298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_R0004 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_R0012  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.12218 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0004  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0023  tRNA-Glu  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.707978  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0084  tRNA-Glu  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0034  tRNA-Glu  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0094  tRNA-Glu  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115481  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0070  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.251867  normal  0.130321 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0002  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.0346433 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0022  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0030  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.437879  normal  0.359781 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0006  tRNA-Glu  96.97 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.439898 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0024  tRNA-Glu  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.574829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0050  tRNA-Glu  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190647  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0009  tRNA-Glu  94.74 
 
 		 75 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.488573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0053  tRNA-Glu  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0052  tRNA-Glu  93.94 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.662201 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0027  tRNA-Glu  95.45 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.251037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0011  tRNA-Glu  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000477421 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0015  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0051  tRNA-Glu  93.06 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00242751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0055  tRNA-Glu  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0015  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0066  tRNA-Glu  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000193579  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7638  hypothetical protein  97.96 
 
 		 1107 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA34  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0021  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0021  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.228053  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0046    90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0515683 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0006  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0007  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.231176 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0013  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000540614 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0048  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna18  tRNA-Glu  90.28 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.462134  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0070  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.924064  normal  0.541649 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t31  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.281788 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t33  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t38  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.444842  normal  0.0196237 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t40  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.1195  normal  0.0190117 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t42  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0670416  normal  0.0185498 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t34  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0907157  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0030  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0731495 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0023  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.834038  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t20  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t22  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t30  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111782  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t32  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA37  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.244013 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA39  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783995  normal  0.143525 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA58  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.237213  normal  0.68605 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA60  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.095942  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R33  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R35  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R62  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R64  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R66  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0048  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.670571 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0030  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.044277  normal  0.615022 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0034  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.103972 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1600  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0052  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.514953 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0072  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.735221 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0079  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.672863  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0081  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.863726  normal  0.5241 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0074  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.562141 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0050  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.652046 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1998  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0017  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2336  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0131684  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0043  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888454 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0050  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.119449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0048  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0601001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0041  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885225 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0052  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.233686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0032  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0707402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0025  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.797735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60120  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0028  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0423864  normal  0.609581 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23580  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0268964 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27600  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0544848  hitchhiker  0.00250338 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1996  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60520  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.671804  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60540  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.454942  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1796  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0009  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206573  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0030  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0242042  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0389  tRNA-Glu  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0245226  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0029  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  hitchhiker  0.000705455 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0045  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0700385  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0032  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00151707  hitchhiker  0.000680514 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t24  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0564834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t25  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0571109  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0016  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000647027  hitchhiker  0.00000106632 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1242  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0541834  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0088  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00276432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0090  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00102507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0092  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000105241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0014  tRNA-Glu  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.372263 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0095  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000290046  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>