197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_R0016 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_R0016  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00674188  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0009  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206573  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0067  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.120456  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0013  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000327585  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0025  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.28107e-23 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0020  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00671129  hitchhiker  0.00000169389 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0021  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.228053  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0013  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.18757e-29 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0043  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  7.66398e-18  hitchhiker  0.000611065 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0053  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.646689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0045  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000328054  normal  0.0346347 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0055  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.380229  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2128  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.223155  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0032  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.362082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0018  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000034168  normal  0.183849 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0031  tRNA-Glu  87.69 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0040985  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0031  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0217674  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_006368  lppt26  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt27  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt26  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt27  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0013  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.330262 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0014  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.372263 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0044  tRNA-Glu  86.15 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000299707  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t24  tRNA-Glu  86.15 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0564834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t25  tRNA-Glu  86.15 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0571109  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0082  tRNA-Glu  85.51 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0017  tRNA-Glu  85.51 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0041  tRNA-Glu  95.12 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119319  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0044  tRNA-Glu  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000655751  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0745  tRNA-Glu  86.15 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.105433  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1242  tRNA-Glu  86.15 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0541834  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0019  tRNA-Glu  85.51 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000450697  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0020  tRNA-Glu  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0002  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.9841800000000004e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0004  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.0060400000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0046  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.404692  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0045  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.427459  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0007  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.466736 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0043  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0945053  normal  0.0751648 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0059  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.935915 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0106  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.608719  normal  0.0144699 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  87.27 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00679153  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t31  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.281788 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t33  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t38  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.444842  normal  0.0196237 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t40  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.1195  normal  0.0190117 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t42  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0670416  normal  0.0185498 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t20  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t22  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t30  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111782  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t32  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA37  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.244013 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA39  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783995  normal  0.143525 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA58  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.237213  normal  0.68605 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA60  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.095942  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0046  tRNA-Glu  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118448  normal  0.0335348 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0049  tRNA-Glu  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000939786  normal  0.015549 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60520  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.671804  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0058  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.069455  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0043  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0981603  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0048  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0601001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R33  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R35  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R62  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R64  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R66  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0032  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0707402 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0083  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0053  tRNA-Glu  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000330135  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0054  tRNA-Glu  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000364712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0055  tRNA-Glu  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537124  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0052  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.233686  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  86.36 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0060  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.222014  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0034  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.103972 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23580  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0268964 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27600  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0544848  hitchhiker  0.00250338 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0023  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.834038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0030  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0731495 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0043  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888454 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0028  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0423864  normal  0.609581 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0030  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.044277  normal  0.615022 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0048  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.670571 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0050  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.652046 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0052  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.514953 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0025  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.797735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0070  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.924064  normal  0.541649 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0072  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.735221 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0074  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.562141 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0079  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.672863  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0081  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.863726  normal  0.5241 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1996  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1998  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2336  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0131684  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0041  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885225 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60120  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>