More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3659 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3659  50S ribosomal protein L29  100 
 
 		 69 aa  135  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152137  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2448  ribosomal protein L29  46.88 
 
 		 71 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.338512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2170  ribosomal protein L29  46.88 
 
 		 71 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.350085 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1724  50S ribosomal protein L29  52.46 
 
 		 68 aa  69.3  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1257  50S ribosomal protein L29  51.61 
 
 		 68 aa  68.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.681642  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2131  ribosomal protein L29  46.88 
 
 		 71 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.579075  normal  0.483712 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0369  50S ribosomal protein L29  52.46 
 
 		 68 aa  69.3  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2526  50S ribosomal protein L29  52.46 
 
 		 67 aa  68.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1916  ribosomal protein L29  51.56 
 
 		 71 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174298  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0767  ribosomal protein L29  50 
 
 		 92 aa  68.6  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.211892  normal  0.786467 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0345  ribosomal protein L29  51.67 
 
 		 71 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.726774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1964  50S ribosomal protein L29  55 
 
 		 74 aa  67  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0409879  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2226  ribosomal protein L29  48.48 
 
 		 71 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1188  50S ribosomal protein L29  56.14 
 
 		 66 aa  66.2  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.328591  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1225  50S ribosomal protein L29  56.14 
 
 		 66 aa  66.2  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0115  50S ribosomal protein L29  52.46 
 
 		 66 aa  66.6  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0119  50S ribosomal protein L29  52.46 
 
 		 68 aa  66.2  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.217136  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0293  50S ribosomal protein L29  50.88 
 
 		 68 aa  65.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2638  50S ribosomal protein L29P  58.18 
 
 		 85 aa  64.7  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.137123  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0766  50S ribosomal protein L29  50.82 
 
 		 67 aa  64.3  0.0000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346597  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3659  50S ribosomal protein L29  48.21 
 
 		 69 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0994  50S ribosomal protein L29  56.14 
 
 		 66 aa  64.3  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0283422 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0192  50S ribosomal protein L29  54.24 
 
 		 63 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000996098  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1362  ribosomal protein L29  43.48 
 
 		 70 aa  63.9  0.0000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.494656  normal  0.0336021 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17080  LSU ribosomal protein L29P  51.72 
 
 		 89 aa  63.5  0.0000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00253403  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2325  50S ribosomal protein L29  51.61 
 
 		 70 aa  63.9  0.0000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000880792  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2911  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 67 aa  63.2  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1372  50S ribosomal protein L29  45.76 
 
 		 68 aa  63.2  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.232248  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1553  50S ribosomal protein L29  46.27 
 
 		 68 aa  62.8  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2810  50S ribosomal protein L29  49.18 
 
 		 67 aa  63.2  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.902927  normal  0.445457 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2147  50S ribosomal protein L29P  51.79 
 
 		 67 aa  63.2  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.018623  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0299  50S ribosomal protein L29  50.82 
 
 		 69 aa  62.8  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  unclonable  6.39149e-29 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6041  50S ribosomal protein L29  52.63 
 
 		 83 aa  63.2  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.127214 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0221  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 		 63 aa  63.2  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000322056  unclonable  0.0000065932 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1475  50S ribosomal protein L29  50 
 
 		 68 aa  62.8  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000032863  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1176  ribosomal protein L29  50.82 
 
 		 71 aa  62.4  0.000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00096654  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0239  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 		 63 aa  62.4  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5062  50S ribosomal protein L29  44.83 
 
 		 68 aa  62.4  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.545578 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23390  LSU ribosomal protein L29P  54.1 
 
 		 69 aa  62  0.000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000127538  hitchhiker  0.000000855419 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0706  50S ribosomal protein L29  50.88 
 
 		 66 aa  62.8  0.000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000555374  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3751  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 		 63 aa  62.4  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000462888  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0207  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 		 63 aa  62.4  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000132572  unclonable  0.0000000000150964 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0202  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 		 63 aa  62.4  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000242804  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0207  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 		 63 aa  62.4  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000114763  hitchhiker  0.00000000110485 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0674  50S ribosomal protein L29  50.88 
 
 		 66 aa  62.8  0.000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000868112  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4309  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 		 63 aa  61.6  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000213718  unclonable  0.0000000000409482 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0204  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 		 63 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000392928  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4162  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 		 63 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240623  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0166  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 		 63 aa  61.6  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000300233  hitchhiker  0.000293635 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0208  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 		 63 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000719733  unclonable  0.00000802476 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0178  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 		 63 aa  61.6  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674798  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3176  50S ribosomal protein L29  45.31 
 
 		 69 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.909718 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0262  50S ribosomal protein L29  51.67 
 
