More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0262 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0262  50S ribosomal protein L29  100 
 
 		 66 aa  127  4.0000000000000003e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.582427  normal  0.636432 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2526  50S ribosomal protein L29  70.77 
 
 		 67 aa  95.9  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0293  50S ribosomal protein L29  75 
 
 		 68 aa  92.4  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1724  50S ribosomal protein L29  69.84 
 
 		 68 aa  91.7  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0369  50S ribosomal protein L29  69.84 
 
 		 68 aa  91.7  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0767  ribosomal protein L29  66.15 
 
 		 92 aa  88.2  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.211892  normal  0.786467 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0599  50S ribosomal protein L29  73.68 
 
 		 69 aa  87.8  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1964  50S ribosomal protein L29  62.5 
 
 		 74 aa  80.9  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0409879  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1670  50S ribosomal protein L29  65.08 
 
 		 66 aa  80.1  0.000000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1225  50S ribosomal protein L29  62.9 
 
 		 66 aa  79.3  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1188  50S ribosomal protein L29  62.9 
 
 		 66 aa  79.3  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.328591  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001734  LSU ribosomal protein L29p (L35e)  61.9 
 
 		 63 aa  78.6  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0706  50S ribosomal protein L29  60 
 
 		 66 aa  77.4  0.00000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000555374  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0674  50S ribosomal protein L29  60 
 
 		 66 aa  77.4  0.00000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000868112  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1340  50S ribosomal protein L29  61.29 
 
 		 66 aa  75.5  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.282614  normal  0.101292 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1438  50S ribosomal protein L29  61.29 
 
 		 66 aa  75.1  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.397663  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0331  ribosomal protein L29  58.73 
 
 		 63 aa  74.3  0.0000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0000705173  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0413  ribosomal protein L29  58.73 
 
 		 63 aa  74.3  0.0000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0200811  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1848  50S ribosomal protein L29  59.38 
 
 		 66 aa  73.9  0.0000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.15271  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1362  ribosomal protein L29  60.66 
 
 		 70 aa  73.6  0.0000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.494656  normal  0.0336021 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0303  ribosomal protein L29  55.17 
 
 		 62 aa  72  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00299137  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00453  50S ribosomal protein L29  58.73 
 
 		 63 aa  72.8  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.17025  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0239  50S ribosomal protein L29  57.14 
 
 		 63 aa  72  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0178  50S ribosomal protein L29  57.14 
 
 		 63 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674798  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0207  50S ribosomal protein L29  57.14 
 
 		 63 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000132572  unclonable  0.0000000000150964 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0202  50S ribosomal protein L29  57.14 
 
 		 63 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000242804  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0994  50S ribosomal protein L29  56.25 
 
 		 66 aa  71.6  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0283422 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0207  50S ribosomal protein L29  57.14 
 
 		 63 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000114763  hitchhiker  0.00000000110485 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3751  50S ribosomal protein L29  57.14 
 
 		 63 aa  72  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000462888  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1687  50S ribosomal protein L29  56.92 
 
 		 70 aa  72  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.000000411175  hitchhiker  0.00000000390358 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0299  50S ribosomal protein L29  58.33 
 
 		 69 aa  71.6  0.000000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  unclonable  6.39149e-29 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2744  ribosomal protein L29  52.31 
 
 		 68 aa  71.2  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0416079  normal  0.108023 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0221  50S ribosomal protein L29  57.14 
 
 		 63 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000322056  unclonable  0.0000065932 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1553  50S ribosomal protein L29  56.67 
 
 		 68 aa  71.2  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0067  50S ribosomal protein L29  57.14 
 
 		 63 aa  70.9  0.000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4162  50S ribosomal protein L29  57.14 
 
 		 63 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240623  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0208  50S ribosomal protein L29  57.14 
 
 		 63 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000719733  unclonable  0.00000802476 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4048  50S ribosomal protein L29  57.14 
 
 		 63 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000921137  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2249  50S ribosomal protein L29  56.45 
 
 		 62 aa  70.9  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000185964  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0204  50S ribosomal protein L29  57.14 
 
 		 63 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000392928  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3993  ribosomal protein L29  55.56 
 
 		 63 aa  70.1  0.000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000756359  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3814  ribosomal protein L29  55.56 
 
 		 63 aa  70.1  0.000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000290872  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1916  ribosomal protein L29  56.45 
 
 		 71 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174298  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4309  50S ribosomal protein L29  55.56 
 
 		 63 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000213718  unclonable  0.0000000000409482 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0156  50S ribosomal protein L29  55.56 
 
 		 63 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000636656  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1176  ribosomal protein L29  53.85 
 
 		 71 aa  70.1  0.00000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00096654  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5062  50S ribosomal protein L29  58.93 
 
 		 68 aa  69.7  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.545578 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4682  50S ribosomal protein L29  55.56 
 
 		 63 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000146545  unclonable  0.0000000112365 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2448  ribosomal protein L29  56.45 
 
