299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0032 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_R0032  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00151707  hitchhiker  0.000680514 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0030  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0242042  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0029  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  hitchhiker  0.000705455 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  97.22 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0053  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t24  tRNA-Glu  95.83 
 
 		 72 bp  111  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0564834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t25  tRNA-Glu  95.83 
 
 		 72 bp  111  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0571109  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1242  tRNA-Glu  95.83 
 
 		 75 bp  111  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0541834  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  95.45 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0055  tRNA-Glu  95.45 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0031  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0217674  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0050  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190647  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0011  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000477421 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0024  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.574829  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34010  tRNA-Glu  93.94 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284833  normal  0.536737 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0745  tRNA-Glu  93.06 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.105433  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0059  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.872199  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0010  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11080  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0070  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.251867  normal  0.130321 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0052  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.822673  hitchhiker  0.00818343 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0022  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0051  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.63793  hitchhiker  0.00823145 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0061  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.180901  normal  0.112494 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0015  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.652261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0072  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.514054 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0030  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.437879  normal  0.359781 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0002  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.0346433 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0053  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.526279 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0052  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0052  tRNA-Glu  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t34  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0907157  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0048  tRNA-Glu  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.849322 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1600  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0017  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0056  tRNA-Glu  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0056  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116328  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0023  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.707978  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0058  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.069455  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0077  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0042  tRNA-Glu  94.83 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0336501  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0391  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0094  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115481  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0052  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.662201 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0055  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37130  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.179999  normal  0.0419324 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0046  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0006  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.766786  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0015  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0006  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.439898 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0084  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0005  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00334016 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0060  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0043  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0981603  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0062  tRNA-Glu  90.62 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.216976  normal  0.206697 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0033  tRNA-Glu  90.28 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.150537  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0060  tRNA-Glu  90.62 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.790027  normal  0.68606 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0032  tRNA-Glu  90.28 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.519477  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0062  tRNA-Glu  90.62 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.427189  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01850  tRNA-Glu  90.48 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0007  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.866877  hitchhiker  0.000537745 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0002  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.509318 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0043  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0132709  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0107  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000800157  normal  0.198149 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0077  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000145614  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0073  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000527545  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0106  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00248374  normal  0.1959 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0051  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.41574 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06180  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.75789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0053  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000330135  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0054  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.208215 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0109  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000218236  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0108  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000221581  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0105  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00614062  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0113  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000136278  normal  0.205687 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0080  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0078  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000635495  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0112  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000133655  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0074  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000046104  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0059  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.327246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0037  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000218875  normal  0.202852 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0039  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037327  normal  0.202032 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0038  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000255678  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0036  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000509558  normal  0.204566 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0042  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00353157  normal  0.196649 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0041  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00117602  normal  0.194797 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0040  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00115197  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0044  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0369113  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0072  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000259101  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0111  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000137608  normal  0.208411 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0041  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119319  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0021  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.228053  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0076  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000131941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0075  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000263239  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0110  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000208441  normal  0.204301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0104  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0156595  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0046  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.113543  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0084  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000679544  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0083  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000720512  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0082  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000277046  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>