298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_R0034 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_R0034  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0004  tRNA-Glu  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0012  tRNA-Glu  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.12218 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0002  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.0346433 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0070  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.251867  normal  0.130321 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0022  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0030  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.437879  normal  0.359781 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0094  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115481  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0023  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.707978  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0084  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0011  tRNA-Glu  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000477421 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0009  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 75 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.488573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0053  tRNA-Glu  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0052  tRNA-Glu  93.94 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.662201 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0006  tRNA-Glu  93.94 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.439898 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0027  tRNA-Glu  95.45 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.251037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0050  tRNA-Glu  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190647  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0024  tRNA-Glu  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.574829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0006  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0046    90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0515683 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA34  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0007  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.231176 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0013  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000540614 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0048  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t34  tRNA-Glu  94.83 
 
 		 72 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0907157  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0017  tRNA-Glu  94.83 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0025  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0472989  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1600  tRNA-Glu  94.83 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7638  hypothetical protein  95.92 
 
 		 1107 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0015  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0055  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0009  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206573  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0021  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0015  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0021  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.228053  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0051  tRNA-Glu  90.28 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00242751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0066  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000193579  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0030  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0242042  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0029  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  hitchhiker  0.000705455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0032  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00151707  hitchhiker  0.000680514 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0020  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00671129  hitchhiker  0.00000169389 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0059  tRNA-Glu  95.35 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000156586  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0060  tRNA-Glu  95.35 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000173097  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00064  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0611511  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00073  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.101192  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0028  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000151808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0089  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0392203  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0112  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000205577  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4416  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000380054  hitchhiker  0.00248894 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4512  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00641389  normal  0.576073 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2873  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.174339  normal  0.2866 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4721  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00309501  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t24  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0564834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t25  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0571109  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0112  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.010822  hitchhiker  0.00272786 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3056  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0721496  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4458  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0692997  hitchhiker  0.00363105 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4223  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0747628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3699  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0040697  normal  0.0437365 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4102  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.116386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3762  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00180196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4423  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000172052  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3593  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4502  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00140691  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4707  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000513292  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4686  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0982037  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0104  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.597387  normal  0.0687014 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0043  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0132709  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5193  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00411185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2744  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0202899  normal  0.795242 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4327  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000475323  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0051  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.41574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2874  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0252842  normal  0.403763 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2769  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00441704  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4389  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal  0.7898 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2853  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0537203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4117  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0976755  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4282  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0611024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2987  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00372041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3591  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000586916  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4510  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0115463  normal  0.0174598 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0087  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00145961  normal  0.0492727 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5055  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0897941  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0067  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000550936  normal  0.0102746 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4911  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00060997  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4586  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000616309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5097  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000188223  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5082  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0023409  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0129  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00335623  normal  0.0126805 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0032  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000829453  hitchhiker  0.0000151548 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4233  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000331616  normal  0.0574538 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4125  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00109058  normal  0.113801 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0107  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0341166  normal  0.0810814 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0745  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.105433  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3665  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0302552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4716  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000625265  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4465  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000990931  hitchhiker  0.00000000000884096 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4173  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00665107  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>