More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3440 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3440  50S ribosomal protein L29  100 
 
 		 68 aa  133  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.696272  normal  0.342905 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1553  50S ribosomal protein L29  91.18 
 
 		 68 aa  123  9e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1372  50S ribosomal protein L29  88.24 
 
 		 68 aa  120  5e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.232248  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5062  50S ribosomal protein L29  90.62 
 
 		 68 aa  117  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.545578 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3659  50S ribosomal protein L29  88.06 
 
 		 69 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3176  50S ribosomal protein L29  85.07 
 
 		 69 aa  111  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.909718 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2303  50S ribosomal protein L29  83.58 
 
 		 69 aa  110  6e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0116105  normal  0.098127 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1670  50S ribosomal protein L29  67.69 
 
 		 66 aa  90.1  8e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1362  ribosomal protein L29  66.13 
 
 		 70 aa  84.7  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.494656  normal  0.0336021 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1964  50S ribosomal protein L29  64.18 
 
 		 74 aa  84  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0409879  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0572  ribosomal protein L29  64.52 
 
 		 70 aa  83.6  8e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1188  50S ribosomal protein L29  66.67 
 
 		 66 aa  82  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.328591  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1225  50S ribosomal protein L29  66.67 
 
 		 66 aa  82  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1687  50S ribosomal protein L29  63.93 
 
 		 70 aa  82.4  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.000000411175  hitchhiker  0.00000000390358 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1848  50S ribosomal protein L29  66.67 
 
 		 66 aa  82.4  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.15271  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0994  50S ribosomal protein L29  66.67 
 
 		 66 aa  82.4  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0283422 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1438  50S ribosomal protein L29  63.33 
 
 		 66 aa  81.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.397663  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1340  50S ribosomal protein L29  61.67 
 
 		 66 aa  80.1  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.282614  normal  0.101292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1916  ribosomal protein L29  62.07 
 
 		 71 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174298  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0345  ribosomal protein L29  63.64 
 
 		 71 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.726774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2226  ribosomal protein L29  61.82 
 
 		 71 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0706  50S ribosomal protein L29  58.46 
 
 		 66 aa  76.3  0.0000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000555374  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0674  50S ribosomal protein L29  58.46 
 
 		 66 aa  76.3  0.0000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000868112  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1938  50S ribosomal protein L29  63.64 
 
 		 68 aa  76.3  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2170  ribosomal protein L29  56.45 
 
 		 71 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.350085 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2448  ribosomal protein L29  56.45 
 
 		 71 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.338512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2131  ribosomal protein L29  56.45 
 
 		 71 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.579075  normal  0.483712 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2526  50S ribosomal protein L29  60.71 
 
 		 67 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2744  ribosomal protein L29  59.32 
 
 		 68 aa  74.3  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0416079  normal  0.108023 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0369  50S ribosomal protein L29  63.16 
 
 		 68 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1724  50S ribosomal protein L29  63.16 
 
 		 68 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0299  50S ribosomal protein L29  56.25 
 
 		 69 aa  73.9  0.0000000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  unclonable  6.39149e-29 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1787  50S ribosomal protein L29P  57.14 
 
 		 68 aa  71.6  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.063594  normal  0.106706 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1622  50S ribosomal protein L29  60 
 
 		 64 aa  70.9  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173705  normal  0.463697 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0293  50S ribosomal protein L29  58.93 
 
 		 68 aa  70.5  0.000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0599  50S ribosomal protein L29  58.93 
 
 		 69 aa  69.7  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0767  ribosomal protein L29  55 
 
 		 92 aa  70.1  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.211892  normal  0.786467 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2147  50S ribosomal protein L29P  49.25 
 
 		 67 aa  68.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.018623  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2680  50S ribosomal protein L29P  61.54 
 
 		 68 aa  68.2  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1257  50S ribosomal protein L29  61.82 
 
 		 68 aa  67.8  0.00000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.681642  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0113  50S ribosomal protein L29  54.24 
 
 		 66 aa  67.4  0.00000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000000302541  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0118  50S ribosomal protein L29  56.14 
 
 		 74 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000370217  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0114  50S ribosomal protein L29  56.14 
 
 		 74 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.02215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0112  50S ribosomal protein L29  56.14 
 
 		 74 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108927  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0115  50S ribosomal protein L29  55.36 
 
 		 66 aa  66.2  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2810  50S ribosomal protein L29  60 
 
 		 67 aa  66.6  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.902927  normal  0.445457 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0119  50S ribosomal protein L29  55.36 
 
 		 68 aa  66.2  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.217136  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2974  50S ribosomal protein L29  55.17 
 
 		 79 aa  65.9  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.997663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0130  50S ribosomal protein L29  56.14 
 
 		 66 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.72927e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0118  50S ribosomal protein L29  56.14 
 
