86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0009 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_R0009  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.488573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0034  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0012  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.12218 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0004  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0027  tRNA-Glu  95.38 
 
 		 75 bp  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.251037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0070  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.251867  normal  0.130321 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0022  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0002  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.0346433 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0030  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.437879  normal  0.359781 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0023  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.707978  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0094  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115481  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0084  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0007  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.231176 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0013  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000540614 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0046    90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0515683 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA34  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0048  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0006  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0015  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0021  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.228053  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0015  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0051  tRNA-Glu  90.14 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00242751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0053  tRNA-Glu  91.3 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  90.14 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0006  tRNA-Glu  94.55 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.439898 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0011  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000477421 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t24  tRNA-Glu  92.45 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0564834  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1672  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0745  tRNA-Glu  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.105433  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0017  tRNA-Glu  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0050  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190647  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t34  tRNA-Glu  92.45 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0907157  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1242  tRNA-Glu  92.45 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0541834  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1600  tRNA-Glu  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t25  tRNA-Glu  92.45 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0571109  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0024  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.574829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0009  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206573  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna18  tRNA-Glu  87.32 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.462134  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2134  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00397523  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7638  hypothetical protein  91.84 
 
 		 1107 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0015  tRNA-Glu  86.11 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812602 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0060  tRNA-Glu  90.38 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000173097  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0059  tRNA-Glu  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000156586  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2209  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.35059  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0046  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1490  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.990539  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1710  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.48567  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0031  tRNA-Glu  97.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0217674  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0052  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.662201 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0055  tRNA-Glu  92.16 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0020  tRNA-Glu  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00671129  hitchhiker  0.00000169389 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0018  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.141914 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0044  tRNA-Glu  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000299707  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  90.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0021  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1585  tRNA-Glu  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.158615  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0033  tRNA-Glu  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.150537  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0032  tRNA-Glu  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.519477  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0043  tRNA-Glu  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0132709  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0051  tRNA-Glu  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.41574 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0182  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0026  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0391108  normal  0.06286 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA19  tRNA-Glu  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.393669 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0024  tRNA-Glu  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0066  tRNA-Glu  90.2 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000193579  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0034  tRNA-Glu  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.180899  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0039  tRNA-Glu  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0038  tRNA-Glu  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.167276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0041  tRNA-Glu  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.533217 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0040  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0029  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  hitchhiker  0.000705455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0030  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0242042  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0004  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0032  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00151707  hitchhiker  0.000680514 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0042  tRNA-Glu  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0336501  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0050  tRNA-Glu  83.33 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0009  tRNA-Val  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0031    82.67 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.305428  normal  0.270323 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0014  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.372263 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0028  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0045  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0700385  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0025  tRNA-Glu  82.86 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.616902  normal  0.901645 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0011  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0605  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0025  tRNA-Glu  87.04 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0472989  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>