37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0073 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0073  peptidoglycan binding domain-containing protein  100 
 
 		 384 aa  782    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00557733 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0679  peptidoglycan binding domain-containing protein  85.67 
 
 		 318 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0813  hypothetical protein  73.41 
 
 		 347 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.780692  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0632  hypothetical protein  76.62 
 
 		 339 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7330  hypothetical protein  68.9 
 
 		 372 aa  477  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0296  hypothetical protein  32.22 
 
 		 333 aa  167  2.9999999999999998e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0456  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.25 
 
 		 331 aa  117  3.9999999999999997e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.954935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2064  hypothetical protein  38.68 
 
 		 182 aa  70.1  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3233  hypothetical protein  30.58 
 
 		 146 aa  67.8  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3701  protein of unknown function DUF1036  31.78 
 
 		 143 aa  65.5  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0176708 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3981  hypothetical protein  29.1 
 
 		 197 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.316948  normal  0.424983 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2881  hypothetical protein  28.79 
 
 		 128 aa  60.5  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.940085 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6868  hypothetical protein  29.46 
 
 		 195 aa  58.9  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.564815  normal  0.0261857 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0127  hypothetical protein  33.04 
 
 		 160 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.90722  normal  0.376398 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4672  protein of unknown function DUF1036  30.63 
 
 		 194 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1424  hypothetical protein  29.73 
 
 		 197 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0987  hypothetical protein  26.39 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.762572 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2973  protein of unknown function DUF1036  29.82 
 
 		 151 aa  56.6  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.914552 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2746  hypothetical protein  29.82 
 
 		 180 aa  56.6  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.306874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5963  protein of unknown function DUF1036  33.98 
 
 		 151 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2868  protein of unknown function DUF1036  31.13 
 
 		 163 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5206  hypothetical protein  33.01 
 
 		 116 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.224545  normal  0.192345 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2552  penicillin-binding protein 1C  58.93 
 
 		 750 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0465357  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1749  hypothetical protein  28.04 
 
 		 153 aa  54.7  0.000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1689  hypothetical protein  28.04 
 
 		 153 aa  54.7  0.000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.760794  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1403  hypothetical protein  30.1 
 
 		 196 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.661083  normal  0.675418 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1219  hypothetical protein  27.68 
 
 		 194 aa  53.9  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.530921  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1164  hypothetical protein  25.89 
 
 		 153 aa  51.2  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3255  hypothetical protein  25.64 
 
 		 158 aa  48.1  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3691  hypothetical protein  23.64 
 
 		 204 aa  47.8  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296318  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3290  protein of unknown function DUF1036  27.27 
 
 		 157 aa  47.8  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.772364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2677  hypothetical protein  24.65 
 
 		 145 aa  47.8  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.355095  normal  0.206179 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4725  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  37.88 
 
 		 433 aa  47  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1587  integral membrane protein-like  30.09 
 
 		 146 aa  46.6  0.0008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.378927 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3591  protein of unknown function DUF1036  26.36 
 
 		 157 aa  46.2  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.98491  normal  0.146301 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1886  integral membrane protein-like  28.44 
 
 		 357 aa  45.8  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1812  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.22 
 
 		 77 aa  44.3  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00132339  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>