298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0025 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0025  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0472989  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0027  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.624035  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0002  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.0346433 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0022  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0070  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.251867  normal  0.130321 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0030  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.437879  normal  0.359781 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0053  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0084  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0023  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.707978  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0034  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0094  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115481  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0054  tRNA-Glu  87.18 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0047  tRNA-Glu  87.18 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0052  tRNA-Glu  87.18 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0004  tRNA-Glu  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t34  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0907157  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0012  tRNA-Glu  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.12218 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1600  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0017  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0011  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000477421 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0051  tRNA-Glu  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0066  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000193579  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0055  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0027  tRNA-Glu  87.32 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.251037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0044  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000299707  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0019  tRNA-Glu  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481461  hitchhiker  0.000000177152 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0052  tRNA-Glu  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.662201 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0006  tRNA-Glu  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.439898 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0047  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.00000000000669443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0026  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.197245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0053  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000584224  normal  0.231331 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0057  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000203047  normal  0.241015 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04526  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000165609  normal  0.307347 
 
 
-
 
NC_003295  RS04527  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000178572  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1507  tRNA-Glu  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0033  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000357048  normal  0.208315 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Glu-3  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000000216886  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0026  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  unclonable  0.00000000000157015  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0029  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000000053193  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2622  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00008673  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2624  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000121359  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0057  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000163741  normal  0.479813 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2009  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0018  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0049  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.00000000000656103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0027  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.00000000012811  hitchhiker  0.00448856 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0025  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000296278  hitchhiker  0.00778031 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0028  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0945817  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1986  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000534255  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1988  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000480253  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0391  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0042  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000119208  normal  0.0515471 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0044  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000025462  normal  0.0504095 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0028  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000039203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0031  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000481726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0093  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000098404  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0095  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000570772  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0097  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000337615  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0018  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00000128898  normal  0.570463 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0053  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000314245  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0055  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000384652  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0057  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000000345066  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0051  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000149028  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0053  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000275234  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0055  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211677  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0186  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2100  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000590087  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0055  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000192747  normal  0.233868 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3213  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000104569  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2483  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000121548  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2485  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000126526  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2537  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00245562  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2539  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00809573  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1373  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  0.000000000880968  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0028  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0031  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000000347346  normal  0.220713 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0029  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000000039615  normal  0.441106 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0050  tRNA-Glu  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0015  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000183317  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0055  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000108915  normal  0.346684 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0053  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000534013  normal  0.360789 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3472  tRNA-Glu  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00023531  normal  0.785224 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0009  tRNA-Glu  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000494179  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0008  tRNA-Glu  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.114306  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0030  tRNA-Glu  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0108  tRNA-Glu  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0206919  unclonable  0.0000000263061 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0038  tRNA-Glu  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000180021  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0014  tRNA-Glu  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000370587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0032  tRNA-Glu  91.49 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.292542  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0053  tRNA-Glu  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000330135  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0054  tRNA-Glu  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000364712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0055  tRNA-Glu  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537124  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3401  tRNA-Glu  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0670786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1919  tRNA-Glu  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00151409  normal  0.292752 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0012  tRNA-Glu  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000289432  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0052  tRNA-Glu  84.62 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0018  tRNA-Glu  91.49 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>