298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_R0053 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_R0053  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0030  tRNA-Glu  97.26 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.437879  normal  0.359781 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0070  tRNA-Glu  97.26 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.251867  normal  0.130321 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0002  tRNA-Glu  97.26 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.0346433 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0022  tRNA-Glu  97.26 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  97.18 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0094  tRNA-Glu  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115481  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0084  tRNA-Glu  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0023  tRNA-Glu  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.707978  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0050  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190647  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0030  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0242042  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0024  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.574829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0029  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  hitchhiker  0.000705455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0032  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00151707  hitchhiker  0.000680514 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0011  tRNA-Glu  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000477421 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t24  tRNA-Glu  95.77 
 
 		 72 bp  109  9.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0564834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t25  tRNA-Glu  95.77 
 
 		 72 bp  109  9.000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0571109  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0745  tRNA-Glu  95.77 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.105433  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1242  tRNA-Glu  95.77 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0541834  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  95.45 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0055  tRNA-Glu  95.45 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0004  tRNA-Glu  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0034  tRNA-Glu  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0012  tRNA-Glu  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.12218 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t34  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 72 bp  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0907157  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0017  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1600  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0032  tRNA-Glu  92.96 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.519477  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0033  tRNA-Glu  92.96 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.150537  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0066  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000193579  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0052  tRNA-Glu  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.662201 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0006  tRNA-Glu  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.439898 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0025  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0472989  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0027  tRNA-Glu  94.83 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.251037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2009  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0186  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0009  tRNA-Glu  91.3 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.488573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0021  tRNA-Glu  90.41 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.228053  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0082  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000277046  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0080  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0078  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000635495  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0040  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00115197  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0105  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00614062  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0104  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0156595  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0074  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000046104  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0053  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000330135  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0054  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000364712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0055  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537124  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0039  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037327  normal  0.202032 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0042  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00353157  normal  0.196649 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0044  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0369113  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0043  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0177795  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0041  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00117602  normal  0.194797 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0036  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000509558  normal  0.204566 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0046  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.113543  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0045  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0637715  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0014  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.372263 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0107  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000800157  normal  0.198149 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0106  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00248374  normal  0.1959 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0109  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000218236  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0111  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000137608  normal  0.208411 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0110  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000208441  normal  0.204301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0108  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000221581  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0073  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000527545  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0072  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000259101  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0076  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000131941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0075  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000263239  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0113  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000136278  normal  0.205687 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0083  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000720512  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0081  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000920417  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0079  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0077  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000145614  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0112  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000133655  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0038  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000255678  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0037  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000218875  normal  0.202852 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0084  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000679544  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0021  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7638  hypothetical protein  93.88 
 
 		 1107 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0009  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206573  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0391  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0030  tRNA-Glu  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0031  tRNA-Glu  88.73 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0217674  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_006368  lppt26  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt27  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt26  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt27  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0045  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0050  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.517089  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0029  tRNA-Glu  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.259025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0001  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0034  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.224261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu01  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.484379  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu02  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu03  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0047  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.374148  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0045  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0333401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0007  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.466736 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0043  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0945053  normal  0.0751648 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0059  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.935915 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0106  tRNA-Glu  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.608719  normal  0.0144699 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>