298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0006 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0006  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.439898 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0052  tRNA-Glu  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.662201 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0055  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0050  tRNA-Glu  98.48 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190647  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0024  tRNA-Glu  98.48 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.574829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0012  tRNA-Glu  96.97 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.12218 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0004  tRNA-Glu  96.97 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0011  tRNA-Glu  95.45 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000477421 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0094  tRNA-Glu  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115481  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0023  tRNA-Glu  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.707978  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0084  tRNA-Glu  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0034  tRNA-Glu  93.94 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0030  tRNA-Glu  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.437879  normal  0.359781 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0043  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0132709  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0002  tRNA-Glu  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.0346433 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0051  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.41574 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0070  tRNA-Glu  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.251867  normal  0.130321 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0022  tRNA-Glu  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0053  tRNA-Glu  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0042  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0336501  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0027  tRNA-Glu  92.65 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.251037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1672  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0066  tRNA-Glu  92.06 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000193579  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0030  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0242042  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0029  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  hitchhiker  0.000705455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0032  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00151707  hitchhiker  0.000680514 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0391  tRNA-Glu  89.86 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2134  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00397523  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0009  tRNA-Glu  94.55 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.488573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0043  tRNA-Glu  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0981603  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0031  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0217674  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1796  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0021  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0018  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.800845  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0052  tRNA-Glu  88.24 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.822673  hitchhiker  0.00818343 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0099  tRNA-Glu  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000545128  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.990539  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0051  tRNA-Glu  88.24 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.63793  hitchhiker  0.00823145 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0097  tRNA-Glu  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000640462  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0073  tRNA-Glu  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0122023  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0014  tRNA-Glu  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.372263 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11080  tRNA-Glu  88.24 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0032  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.292542  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1710  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.48567  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0018  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0017  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0064  tRNA-Glu  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2209  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.35059  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0389  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0245226  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0051  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00242751  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0046  tRNA-Glu  87.67 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1490  tRNA-Glu  87.67 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t33  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t38  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.444842  normal  0.0196237 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t40  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.1195  normal  0.0190117 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t42  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0670416  normal  0.0185498 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0023  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.834038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0041  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885225 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t34  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0907157  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1998  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t20  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t22  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t30  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111782  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t32  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0032  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0707402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0030  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0731495 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0052  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.233686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0043  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888454 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0001  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0190537  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1996  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA58  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.237213  normal  0.68605 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA60  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.095942  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0025  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.797735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R33  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R35  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R62  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R64  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R66  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0030  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.044277  normal  0.615022 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7638  hypothetical protein  97.22 
 
 		 1107 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0050  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.119449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0050  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141779  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0050  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.652046 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0048  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.670571 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0074  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.562141 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0072  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.735221 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1600  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0052  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.514953 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0048  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0601001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23580  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0268964 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27600  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0544848  hitchhiker  0.00250338 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0001  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0081  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.863726  normal  0.5241 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0017  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2336  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0131684  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0182  tRNA-Glu  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0079  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.672863  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0047  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.877641  normal  0.62194 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>