299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_2359 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_2359  tRNA-Glu  100 
 
 
78 bp  155  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.337885  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0039  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0289268  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0022  tRNA-Glu  91.18 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.845779 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0014  tRNA-Glu  90.91 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.372263 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0038  tRNA-Glu  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000438841  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  91.18 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00674188  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0013  tRNA-Glu  91.18 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000327585  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0013  tRNA-Glu  91.18 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.18757e-29 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0025  tRNA-Glu  91.18 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.28107e-23 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0009  tRNA-Glu  89.47 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206573  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0067  tRNA-Glu  91.18 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.120456  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  88.73 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0106  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00248374  normal  0.1959 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0051  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0038  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000180021  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0038  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000255678  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0094  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.453938  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0013  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.330262 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0077  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.155911  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0014  tRNA-Glu  89.39 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000370587  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0105  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00614062  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0109  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000218236  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4284  tRNA-Glu  89.39 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000489125  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2128  tRNA-Glu  89.39 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.223155  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0010  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.373505  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0002  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00548293  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0084  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000679544  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0039  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000141026  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0037  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000218875  normal  0.202852 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3401  tRNA-Glu  89.39 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0670786  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0040  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00115197  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0039  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037327  normal  0.202032 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0042  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00353157  normal  0.196649 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0043  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0177795  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0045  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0637715  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0044  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0369113  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0110  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000208441  normal  0.204301 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0036  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0894618  normal  0.0649973 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0113  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000136278  normal  0.205687 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0080  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0079  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0074  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000046104  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0081  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000920417  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0076  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000131941  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0040  tRNA-Glu  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000578854  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0042  tRNA-Glu  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000779226  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0044  tRNA-Glu  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000878437  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0083  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000720512  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0053  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000330135  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0054  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000364712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0055  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537124  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0082  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000277046  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0012  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000289432  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3472  tRNA-Glu  89.39 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00023531  normal  0.785224 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1919  tRNA-Glu  89.39 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00151409  normal  0.292752 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0041  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00117602  normal  0.194797 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0009  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000494179  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0036  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000509558  normal  0.204566 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4190  tRNA-Glu  89.39 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00029698  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0046  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.113543  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4216  tRNA-Glu  89.39 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133179  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0104  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0156595  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4194  tRNA-Glu  89.39 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000043379  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0032  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.362082  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0108  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000221581  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0107  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000800157  normal  0.198149 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0112  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000133655  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0097  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000137842  hitchhiker  0.00043068 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0008  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.114306  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0111  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000137608  normal  0.208411 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0075  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000263239  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0073  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000527545  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0078  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000635495  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0077  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000145614  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0072  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000259101  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0108  tRNA-Glu  89.39 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0206919  unclonable  0.0000000263061 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0021  tRNA-Glu  88.16 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.228053  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0031  tRNA-Glu  89.71 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0040985  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0094  tRNA-Glu  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115481  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0030  tRNA-Glu  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.437879  normal  0.359781 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0018  tRNA-Glu  89.71 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000034168  normal  0.183849 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0070  tRNA-Glu  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.251867  normal  0.130321 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0022  tRNA-Glu  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0002  tRNA-Glu  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.0346433 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0084  tRNA-Glu  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0023  tRNA-Glu  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.707978  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0007  tRNA-Glu  87.88 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.466736 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0043  tRNA-Glu  87.88 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0945053  normal  0.0751648 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0032  tRNA-Glu  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.041206  normal  0.167752 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0106  tRNA-Glu  87.88 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.608719  normal  0.0144699 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0059  tRNA-Glu  87.88 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.935915 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0186  tRNA-Glu  87.88 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0027  tRNA-Glu  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.692909  normal  0.166571 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0036  tRNA-Glu  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0430019  normal  0.171485 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0034  tRNA-Glu  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0402265  normal  0.166571 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0030  tRNA-Glu  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.11215  normal  0.168988 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0038  tRNA-Glu  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0232145  normal  0.168988 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0029  tRNA-Glu  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.370228  normal  0.16961 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2009  tRNA-Glu  87.88 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2831  tRNA-Glu  88.33 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.000125741  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>