More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2147 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2147  50S ribosomal protein L29P  100 
 
 
67 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.018623  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2249  50S ribosomal protein L29  55 
 
 
62 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000185964  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4499  ribosomal protein L29  61.29 
 
 
77 aa  73.6  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1176  ribosomal protein L29  61.67 
 
 
71 aa  70.5  0.000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00096654  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1553  50S ribosomal protein L29  47.76 
 
 
68 aa  70.5  0.000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1757  50S ribosomal protein L29  56.67 
 
 
61 aa  70.1  0.000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.171638  normal  0.386752 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00453  50S ribosomal protein L29  61.67 
 
 
63 aa  69.7  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.17025  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0087  50S ribosomal protein L29  53.33 
 
 
61 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0344032 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3440  50S ribosomal protein L29  49.25 
 
 
68 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.696272  normal  0.342905 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1372  50S ribosomal protein L29  46.27 
 
 
68 aa  68.6  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.232248  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0119  50S ribosomal protein L29  54.39 
 
 
68 aa  68.6  0.00000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.217136  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1563  ribosomal protein L29  50.79 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09920  LSU ribosomal protein L29P  54.55 
 
 
64 aa  68.2  0.00000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0238741  hitchhiker  0.0000015632 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0204  50S ribosomal protein L29  58.93 
 
 
68 aa  67.8  0.00000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0115  50S ribosomal protein L29  54.39 
 
 
66 aa  67.8  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0314  50S ribosomal protein L29P  62.5 
 
 
77 aa  67.4  0.00000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00171364 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0767  ribosomal protein L29  51.56 
 
 
92 aa  67.4  0.00000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.211892  normal  0.786467 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0221  50S ribosomal protein L29  60 
 
 
63 aa  67  0.00000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000322056  unclonable  0.0000065932 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3659  50S ribosomal protein L29  47.76 
 
 
69 aa  67  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0262  50S ribosomal protein L29  53.33 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.582427  normal  0.636432 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0299  50S ribosomal protein L29  51.67 
 
 
69 aa  66.6  0.0000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  unclonable  6.39149e-29 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4048  50S ribosomal protein L29  60 
 
 
63 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000921137  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0208  50S ribosomal protein L29  60 
 
 
63 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000719733  unclonable  0.00000802476 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2170  ribosomal protein L29  52.73 
 
 
64 aa  65.9  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.37818  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04060  LSU ribosomal protein L29P  58.33 
 
 
83 aa  65.9  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0293  50S ribosomal protein L29  53.33 
 
 
68 aa  66.2  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5062  50S ribosomal protein L29  46.88 
 
 
68 aa  65.5  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.545578 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3016  50S ribosomal protein L29  54.39 
 
 
68 aa  65.5  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.011652  hitchhiker  0.00780318 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0178  50S ribosomal protein L29  60 
 
 
63 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674798  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0204  50S ribosomal protein L29  60 
 
 
63 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000392928  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0668  ribosomal protein L29  51.56 
 
 
76 aa  65.5  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0746889  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0466  50S ribosomal protein L29  60 
 
 
65 aa  65.5  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0156  50S ribosomal protein L29  60 
 
 
63 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000636656  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4162  50S ribosomal protein L29  60 
 
 
63 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240623  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01250  ribosomal protein L29  55 
 
 
71 aa  65.9  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.774041  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3751  50S ribosomal protein L29  60 
 
 
63 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000462888  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2849  50S ribosomal protein L29  50.82 
 
 
64 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.851445  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0239  50S ribosomal protein L29  60 
 
 
63 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2638  50S ribosomal protein L29P  59.02 
 
 
85 aa  65.5  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.137123  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2766  ribosomal protein L29  52.38 
 
 
67 aa  65.1  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105507  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2303  50S ribosomal protein L29  46.27 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0116105  normal  0.098127 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23730  LSU ribosomal protein L29P  53.45 
 
 
77 aa  65.1  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0241795  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3176  50S ribosomal protein L29  46.27 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.909718 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0207  50S ribosomal protein L29  60 
 
 
63 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000132572  unclonable  0.0000000000150964 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0202  50S ribosomal protein L29  60 
 
 
63 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000242804  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0855  50S ribosomal protein L29P  50.85 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000025985  hitchhiker  0.000476718 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0207  50S ribosomal protein L29  60 
 
 
63 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000114763  hitchhiker  0.00000000110485 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2057  ribosomal protein L29  50.79 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00051227  normal  0.0499513 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1823  50S ribosomal protein L29  55.36 
 
 
69 aa  64.3  0.0000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.340193  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2310  50S ribosomal protein L29  55.36 
 
 
69 aa  64.3  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000372663  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2269  50S ribosomal protein L29  55.36 
 
