214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_R0046 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_R0046    100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0515683 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0007  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.231176 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0013  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000540614 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0048  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0006  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA34  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0051  tRNA-Glu  94.37 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00242751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0015  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0015  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0021  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.228053  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0043  tRNA-Glu  93.85 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0132709  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0051  tRNA-Glu  93.85 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.41574 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0009  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206573  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0009  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.488573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna18  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.462134  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0042  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0336501  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0012  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.12218 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0004  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0034  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  91.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0020  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00671129  hitchhiker  0.00000169389 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0027  tRNA-Glu  90.77 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.251037  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t24  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0564834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t25  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0571109  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1242  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0541834  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0022  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0070  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.251867  normal  0.130321 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0002  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.0346433 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0030  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.437879  normal  0.359781 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0008  tRNA-Glu  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.512014  normal  0.270627 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0059  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000156586  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0094  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115481  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0023  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.707978  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0060  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000173097  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0084  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  91.38 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t34  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0907157  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0017  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1600  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0745  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.105433  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0017  tRNA-Glu  90.57 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0883282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0031  tRNA-Glu  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0217674  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0041  tRNA-Glu  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.533217 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0038  tRNA-Glu  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.167276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0039  tRNA-Glu  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0034  tRNA-Glu  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.180899  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0024  tRNA-Glu  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA19  tRNA-Glu  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.393669 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0053  tRNA-Glu  86.96 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0029  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  hitchhiker  0.000705455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0030  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0242042  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tGlu01  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tGlu02  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.939054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0032  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00151707  hitchhiker  0.000680514 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0050  tRNA-Glu  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0012  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0031    84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.305428  normal  0.270323 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08470  tRNA-Glu  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.498792  normal  0.256883 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7638  hypothetical protein  89.36 
 
 		 1107 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05810  tRNA-Glu  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00953031  hitchhiker  0.00213851 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0045  tRNA-Glu  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0700385  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0006  tRNA-Glu  86.36 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.439898 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0032  tRNA-Glu  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.519477  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0033  tRNA-Glu  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.150537  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0044  tRNA-Glu  85.25 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000299707  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0011  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000477421 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0050  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190647  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0024  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.574829  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0014  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.372263 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1796  tRNA-Glu  84.72 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0016  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0573  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2944  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.251597  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2947  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.275452  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2950  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0349491  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0559  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2627  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2630  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.842478  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2633  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.449079  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0389  tRNA-Glu  84.21 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0245226  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0018  tRNA-Glu  85.71 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.141914 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0012  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0041  tRNA-Glu  94.29 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000102386  normal  0.397694 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0031  tRNA-Glu  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.247729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0057  tRNA-Glu  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08980  tRNA-Glu  94.29 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000013154 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t33  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t067  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t068  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t069  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t071  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R33  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R35  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R62  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R64  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0508  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.881334  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0063  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000754963  normal  0.0219255 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0065  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000126201  normal  0.0214958 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0066  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122545  normal  0.0214958 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0067  tRNA-Glu  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000119712  normal  0.0214958 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>