999999999999e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.358408 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3197  glucuronate isomerase  28.12 
 
 
491 aa  198  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.264634  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05310  glucuronate isomerase  29.32 
 
 
492 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0230  glucuronate isomerase  27.89 
 
 
492 aa  196  6e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4023  glucuronate isomerase  26.77 
 
 
471 aa  194  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.559414  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3892  glucuronate isomerase  27.62 
 
 
466 aa  193  5e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.660949  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1887  glucuronate isomerase  28.99 
 
 
466 aa  192  8e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.40898  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4353  glucuronate isomerase  26.55 
 
 
471 aa  192  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00091733 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3012  Glucuronate isomerase  28.6 
 
 
483 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.632042  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2405  glucuronate isomerase  27.59 
 
 
464 aa  191  2.9999999999999997e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0100052  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2412  glucuronate isomerase  28.64 
 
 
468 aa  189  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.632639  normal  0.286148 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4749  glucuronate isomerase  28.29 
 
 
469 aa  188  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017804  hitchhiker  0.0078517 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3312  Glucuronate isomerase  27.8 
 
 
468 aa  187  4e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0386797 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3523  glucuronate isomerase  27.25 
 
 
466 aa  183  6e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3677  glucuronate isomerase  27.25 
 
 
466 aa  183  6e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.339783  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03860  glucuronate isomerase  26.79 
 
 
465 aa  181  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.089523  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3046  glucuronate isomerase  27.23 
 
 
470 aa  179  7e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0612279 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2650  Glucuronate isomerase  25.61 
 
 
475 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4496  glucuronate isomerase  27.06 
 
 
468 aa  171  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0812  glucuronate isomerase  27.68 
 
 
466 aa  169  8e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2160  amidohydrolase 2  23.28 
 
 
431 aa  60.5  0.00000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00531061  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>