 
69 aa  64.3  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000389369  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0994  50S ribosomal protein L29  47.62 
 
 
66 aa  64.3  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0283422 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3987  ribosomal protein L29  45.76 
 
 
63 aa  64.3  0.0000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0939  50S ribosomal protein L29  55.17 
 
 
74 aa  63.9  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.122968  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0233  50S ribosomal protein L29  55 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5132  ribosomal protein L29  55.74 
 
 
83 aa  63.5  0.0000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.76527 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1348  ribosomal protein L29  55.17 
 
 
72 aa  63.5  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1193  50S ribosomal protein L29  51.61 
 
 
79 aa  63.5  0.0000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0737458 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2703  ribosomal protein L29  56.67 
 
 
65 aa  63.5  0.0000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.859678  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2526  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0590  50S ribosomal protein L29  55.56 
 
 
88 aa  63.2  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4682  50S ribosomal protein L29  58.33 
 
 
63 aa  63.5  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000146545  unclonable  0.0000000112365 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1277  ribosomal protein L29  46.67 
 
 
63 aa  63.2  0.000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0202  LSU ribosomal protein L29P  56.14 
 
 
65 aa  63.5  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.112179  normal  0.131015 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2942  50S ribosomal protein L29  53.12 
 
 
64 aa  62.8  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000229225  hitchhiker  0.00000342543 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3659  50S ribosomal protein L29  51.79 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152137  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4309  50S ribosomal protein L29  58.33 
 
 
63 aa  63.5  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000213718  unclonable  0.0000000000409482 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3750  ribosomal protein L29  56.67 
 
 
77 aa  63.2  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.775863  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0294  50S ribosomal protein L29  52.54 
 
 
69 aa  62.8  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00154259  normal  0.0637097 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1094  50S ribosomal protein L29  56.25 
 
 
78 aa  63.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0502685 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3897  50S ribosomal protein L29P  58.18 
 
 
80 aa  63.5  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2911  50S ribosomal protein L29  54.39 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3289  50S ribosomal protein L29  53.12 
 
 
64 aa  62.8  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000215489  hitchhiker  0.00000182798 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0875  50S ribosomal protein L29  56.14 
 
 
69 aa  62.8  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00116598  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0674  50S ribosomal protein L29  49.21 
 
 
66 aa  62.8  0.000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000868112  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0369  50S ribosomal protein L29  54.39 
 
 
68 aa  62.8  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0706  50S ribosomal protein L29  49.21 
 
 
66 aa  62.8  0.000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000555374  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10723  50S ribosomal protein L29  59.38 
 
 
77 aa  62  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.698267  normal  0.159756 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1724  50S ribosomal protein L29  54.39 
 
 
68 aa  62.8  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1438  50S ribosomal protein L29  46.03 
 
 
66 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.397663  normal  0.137292 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23390  LSU ribosomal protein L29P  50.91 
 
 
69 aa  62.8  0.000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000127538  hitchhiker  0.000000855419 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0166  50S ribosomal protein L29  56.67 
 
 
63 aa  62.4  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000300233  hitchhiker  0.000293635 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0570  50S ribosomal protein L29  56.9 
 
 
78 aa  62.4  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1670  50S ribosomal protein L29  43.75 
 
 
66 aa  62.8  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0766  50S ribosomal protein L29  50 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346597  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29660  LSU ribosomal protein L29P  51.67 
 
 
79 aa  62  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.942606  normal  0.510247 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2611  50S ribosomal protein L29  47.62 
 
 
74 aa  62  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000175569  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2452  50S ribosomal protein L29  54.39 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.206737 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1715  50S ribosomal protein L29  62.22 
 
 
83 aa  61.6  0.000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6041  50S ribosomal protein L29  52.38 
 
 
83 aa  61.6  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.127214 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1340  50S ribosomal protein L29  46.03 
 
 
66 aa  61.6  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.282614  normal  0.101292 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1737  50S ribosomal protein L29  52.63 
 
 
72 aa  61.6  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000140424  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3011  50S ribosomal protein L29  51.56 
 
 
64 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000636591  normal  0.0461975 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20790  LSU ribosomal protein L29P  57.69 
 
 
78 aa  61.2  0.000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.888777  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0192  50S ribosomal protein L29  56.67 
 
 
63 aa  61.6  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000996098  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2394  50S ribosomal protein L29  59.62 
 
 
69 aa  61.2  0.000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000853986  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2651  ribosomal protein L29  51.67 
 
 
78 aa  61.2  0.000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1687  50S ribosomal protein L29  49.18 
 
 
70 aa  61.2  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.000000411175  hitchhiker  0.00000000390358 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1964  50S ribosomal protein L29  46.77 
 
 
74 aa  60.8  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0409879  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0223  50S ribosomal protein L29  50 
 
 
65 aa  60.8  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>