299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_R0009 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_R0009  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206573  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0021  tRNA-Glu  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.228053  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0020  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00671129  hitchhiker  0.00000169389 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0030  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.437879  normal  0.359781 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0070  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.251867  normal  0.130321 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0022  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0002  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.0346433 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0006  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0046    90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0515683 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0007  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.231176 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0013  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000540614 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0048  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA34  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t24  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 72 bp  89.7  8e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0564834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t25  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 72 bp  89.7  8e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0571109  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t34  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 72 bp  89.7  8e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0907157  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0017  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0745  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.105433  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1242  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0541834  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1600  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0023  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.707978  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0094  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115481  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0084  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0031  tRNA-Glu  90.77 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0217674  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2359  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.337885  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0034  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0039  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0289268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0018  tRNA-Glu  89.55 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000034168  normal  0.183849 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0031  tRNA-Glu  89.55 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0040985  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0037  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000218875  normal  0.202852 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0040  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00115197  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0014  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.372263 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0039  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037327  normal  0.202032 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0038  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000255678  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0053  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000330135  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0054  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000364712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0055  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537124  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0104  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0156595  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0044  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0369113  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0113  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000136278  normal  0.205687 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0111  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000137608  normal  0.208411 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0108  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000221581  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0076  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000131941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0083  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000720512  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0081  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000920417  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0075  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000263239  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0107  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000800157  normal  0.198149 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0043  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0177795  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0046  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.113543  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0045  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0637715  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0036  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000509558  normal  0.204566 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0041  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00117602  normal  0.194797 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0042  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00353157  normal  0.196649 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0110  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000208441  normal  0.204301 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0072  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000259101  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0112  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000133655  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0109  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000218236  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0106  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00248374  normal  0.1959 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0078  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000635495  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0077  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000145614  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0074  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000046104  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0080  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0084  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000679544  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0082  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000277046  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0079  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0073  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000527545  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0105  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00614062  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0053  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0032  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.519477  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0016  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0027  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.251037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0033  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.150537  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0012  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.12218 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0030  tRNA-Glu  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0004  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0067  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.120456  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00674188  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0018  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.141914 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0009  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.488573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0017  tRNA-Glu  97.44 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0013  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.18757e-29 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0025  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.28107e-23 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0015  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0015  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0013  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000327585  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0044  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000299707  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0053  tRNA-Glu  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000216917  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0013  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.330262 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0043  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0981603  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0007  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.466736 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0043  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0945053  normal  0.0751648 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0059  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.935915 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0106  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.608719  normal  0.0144699 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2009  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0032  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00151707  hitchhiker  0.000680514 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0030  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0242042  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0186  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0029  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  hitchhiker  0.000705455 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>