 		 66 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000549386  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0118  50S ribosomal protein L29  56.14 
 
 		 66 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000392079  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5187  50S ribosomal protein L29  56.14 
 
 		 66 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000115107  unclonable  8.22707e-26 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0112  50S ribosomal protein L29  56.14 
 
 		 66 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000225905  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0149  50S ribosomal protein L29  56.14 
 
 		 66 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829957  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0139  50S ribosomal protein L29  56.14 
 
 		 66 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000056255  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0262  50S ribosomal protein L29  57.14 
 
 		 66 aa  65.5  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.582427  normal  0.636432 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0855  50S ribosomal protein L29P  51.72 
 
 		 67 aa  64.3  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000025985  hitchhiker  0.000476718 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0202  LSU ribosomal protein L29P  55.36 
 
 		 65 aa  63.5  0.0000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.112179  normal  0.131015 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1475  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 68 aa  63.2  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000032863  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1737  50S ribosomal protein L29  55.36 
 
 		 72 aa  63.2  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000140424  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20790  LSU ribosomal protein L29P  60.78 
 
 		 78 aa  62.4  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.888777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1345  50S ribosomal protein L29  55.17 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0714582 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6041  50S ribosomal protein L29  54.24 
 
 		 83 aa  61.2  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.127214 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0716  ribosomal protein L29  50 
 
 		 62 aa  61.2  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.762697  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1566  ribosomal protein L29  49.18 
 
 		 68 aa  60.8  0.000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00135889  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0688  50S ribosomal protein L29  50 
 
 		 65 aa  60.8  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273143  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3987  ribosomal protein L29  44.44 
 
 		 63 aa  60.5  0.000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2703  ribosomal protein L29  52.54 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.859678  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2849  50S ribosomal protein L29  45.9 
 
 		 64 aa  60.5  0.000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.851445  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2394  50S ribosomal protein L29  52.73 
 
 		 69 aa  60.1  0.000000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000853986  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1277  ribosomal protein L29  43.33 
 
 		 63 aa  59.7  0.00000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1823  50S ribosomal protein L29  49.12 
 
 		 69 aa  59.7  0.00000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.340193  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2310  50S ribosomal protein L29  49.12 
 
 		 69 aa  59.7  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000372663  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3659  50S ribosomal protein L29  45.76 
 
 		 69 aa  59.3  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152137  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2269  50S ribosomal protein L29  49.12 
 
 		 69 aa  59.7  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000389369  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3427  ribosomal protein L29  50.85 
 
 		 76 aa  60.1  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.93339  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0634  50S ribosomal protein L29  44.26 
 
 		 62 aa  59.3  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169135  hitchhiker  0.00000000334263 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0204  50S ribosomal protein L29  68.42 
 
 		 68 aa  58.9  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00453  50S ribosomal protein L29  46.03 
 
 		 63 aa  58.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.17025  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2638  50S ribosomal protein L29P  50 
 
 		 85 aa  58.5  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.137123  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0590  50S ribosomal protein L29  54.39 
 
 		 88 aa  58.5  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0875  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 69 aa  58.5  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00116598  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1563  ribosomal protein L29  50 
 
 		 66 aa  58.5  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0314  50S ribosomal protein L29P  50.91 
 
 		 77 aa  58.5  0.00000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00171364 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2911  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 67 aa  58.2  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2651  ribosomal protein L29  57.38 
 
 		 78 aa  57.8  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2452  50S ribosomal protein L29  53.57 
 
 		 67 aa  58.2  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.206737 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1757  50S ribosomal protein L29  50 
 
 		 61 aa  58.2  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.171638  normal  0.386752 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5041  50S ribosomal protein L29  51.85 
 
 		 77 aa  57.8  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0723534  normal  0.108147 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2170  ribosomal protein L29  50.91 
 
 		 64 aa  57.8  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.37818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0603  50S ribosomal protein L29P  50 
 
 		 69 aa  57.4  0.00000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000090381  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3016  50S ribosomal protein L29  50 
 
 		 68 aa  57.4  0.00000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011652  hitchhiker  0.00780318 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06330  50S ribosomal protein L29  43.33 
 
 		 63 aa  57  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.674769  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09920  LSU ribosomal protein L29P  50.91 
 
 		 64 aa  57  0.00000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0238741  hitchhiker  0.0000015632 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0087  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 61 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0344032 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0430  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000570253  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17080  LSU ribosomal protein L29P  50.82 
 
 		 89 aa  56.6  0.0000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00253403  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2249  50S ribosomal protein L29  48.21 
 
 		 62 aa  56.2  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000185964  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3330  50S ribosomal protein L29  50 
 
 		 64 aa  56.2  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000258995  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0221  50S ribosomal protein L29  46.43 
 
 		 63 aa  56.2  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000322056  unclonable  0.0000065932 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>