 		 71 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.338512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1938  50S ribosomal protein L29  64.81 
 
 		 68 aa  69.3  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1372  50S ribosomal protein L29  55 
 
 		 68 aa  68.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.232248  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2131  ribosomal protein L29  56.45 
 
 		 71 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.579075  normal  0.483712 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0166  50S ribosomal protein L29  55.56 
 
 		 63 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000300233  hitchhiker  0.000293635 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2680  50S ribosomal protein L29P  56.9 
 
 		 68 aa  69.3  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2170  ribosomal protein L29  56.45 
 
 		 71 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.350085 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0572  ribosomal protein L29  54.84 
 
 		 70 aa  68.2  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0345  ribosomal protein L29  56.45 
 
 		 71 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.726774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0192  50S ribosomal protein L29  55.56 
 
 		 63 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000996098  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0119  50S ribosomal protein L29  53.12 
 
 		 68 aa  67.8  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.217136  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3987  ribosomal protein L29  53.33 
 
 		 63 aa  67.4  0.00000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2303  50S ribosomal protein L29  52.38 
 
 		 69 aa  67.4  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0116105  normal  0.098127 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0115  50S ribosomal protein L29  53.12 
 
 		 66 aa  67.4  0.00000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1622  50S ribosomal protein L29  55 
 
 		 64 aa  67  0.00000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173705  normal  0.463697 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3659  50S ribosomal protein L29  52.38 
 
 		 69 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2226  ribosomal protein L29  61.54 
 
 		 71 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2166  50S ribosomal protein L29  63.49 
 
 		 63 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000149227  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3176  50S ribosomal protein L29  52.38 
 
 		 69 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.909718 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2147  50S ribosomal protein L29P  53.33 
 
 		 67 aa  66.2  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.018623  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1257  50S ribosomal protein L29  55.74 
 
 		 68 aa  65.9  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.681642  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2810  50S ribosomal protein L29  52.46 
 
 		 67 aa  65.9  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.902927  normal  0.445457 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0727  ribosomal protein L29  53.23 
 
 		 63 aa  65.9  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000905771  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2316  ribosomal protein L29  51.56 
 
 		 66 aa  65.1  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000905483  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3440  50S ribosomal protein L29  57.14 
 
 		 68 aa  65.5  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.696272  normal  0.342905 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00738  50S ribosomal protein L29  61.9 
 
 		 63 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2849  50S ribosomal protein L29  51.67 
 
 		 64 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.851445  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2911  50S ribosomal protein L29  46.97 
 
 		 67 aa  64.3  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2452  50S ribosomal protein L29  53.33 
 
 		 67 aa  64.3  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.206737 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1737  50S ribosomal protein L29  51.67 
 
 		 72 aa  63.9  0.0000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000140424  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0466  50S ribosomal protein L29  53.85 
 
 		 65 aa  64.3  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0233  50S ribosomal protein L29  55 
 
 		 67 aa  63.9  0.0000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4268  ribosomal protein L29  51.61 
 
 		 63 aa  63.9  0.0000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000037065  unclonable  0.00000000000267825 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1823  50S ribosomal protein L29  50 
 
 		 69 aa  63.5  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.340193  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0202  LSU ribosomal protein L29P  55 
 
 		 65 aa  63.2  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.112179  normal  0.131015 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2269  50S ribosomal protein L29  50 
 
 		 69 aa  63.5  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000389369  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0764  50S ribosomal protein L29  51.72 
 
 		 61 aa  63.5  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000255511  normal  0.10736 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2310  50S ribosomal protein L29  50 
 
 		 69 aa  63.5  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000372663  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1787  50S ribosomal protein L29P  50 
 
 		 68 aa  63.2  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.063594  normal  0.106706 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0331  ribosomal protein L29  53.57 
 
 		 65 aa  62.4  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000295668  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3011  50S ribosomal protein L29  51.61 
 
 		 64 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000636591  normal  0.0461975 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0875  50S ribosomal protein L29  51.67 
 
 		 69 aa  62.4  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00116598  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2364  ribosomal protein L29  48.39 
 
 		 65 aa  61.6  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.649847  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0328  50S ribosomal protein L29  63.49 
 
 		 63 aa  61.6  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000164942  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3330  50S ribosomal protein L29  54.84 
 
 		 64 aa  62  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000258995  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06330  50S ribosomal protein L29  46.77 
 
 		 63 aa  61.6  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.674769  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1345  50S ribosomal protein L29  51.61 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0714582 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3659  50S ribosomal protein L29  51.67 
 
 		 69 aa  61.6  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152137  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1757  50S ribosomal protein L29  51.67 
 
 		 61 aa  62  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.171638  normal  0.386752 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3607  50S ribosomal protein L29  58.73 
 
 		 63 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000124478  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03114  hypothetical protein  58.73 
 
 		 63 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00150195  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0401  50S ribosomal protein L29  58.73 
 
 		 63 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000329963  hitchhiker  0.0000645786 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>