277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0008 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0008  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.512014  normal  0.270627 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0042  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0336501  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0573  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2944  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.251597  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2947  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.275452  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2950  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0349491  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0559  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2627  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2630  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.842478  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2633  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.449079  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0046    91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0515683 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0006  tRNA-Glu  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0007  tRNA-Glu  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.231176 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0013  tRNA-Glu  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000540614 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0048  tRNA-Glu  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA34  tRNA-Glu  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0062  tRNA-Glu  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000161369  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0012  tRNA-Glu  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t24  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0564834  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t25  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0571109  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0050  tRNA-Glu  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.162753  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0043  tRNA-Glu  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0132709  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0051  tRNA-Glu  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.41574 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1242  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0541834  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0745  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.105433  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0063  tRNA-Glu  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.276545  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0072  tRNA-Glu  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0391  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0018  tRNA-Glu  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.141914 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tGlu01  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tGlu02  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.939054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0050  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0027  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.251037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0025  tRNA-Glu  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.598367 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0023  tRNA-Glu  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.60497 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0032  tRNA-Glu  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.519477  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt39  tRNA-Glu  85.51 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  89.8 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.990539  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2221  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1710  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.48567  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2209  tRNA-Glu  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.35059  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0033  tRNA-Glu  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.150537  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0045  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000152021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0041  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000984885  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0044  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000161143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0043  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000364581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0095  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000187463  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0097  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00001173  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0098  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00699861  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0099  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0236458  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0100  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0345698  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0101  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0318597  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0038  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000438841  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1490  tRNA-Glu  92.5 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0046  tRNA-Glu  92.5 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0047  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000519759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0046  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000603782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0042  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000260023  normal  0.870147 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0182  tRNA-Glu  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0105  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000352091  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0106  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000169546  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0107  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000079121  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0108  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000317177  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0109  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000956258  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0110  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000963161  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA19  tRNA-Glu  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.393669 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0015  tRNA-Glu  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0041  tRNA-Glu  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.533217 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0038  tRNA-Glu  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.167276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0039  tRNA-Glu  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0034  tRNA-Glu  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.180899  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0024  tRNA-Glu  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0025  tRNA-Glu  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.616902  normal  0.901645 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0015  tRNA-Glu  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0108  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0206919  unclonable  0.0000000263061 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0097  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000137842  hitchhiker  0.00043068 
 
 
-
 
NC_002950  PGt38  tRNA-Glu  84.06 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3401  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0670786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0014  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000370587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0021  tRNA-Glu  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.228053  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0053  tRNA-Glu  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000216917  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4190  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00029698  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4216  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133179  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3472  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00023531  normal  0.785224 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1919  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00151409  normal  0.292752 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0012  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000289432  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0009  tRNA-Glu  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206573  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0002  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00548293  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0010  tRNA-Glu  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0085  tRNA-Glu  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.015611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0039  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000141026  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4194  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000043379  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0038  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000180021  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0036  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0894618  normal  0.0649973 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0008  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.114306  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2176  tRNA-Glu  83.56 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4284  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000489125  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>