 		 66 aa  61.6  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.582427  normal  0.636432 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4682  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 		 63 aa  61.6  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000146545  unclonable  0.0000000112365 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4048  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 		 63 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000921137  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2303  50S ribosomal protein L29  46.43 
 
 		 69 aa  61.6  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0116105  normal  0.098127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0939  50S ribosomal protein L29  46.88 
 
 		 74 aa  61.2  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.122968  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl131  50S ribosomal protein L29  50 
 
 		 139 aa  61.2  0.000000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0113  50S ribosomal protein L29  46.38 
 
 		 66 aa  60.8  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000000302541  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3330  50S ribosomal protein L29  52.63 
 
 		 64 aa  61.2  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000258995  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4313  ribosomal protein L29  58.49 
 
 		 84 aa  60.8  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.883928  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2170  ribosomal protein L29  58.82 
 
 		 64 aa  60.8  0.000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.37818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1670  50S ribosomal protein L29  47.37 
 
 		 66 aa  60.8  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1687  50S ribosomal protein L29  50.82 
 
 		 70 aa  60.5  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.000000411175  hitchhiker  0.00000000390358 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1153  ribosomal protein L29  54.55 
 
 		 71 aa  60.5  0.000000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000020056  hitchhiker  0.0000241726 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0156  50S ribosomal protein L29  52.63 
 
 		 63 aa  60.5  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000636656  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0118  50S ribosomal protein L29  46.38 
 
 		 74 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000370217  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0114  50S ribosomal protein L29  46.38 
 
 		 74 aa  60.5  0.000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.02215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0112  50S ribosomal protein L29  46.38 
 
 		 74 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108927  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0233  50S ribosomal protein L29  48.28 
 
 		 67 aa  60.5  0.000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20790  LSU ribosomal protein L29P  47.54 
 
 		 78 aa  60.5  0.000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.888777  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0118  50S ribosomal protein L29  46.38 
 
 		 66 aa  60.1  0.000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000549386  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00453  50S ribosomal protein L29  49.15 
 
 		 63 aa  60.5  0.000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.17025  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0149  50S ribosomal protein L29  46.38 
 
 		 66 aa  60.1  0.000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829957  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0112  50S ribosomal protein L29  46.38 
 
 		 66 aa  60.1  0.000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000225905  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0118  50S ribosomal protein L29  46.38 
 
 		 66 aa  60.1  0.000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000392079  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0130  50S ribosomal protein L29  46.38 
 
 		 66 aa  60.1  0.000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.72927e-62 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0139  50S ribosomal protein L29  46.38 
 
 		 66 aa  60.1  0.000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000056255  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5187  50S ribosomal protein L29  46.38 
 
 		 66 aa  60.1  0.000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000115107  unclonable  8.22707e-26 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0875  50S ribosomal protein L29  53.57 
 
 		 69 aa  60.1  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00116598  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0599  50S ribosomal protein L29  48.15 
 
 		 69 aa  59.7  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3440  50S ribosomal protein L29  45.76 
 
 		 68 aa  59.3  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.696272  normal  0.342905 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1848  50S ribosomal protein L29  54.55 
 
 		 66 aa  59.7  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.15271  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1438  50S ribosomal protein L29  50.88 
 
 		 66 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.397663  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1757  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 		 61 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.171638  normal  0.386752 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0572  ribosomal protein L29  39.71 
 
 		 70 aa  58.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1823  50S ribosomal protein L29  53.85 
 
 		 69 aa  59.3  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.340193  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1340  50S ribosomal protein L29  57.14 
 
 		 66 aa  58.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.282614  normal  0.101292 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2310  50S ribosomal protein L29  53.85 
 
 		 69 aa  59.3  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000372663  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1516  ribosomal protein L29  46.55 
 
 		 69 aa  58.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.380444  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3171  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 		 64 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000183391  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2269  50S ribosomal protein L29  53.85 
 
 		 69 aa  59.3  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000389369  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1345  50S ribosomal protein L29  48.39 
 
 		 67 aa  59.3  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0714582 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2680  50S ribosomal protein L29P  43.55 
 
 		 68 aa  58.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0590  50S ribosomal protein L29  52.63 
 
 		 88 aa  59.3  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3309  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 		 64 aa  58.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000526811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3993  ribosomal protein L29  47.76 
 
 		 63 aa  58.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000756359  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3814  ribosomal protein L29  47.76 
 
 		 63 aa  58.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000290872  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1622  50S ribosomal protein L29  45.9 
 
 		 64 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173705  normal  0.463697 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0294  50S ribosomal protein L29  43.75 
 
 		 69 aa  59.3  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00154259  normal  0.0637097 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>