84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3892 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2412  glucuronate isomerase  77.25 
 
 		 468 aa  733    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.632639  normal  0.286148 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0488  glucuronate isomerase  76.82 
 
 		 468 aa  735    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3892  glucuronate isomerase  100 
 
 		 466 aa  955    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.660949  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0940  glucuronate isomerase  66.09 
 
 		 471 aa  647    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000809082  hitchhiker  0.00761508 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1272  glucuronate isomerase  64.52 
 
 		 471 aa  642    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.277241 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4496  glucuronate isomerase  70.6 
 
 		 468 aa  663    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2139  glucuronate isomerase  77.25 
 
 		 468 aa  738    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4749  glucuronate isomerase  69.96 
 
 		 469 aa  691    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017804  hitchhiker  0.0078517 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3677  glucuronate isomerase  66.45 
 
 		 466 aa  633  1e-180  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.339783  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3523  glucuronate isomerase  66.45 
 
 		 466 aa  633  1e-180  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03860  glucuronate isomerase  64.52 
 
 		 465 aa  618  1e-176  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.089523  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0230  glucuronate isomerase  64.38 
 
 		 492 aa  612  9.999999999999999e-175  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0812  glucuronate isomerase  63.23 
 
 		 466 aa  606  9.999999999999999e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3046  glucuronate isomerase  66.1 
 
 		 470 aa  605  9.999999999999999e-173  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0612279 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4306  glucuronate isomerase  61.88 
 
 		 463 aa  600  1e-170  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.354407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1887  glucuronate isomerase  63.87 
 
 		 466 aa  589  1e-167  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.40898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1756  glucuronate isomerase  62.23 
 
 		 488 aa  588  1e-167  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4023  glucuronate isomerase  56.13 
 
 		 471 aa  536  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.559414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4353  glucuronate isomerase  55.05 
 
 		 471 aa  529  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00091733 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07080  glucuronate isomerase  54.41 
 
 		 475 aa  513  1e-144  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.791965 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0587  Glucuronate isomerase  52.39 
 
 		 473 aa  489  1e-137  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.237114  normal  0.0376434 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2303  Glucuronate isomerase  52.69 
 
 		 478 aa  488  1e-137  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.250652  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2650  Glucuronate isomerase  53.22 
 
 		 475 aa  484  1e-135  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3012  Glucuronate isomerase  54 
 
 		 483 aa  483  1e-135  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.632042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3197  glucuronate isomerase  50.54 
 
 		 491 aa  475  1e-133  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.264634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05310  glucuronate isomerase  53.1 
 
 		 492 aa  477  1e-133  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31050  glucuronate isomerase  47.53 
 
 		 480 aa  442  1e-123  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.804558  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0879  Glucuronate isomerase  47.32 
 
 		 465 aa  426  1e-118  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.358408 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0787  glucuronate isomerase  47.11 
 
 		 474 aa  426  1e-118  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0502  glucuronate isomerase  45.81 
 
 		 467 aa  412  1e-114  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2405  glucuronate isomerase  47.55 
 
 		 464 aa  411  1e-113  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0100052  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3312  Glucuronate isomerase  47.32 
 
 		 468 aa  411  1e-113  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0386797 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0158  glucuronate isomerase  28.22 
 
 		 454 aa  201  3e-50  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0415416  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0870  glucuronate isomerase  27.56 
 
 		 455 aa  194  3e-48  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.452476  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0854  glucuronate isomerase  26.22 
 
 		 455 aa  190  4e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4204  Glucuronate isomerase  27.84 
 
 		 454 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.828755  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0860  glucuronate isomerase  27.62 
 
 		 451 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0883  glucuronate isomerase  27.39 
 
 		 451 aa  182  1e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1162  Glucuronate isomerase  27.04 
 
 		 466 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1307  Glucuronate isomerase  24.95 
 
 		 466 aa  180  4.999999999999999e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6832  Glucuronate isomerase  25.49 
 
 		 464 aa  177  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.777644 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4262  glucuronate isomerase  26.52 
 
 		 467 aa  176  6e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1676  Glucuronate isomerase  26.39 
 
 		 485 aa  175  1.9999999999999998e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3309  glucuronate isomerase  27.8 
 
 		 470 aa  174  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.521797  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3482  glucuronate isomerase  27.8 
 
 		 470 aa  174  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.604959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3319  glucuronate isomerase  27.8 
 
 		 470 aa  174  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.229884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4786  Glucuronate isomerase  26.3 
 
 		 477 aa  174  3.9999999999999995e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.349343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3389  glucuronate isomerase  27.8 
 
 		 470 aa  173  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.391415 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3383  glucuronate isomerase  27.8 
 
 		 470 aa  173  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.82847 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2743  glucuronate isomerase  26.36 
 
 		 466 aa  173  6.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5502  Glucuronate isomerase  27.25 
 
 		 477 aa  171  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.80877  hitchhiker  0.00265053 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4124  Glucuronate isomerase  30.09 
 
 		 475 aa  170  6e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.491998 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0131  glucuronate isomerase  27.29 
 
 		 477 aa  169  7e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.825674 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2780  glucuronate isomerase  27.56 
 
 		 468 aa  169  9e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.61997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1602  glucuronate isomerase  25.97 
 
 		 463 aa  169  9e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1600  Glucuronate isomerase  24.63 
 
 		 468 aa  169  1e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0214  Glucuronate isomerase  27.17 
 
 		 463 aa  168  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2037  Glucuronate isomerase  25 
 
 		 468 aa  167  4e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1742  glucuronate isomerase  26.35 
 
 		 472 aa  167  5e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0701  glucuronate isomerase  26.25 
 
 		 466 aa  164  3e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4321  glucuronate isomerase  26.35 
 
 		 470 aa  159  9e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1402  glucuronate isomerase  25.71 
 
 		 464 aa  159  1e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000112502  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0693  Glucuronate isomerase  25.55 
 
 		 467 aa  154  4e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3865  glucuronate isomerase  29.6 
 
 		 465 aa  149  8e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.159364 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1060  Glucuronate isomerase  26.02 
 
 		 470 aa  149  9e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.454673 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0451  glucuronate isomerase  25.22 
 
 		 473 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1104  glucuronate isomerase  25.51 
 
 		 469 aa  140  4.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00133463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0554  glucuronate isomerase  25.51 
 
 		 469 aa  140  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0491  glucuronate isomerase  25.51 
 
 		 469 aa  140  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00170944  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3546  glucuronate isomerase  24.62 
 
 		 470 aa  139  7.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.465649 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4293  glucuronate isomerase  26.09 
 
 		 472 aa  137  4e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00297725  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0529  glucuronate isomerase  25.27 
 
 		 469 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0609  Glucuronate isomerase  25 
 
 		 470 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02912  hypothetical protein  25 
 
 		 470 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4407  glucuronate isomerase  25 
 
 		 470 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.50615 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3384  glucuronate isomerase  25 
 
 		 470 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.666142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0608  glucuronate isomerase  25 
 
 		 470 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3560  glucuronate isomerase  25 
 
 		 470 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3275  glucuronate isomerase  25 
 
 		 470 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02961  glucuronate isomerase  25 
 
 		 470 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3385  glucuronate isomerase  25.6 
 
 		 469 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.812559  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3528  glucuronate isomerase  24.77 
 
 		 470 aa  133  6e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0746  glucuronate isomerase  26.12 
 
 		 469 aa  133  6.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.555961  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3511  glucuronate isomerase  25.69 
 
 		 469 aa  130  7.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>