210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_R0043 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_R0043  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0132709  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0051  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.41574 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0042  tRNA-Glu  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0336501  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0046    93.85 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0515683 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0007  tRNA-Glu  93.85 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.231176 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0013  tRNA-Glu  93.85 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000540614 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0048  tRNA-Glu  93.85 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0006  tRNA-Glu  93.85 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA34  tRNA-Glu  93.85 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0006  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.439898 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0052  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.662201 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0017  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0883282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0011  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000477421 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0029  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  hitchhiker  0.000705455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0030  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0242042  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0032  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00151707  hitchhiker  0.000680514 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0008  tRNA-Glu  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.512014  normal  0.270627 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0031  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0217674  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0055  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t24  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0564834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t25  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0571109  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t34  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0907157  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tGlu01  tRNA-Glu  89.83 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tGlu02  tRNA-Glu  89.83 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.939054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0027  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.251037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1672  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1242  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0541834  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1600  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0017  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0050  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190647  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0034  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0024  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.574829  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08470  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.498792  normal  0.256883 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0051  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00242751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0018  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.141914 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0009  tRNA-Glu  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206573  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0017  tRNA-Glu  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2134  tRNA-Glu  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00397523  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0020  tRNA-Glu  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00671129  hitchhiker  0.00000169389 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0021  tRNA-Glu  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.228053  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0064  tRNA-Glu  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0073  tRNA-Glu  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0122023  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0097  tRNA-Glu  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000640462  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0099  tRNA-Glu  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000545128  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0012  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.12218 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0015  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0015  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1796  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0004  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0391  tRNA-Glu  86.96 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0009  tRNA-Glu  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.488573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0060  tRNA-Glu  89.8 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000173097  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0059  tRNA-Glu  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000156586  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0070  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.251867  normal  0.130321 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0052  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.822673  hitchhiker  0.00818343 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11080  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0051  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.63793  hitchhiker  0.00823145 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0014  tRNA-Glu  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.372263 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0002  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.0346433 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0022  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0030  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.437879  normal  0.359781 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Glu-3  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5649  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000000534541  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5658  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540002  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5673  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000836354  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5665  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000888654  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0271  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.990539  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0190  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000533026  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Glu-7  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000000178514  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000814932  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0169  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0185201 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Glu-3  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00786644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Glu-4  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000632296  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5146  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000335132  normal  0.576058 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0045  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000502563  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0526  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.33331e-28 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5051  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000192208  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000147192  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Glu-3  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240396  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0602  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101894  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Glu-3  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000044884  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Glu-4  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000436983  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0293  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000258541  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0030  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.2294100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0032  tRNA-Glu  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.292542  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0082  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000179786  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2209  tRNA-Glu  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.35059  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0605  tRNA-Glu  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.221994  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0745  tRNA-Glu  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.105433  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1710  tRNA-Glu  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.48567  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0001  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0190537  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0018  tRNA-Glu  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.800845  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0076  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000555984  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0001  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5652  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000748883  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4775  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000223531  hitchhiker  0.00000000000000424318 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0035  tRNA-Glu  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000414108  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>