More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3071 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1646  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  66.6 
 
 
484 aa  659    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.536649  hitchhiker  0.0000000511927 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1923  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  73.24 
 
 
496 aa  748    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0352  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  73.25 
 
 
497 aa  706    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.258005  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3610  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  89.92 
 
 
495 aa  906    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.899725  normal  0.0328127 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0319  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  73.46 
 
 
497 aa  708    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2146  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  90.14 
 
 
498 aa  908    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5770  inosine-5`-monophosphate dehydrogenase  73.2 
 
 
532 aa  692    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1328  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  71.77 
 
 
496 aa  738    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0040  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  65.36 
 
 
500 aa  648    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116515  normal  0.0387479 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0405  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  70.27 
 
 
485 aa  689    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0548973 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0244  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  68.3 
 
 
487 aa  657    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.20132  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3193  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  89.36 
 
 
498 aa  899    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.291902  normal  0.962231 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1752  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  69.15 
 
 
500 aa  667    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.151769  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1982  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  65.37 
 
 
482 aa  640    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.311927  normal  0.313546 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0379  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  73.16 
 
 
500 aa  723    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3071  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  100 
 
 
497 aa  1002    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.303181  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0341  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  73.1 
 
 
499 aa  724    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1168  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  74.59 
 
 
486 aa  734    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.249665  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2264  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  90.56 
 
 
498 aa  910    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.334086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3123  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  75.71 
 
 
510 aa  732    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2546  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  89.56 
 
 
498 aa  909    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.509974  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1194  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  70.19 
 
 
499 aa  652    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0718304  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1027  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  70.19 
 
 
485 aa  685    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3122  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  74.29 
 
 
496 aa  742    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.698548 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0467  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  73.1 
 
 
500 aa  702    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.132943  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2213  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  68.1 
 
 
487 aa  688    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.6099  normal  0.441831 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0432  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  73.4 
 
 
494 aa  719    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.401755  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1175  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  68.31 
 
 
489 aa  681    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.654831  normal  0.725895 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0968  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  76.32 
 
 
497 aa  762    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.242284  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3052  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  73.87 
 
 
497 aa  715    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0084  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  74.7 
 
 
497 aa  751    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3166  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  74.09 
 
 
496 aa  740    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.224874  normal  0.708004 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2495  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  89.36 
 
 
498 aa  895    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2939  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  74.09 
 
 
496 aa  740    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.27006 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1289  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  76.52 
 
 
497 aa  755    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0121805  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0477  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  72.78 
 
 
494 aa  711    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.578734  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1514  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  64.12 
 
 
482 aa  622  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.339989  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2868  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  64.12 
 
 
482 aa  622  1e-177  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.419057  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1152  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  64.54 
 
 
482 aa  622  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.859407  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0592  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  63.09 
 
 
482 aa  618  1e-176  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1224  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  64.12 
 
 
482 aa  610  1e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.717892  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0224  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  59.83 
 
 
485 aa  598  1e-170  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.218435  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0784  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  59.21 
 
 
485 aa  594  1e-168  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0089  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  60.29 
 
 
494 aa  588  1e-167  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0800118  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0613  IMP dehydrogenase  59.26 
 
 
486 aa  588  1e-167  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000830235  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1217  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  60.25 
 
 
491 aa  591  1e-167  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1200  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  60.25 
 
 
492 aa  588  1e-166  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1615  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  60 
 
 
487 aa  582  1.0000000000000001e-165  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1688  hypothetical protein  59.34 
 
 
490 aa  582  1.0000000000000001e-165  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1687  hypothetical protein  59.34 
 
 
490 aa  583  1.0000000000000001e-165  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1141  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  59.67 
 
 
486 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.144187 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3015  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  60.62 
 
 
488 aa  584  1.0000000000000001e-165  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1520  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  59.79 
 
 
487 aa  581  1e-164  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0307442  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0529  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  59.96 
 
 
487 aa  580  1e-164  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2349  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  60 
 
 
487 aa  580  1e-164  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.163967  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2122  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  58.64 
 
 
491 aa  581  1e-164  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100541 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1639  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  57.2 
 
 
488 aa  580  1e-164  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0762082  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2293  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  58.97 
 
 
491 aa  577  1.0000000000000001e-163  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.711267  normal  0.709548 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3120  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  59.14 
 
 
489 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.899033  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2195  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  59.18 
 
 
491 aa  573  1.0000000000000001e-162  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1429  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  59.05 
 
 
487 aa  574  1.0000000000000001e-162  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0657932  normal  0.0240553 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1856  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  58.85 
 
 
487 aa  574  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0500  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  60.21 
 
 
490 aa  572  1.0000000000000001e-162  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0116  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  57.06 
 
 
508 aa  572  1.0000000000000001e-162  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000189991  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1423  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  60.57 
 
 
487 aa  572  1.0000000000000001e-162  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2623  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  58.52 
 
 
487 aa  570  1e-161  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1360  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  59.55 
 
 
490 aa  568  1e-161  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1261  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  59.96 
 
 
490 aa  570  1e-161  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.289977  normal  0.031693 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20480  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  58.88 
 
 
486 aa  568  1e-161  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000012591  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1200  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  58.26 
 
 
486 aa  570  1e-161  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.608786  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1459  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  57.38 
 
 
556 aa  568  1e-161  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.439962  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1005  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  59.55 
 
 
490 aa  568  1e-161  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1260  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  56.57 
 
 
499 aa  568  1e-161  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.334206 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1886  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  56.11 
 
 
485 aa  566  1e-160  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1370  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  58.85 
 
 
487 aa  567  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.810739  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3391  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  57.2 
 
 
493 aa  568  1e-160  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.207114  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1306  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  58.85 
 
 
487 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.24376  normal  0.894393 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1524  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  58.56 
 
 
487 aa  567  1e-160  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1461  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  57.82 
 
 
487 aa  565  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.296416 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0749  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  55.58 
 
 
493 aa  566  1e-160  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2011  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  58.56 
 
 
489 aa  567  1e-160  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1913  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  59.09 
 
 
486 aa  561  1.0000000000000001e-159  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0291  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  60.16 
 
 
487 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4214  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  58.76 
 
 
488 aa  563  1.0000000000000001e-159  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0764  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  58.32 
 
 
489 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1949  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  59.3 
 
 
485 aa  565  1.0000000000000001e-159  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1471  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  58.49 
 
 
485 aa  563  1.0000000000000001e-159  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0143553  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3126  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  58.88 
 
 
486 aa  563  1.0000000000000001e-159  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.151477 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0525  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  56.08 
 
 
481 aa  564  1.0000000000000001e-159  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0514  response regulator receiver protein  55.79 
 
 
484 aa  563  1.0000000000000001e-159  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.135977  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0296  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  56.49 
 
 
489 aa  562  1.0000000000000001e-159  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1453  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  61.36 
 
 
486 aa  563  1.0000000000000001e-159  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.136087  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1070  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  57.94 
 
 
485 aa  563  1.0000000000000001e-159  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.462822  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0781  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  58.52 
 
 
489 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1728  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  59.71 
 
 
494 aa  563  1.0000000000000001e-159  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.716764  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1777  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  61.36 
 
 
486 aa  563  1.0000000000000001e-159  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.814385  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1314  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  57 
 
 
486 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3087  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  56.2 
 
 
485 aa  559  1e-158  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000190164  hitchhiker  0.00103544 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1706  inosine 5'-monophosphate dehydrogenase  57.97 
 
 
486 aa  558  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0207  inosine-5'-monophosphate dehydrogenase  57.23 
 
 
507 aa  561  1e-158  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>