More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0013 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_R0067  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.120456  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00674188  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0025  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.28107e-23 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0013  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.18757e-29 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0013  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000327585  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0018  tRNA-Glu  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000034168  normal  0.183849 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0031  tRNA-Glu  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0040985  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2359  tRNA-Glu  91.18 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.337885  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0039  tRNA-Glu  91.18 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0289268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0044  tRNA-Glu  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000299707  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0106  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.608719  normal  0.0144699 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0059  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.935915 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0043  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0945053  normal  0.0751648 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0007  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.466736 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0745  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.105433  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t24  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0564834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t25  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0571109  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0016  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1242  tRNA-Glu  89.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0541834  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0054  tRNA-Glu  93.75 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0052  tRNA-Glu  93.75 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0047  tRNA-Glu  93.75 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0063  tRNA-Glu  92.16 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0009  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206573  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0031  tRNA-Glu  92.16 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.119278  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0045  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0637715  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0043  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0177795  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t31  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.281788 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t33  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t38  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.444842  normal  0.0196237 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t40  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.1195  normal  0.0190117 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t42  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0670416  normal  0.0185498 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0044  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0369113  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0030  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0731495 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0036  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000509558  normal  0.204566 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0034  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.103972 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0038  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000255678  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0037  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000218875  normal  0.202852 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0082  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000277046  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0078  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000635495  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0041  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0885225 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0023  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.834038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0050  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.119449  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t20  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t22  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA37  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.244013 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA39  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783995  normal  0.143525 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA58  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.237213  normal  0.68605 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA60  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.095942  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R33  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R35  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R62  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R64  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R66  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0112  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000133655  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0107  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000800157  normal  0.198149 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0076  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000131941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0084  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000679544  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0083  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000720512  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0075  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000263239  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0041  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00117602  normal  0.194797 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0048  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0601001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0052  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.233686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0043  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888454 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0053  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000330135  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0054  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000364712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0055  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537124  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0042  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00353157  normal  0.196649 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0025  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.797735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0030  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.044277  normal  0.615022 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0050  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.652046 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0048  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.670571 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0028  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0423864  normal  0.609581 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0070  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.924064  normal  0.541649 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0081  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.863726  normal  0.5241 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0079  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.672863  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0074  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.562141 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2336  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0131684  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1998  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0072  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.735221 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0104  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0156595  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0040  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00115197  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0039  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037327  normal  0.202032 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23580  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0268964 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27600  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0544848  hitchhiker  0.00250338 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0022  tRNA-Glu  88.57 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.845779 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0046  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.113543  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0109  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000218236  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0108  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000221581  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0106  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00248374  normal  0.1959 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0111  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000137608  normal  0.208411 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0072  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000259101  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0110  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000208441  normal  0.204301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0105  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00614062  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0079  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0077  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000145614  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0074  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000046104  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0081  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000920417  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0080  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0073  tRNA-Glu  89.39 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000527545  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>