84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5502 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_4786  Glucuronate isomerase  67.58 
 
 
477 aa  704    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.349343  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4124  Glucuronate isomerase  66.17 
 
 
475 aa  656    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.491998 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5502  Glucuronate isomerase  100 
 
 
477 aa  1001    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.80877  hitchhiker  0.00265053 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1162  Glucuronate isomerase  68.67 
 
 
466 aa  692    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1060  Glucuronate isomerase  62.85 
 
 
470 aa  634  1e-180  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.454673 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4262  glucuronate isomerase  59.83 
 
 
467 aa  602  1.0000000000000001e-171  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6832  Glucuronate isomerase  58.37 
 
 
464 aa  578  1e-164  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.777644 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4293  glucuronate isomerase  54.74 
 
 
472 aa  543  1e-153  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00297725  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4321  glucuronate isomerase  54.94 
 
 
470 aa  521  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3511  glucuronate isomerase  53.86 
 
 
469 aa  515  1.0000000000000001e-145  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02912  hypothetical protein  53.22 
 
 
470 aa  514  1e-144  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1402  glucuronate isomerase  51.39 
 
 
464 aa  512  1e-144  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000112502  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4407  glucuronate isomerase  53 
 
 
470 aa  511  1e-144  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.50615 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3528  glucuronate isomerase  53 
 
 
470 aa  513  1e-144  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3384  glucuronate isomerase  53.22 
 
 
470 aa  514  1e-144  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.666142  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0608  glucuronate isomerase  53.22 
 
 
470 aa  514  1e-144  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3560  glucuronate isomerase  53.22 
 
 
470 aa  514  1e-144  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3275  glucuronate isomerase  53.22 
 
 
470 aa  514  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0609  Glucuronate isomerase  53.22 
 
 
470 aa  514  1e-144  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02961  glucuronate isomerase  53.22 
 
 
470 aa  514  1e-144  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0554  glucuronate isomerase  53 
 
 
469 aa  509  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0491  glucuronate isomerase  53 
 
 
469 aa  509  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00170944  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1104  glucuronate isomerase  53 
 
 
469 aa  509  1e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00133463  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2743  glucuronate isomerase  50.75 
 
 
466 aa  510  1e-143  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3385  glucuronate isomerase  52.25 
 
 
469 aa  506  9.999999999999999e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.812559  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3389  glucuronate isomerase  53.72 
 
 
470 aa  507  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.391415 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3383  glucuronate isomerase  53.72 
 
 
470 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.82847 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3319  glucuronate isomerase  53.72 
 
 
470 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.229884  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3309  glucuronate isomerase  53.72 
 
 
470 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.521797  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3482  glucuronate isomerase  53.72 
 
 
470 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.604959  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0529  glucuronate isomerase  52.58 
 
 
469 aa  507  9.999999999999999e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0746  glucuronate isomerase  52.36 
 
 
469 aa  507  9.999999999999999e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.555961  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3546  glucuronate isomerase  52.79 
 
 
470 aa  508  9.999999999999999e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.465649 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0693  Glucuronate isomerase  50.54 
 
 
467 aa  501  1e-140  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0131  glucuronate isomerase  51.71 
 
 
477 aa  495  1e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.825674 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2780  glucuronate isomerase  52.03 
 
 
468 aa  492  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.61997  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1602  glucuronate isomerase  51.4 
 
 
463 aa  469  1.0000000000000001e-131  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2037  Glucuronate isomerase  45.32 
 
 
468 aa  452  1.0000000000000001e-126  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1600  Glucuronate isomerase  45.14 
 
 
468 aa  436  1e-121  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1676  Glucuronate isomerase  43.1 
 
 
485 aa  429  1e-119  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3865  glucuronate isomerase  44.85 
 
 
465 aa  419  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.159364 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1307  Glucuronate isomerase  41.9 
 
 
466 aa  400  9.999999999999999e-111  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0214  Glucuronate isomerase  43.13 
 
 
463 aa  392  1e-108  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1742  glucuronate isomerase  41.08 
 
 
472 aa  385  1e-105  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0451  glucuronate isomerase  42.07 
 
 
473 aa  379  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0701  glucuronate isomerase  41.08 
 
 
466 aa  360  4e-98  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0860  glucuronate isomerase  35.7 
 
 
451 aa  272  1e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0883  glucuronate isomerase  34.99 
 
 
451 aa  271  2e-71  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0854  glucuronate isomerase  34.34 
 
 
455 aa  268  2e-70  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0158  glucuronate isomerase  33.94 
 
 
454 aa  261  1e-68  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0415416  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4204  Glucuronate isomerase  32.88 
 
 
454 aa  255  1.0000000000000001e-66  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.828755  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0870  glucuronate isomerase  30.63 
 
 
455 aa  235  2.0000000000000002e-60  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.452476  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1272  glucuronate isomerase  30.68 
 
 
471 aa  186  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.277241 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0940  glucuronate isomerase  27.86 
 
 
471 aa  177  3e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000809082  hitchhiker  0.00761508 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1756  glucuronate isomerase  27.46 
 
 
488 aa  175  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3892  glucuronate isomerase  27.25 
 
 
466 aa  171  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.660949  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3677  glucuronate isomerase  28.88 
 
 
466 aa  170  6e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.339783  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3523  glucuronate isomerase  28.88 
 
 
466 aa  170  6e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0812  glucuronate isomerase  28.17 
 
 
466 aa  167  4e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1887  glucuronate isomerase  30.43 
 
 
466 aa  167  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.40898  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07080  glucuronate isomerase  27.54 
 
 
475 aa  164  4.0000000000000004e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.791965 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3046  glucuronate isomerase  29.13 
 
 
470 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0612279 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4749  glucuronate isomerase  26.24 
 
 
469 aa  160  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017804  hitchhiker  0.0078517 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2650  Glucuronate isomerase  27.16 
 
 
475 aa  160  6e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3197  glucuronate isomerase  26.8 
 
 
491 aa  158  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.264634  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0787  glucuronate isomerase  26.17 
 
 
474 aa  158  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03860  glucuronate isomerase  26.88 
 
 
465 aa  157  5.0000000000000005e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.089523  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4306  glucuronate isomerase  26.67 
 
 
463 aa  157  5.0000000000000005e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.354407  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0230  glucuronate isomerase  25.93 
 
 
492 aa  156  8e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0879  Glucuronate isomerase  26.68 
 
 
465 aa  156  9e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.358408 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0587  Glucuronate isomerase  25.33 
 
 
473 aa  155  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.237114  normal  0.0376434 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3312  Glucuronate isomerase  27.62 
 
 
468 aa  152  1e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0386797 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0488  glucuronate isomerase  26.67 
 
 
468 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2139  glucuronate isomerase  26.67 
 
 
468 aa  150  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2303  Glucuronate isomerase  26.9 
 
 
478 aa  150  7e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.250652  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4496  glucuronate isomerase  26.04 
 
 
468 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4353  glucuronate isomerase  24.95 
 
 
471 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00091733 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2412  glucuronate isomerase  25.93 
 
 
468 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.632639  normal  0.286148 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31050  glucuronate isomerase  26.1 
 
 
480 aa  146  1e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.804558  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0502  glucuronate isomerase  25.87 
 
 
467 aa  145  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05310  glucuronate isomerase  25 
 
 
492 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4023  glucuronate isomerase  24.68 
 
 
471 aa  141  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.559414  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2405  glucuronate isomerase  28.3 
 
 
464 aa  140  7e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0100052  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3012  Glucuronate isomerase  25.38 
 
 
483 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.632042  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>